公共数据库和大规模计划笔记6-IHEC国际人类表观基因组联盟

新年伊始，开年热搜大戏“不知知网”主线剧情更新。趁着CNKI热度又起，基因研究媛还是介绍“公共数据库和大规模计划笔记”系列第六篇“IHEC国际人类表观基因组联盟”。

IHEC（International Human Epigenome Consortium，国际人类表观基因组联盟）主要提供人类健康和复杂疾病相关的表观遗传调控（包括非编码DNA、信号通路重要细胞类型表观组）的高分辨率参考注释。也可以说表观遗传一站式的数据都在这里（网址：http://epigenomesportal.ca/ihec），其中共有>600组织样本中的>7,000表观遗传数据。数据主要包括：ENCODE、NIH Roadmap、CEEHRC、Blueprint、DEEP、AMED-CREST和KNIH这7个研究计划，其中ENCODE和Roadmap可以说是表观遗传研究必备的公共数据集。

IHEC网站有一个特别的功能，可以利用Pearson系数的相关矩阵，对诸如细胞类型和属性数据进行相似性聚类，帮助识别和移除异常数据集，下图是B细胞根据细胞类型的聚类。

IHEC联盟在Cell上文章合集中的内容，包括通过集成表观数据，产生复杂疾病相关的分子机制假设，并有针对性的利用CRISPR技术编辑表观基因组以在功能上验证调控机制。通过与其他组学数据整合（如蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学分析，以及染色质构象数据与核成像信息），以构建染色体3D调控，理解细胞核的动力学。

在纵向队列表观遗传学研究中，研究与疾病，衰老相关的表观遗传学与环境暴露方面的关系，寻找与癌症相关的原发性表观基因组改变疾病的病理学。目标是改善疾病诊断、建立基于表观基因组的生物标志物分层和治疗方案以及小分子表观遗传治疗。

总结：

IHEC集成了7套表观数据，方便定位和下载各数据集中相关的数据。通过数据整合分析，提出了一系列表观分子机制并验证，并尝试和三维基因组及分子成像数据整合，也发展了一些数据分析流程和成熟的整合分析方案。

相关资源：

1. https://www.cell.com/consortium/IHEC

注： IHEC在Cell上建立的一个文章列表，包括了IHEC在Cell系列和其他杂志上刊登的数据、分析工具和基础研究，共41篇论文。

新年祝福，希望大家在“不知知网”时，也可以义正言辞的讲“知IHEC”鸭！（如需转载文章，请注明出处或在对应文章中留言联系作者，谢谢合作。）

参考文献：

1. StunnenbergH G, Abrignani S, Adams D, et al. The International Human Epigenome Consortium:a blueprint for scientific collaboration and discovery[J]. Cell, 2016, 167(5):1145-1149.

2. Bujold D, de Lima Morais D A, Gauthier C,et al. The international human epigenome consortium data portal[J]. Cellsystems, 2016, 3(5): 496-499. e2.