PEAKS Studio的那些事儿

由上海易算生物科技有限公司代理销售并负责全程技术支持的PEAKS Studio是一款为蛋白质组学研究提供全面解决方案的专业软件。我们的用户覆盖大陆及港澳台等多所知名院校、研究所、跨国公司研发中心等。使用该软件可进行蛋白质De Novo测序、基于数据库的搜索鉴定（PEAKD DB）、多引擎蛋白质定性(PEAKS inChorus)、开放式翻译后修饰鉴定（PEAKS PTM）、同源性序列搜索（SPIDER）以及标记（iTRAQ、TMT、SILAC）和非标记（label free）定量。

关于PEAKS Studio的具体使用说明可以参见由蛋白质组学领域资深专家沈诚频博士亲自操刀录制的独家视频教程：

https://www.omicsolution.com/index.php/peaks/peaksguide/

目前，PEAKS Studio的版本号已更新至10.0，正式命名为PEAKS Studio X（很潮很fashion有木有），BSI公司于2019年1月29日发布了该版本的修补程序，可登录（http://www.bioinfor.com/download-peaks-studio/）进行下载更新。此次修补，增补了以下功能：

1. 支持Q-TOF和TOF类型仪器的DIA数据分析（所有PEAKS Studio X支持仪器类型如下图所示）

2. 支持mascot 2.6以上版本

3. DB搜索结果默认进行软件质量校正

4. 支持对Uniref数据库的物种筛选搜库

5. 对于多轮搜索结果进行了优化处理

6. 在蛋白结果展示页面增加了蛋白（包含protein group和protein）计数结果和数字索引号

7. DB结果中peptide details的界面接口进行了调整，以提高用户的使用便利性

8. 在非标记定量的肽段结果中增加组别比例展示，方便翻译后修饰蛋白质组学的研究

9. 在非标记定量结果总结中增加了肽段水平的相关性散点图

10. 在MGF、mzXML、mzIdentML格式文件导出中增加离子淌度信息

11. 在DB搜索导出的peptide、psm、protein-peptide文件中增加“Found By”信息（显示该结果是在数据库搜索/PTM开放式搜索/de novo匹配中鉴定得到）

12. Bruker数据载入包含Profile/Line两种模式选择

PEAKS Studio X版本的20190129修补程序同时对以下方面进行了改进：

1. 自动保留前一版本PEAKS Studio中的所有配置信息

2. 蛋白水平FDR评估

3. mzIdentML导出速度

4. 自定义定量方法创建（Label Q模块）

5. 对多个搜索进行比较的结果增加筛选功能

6. 提升非标记定量结果的速度和准确性

7. 增加“All denovo candidate”导出以便于后续客户自主筛选

8. 增加DIA模块的PTM开放式搜索

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