想要批量完成工作,又不想学习编程怎么办,其中一个好办法就是花钱找人帮忙,谈钱伤感情,那还是学习一些技能吧,下面介绍不会编程如何进行批量操作。
通配符“*”
通配符是批量操作中最重要的内容,通配符代表任何数据的内容,例如想要查看#
管道符“|”
管道操作符是批量操作中另一个比较重要的符号,管道的作用顾名思义,它是用来改变数据流的方向,默认数据流方向为屏幕输出,而管道的作用是将数据流导入另外的程序,作为它的输入文件。
sed
sed作为流文本处理器,可以用于批量替换,可以用于批量修改文件中的内容。
awk批量生成脚本
awk是Linux下强大的文本处理工具,本身也是一门编程语言,awk可以批量生成脚本。现有5个样品,每个样品有两个测序文件,_1.fq.gz与_2.fq.gz,需要进行同样的处理,需要批量生成脚本,每个脚本只有样品名部分不同,类似与word中的邮件合并功能。
for循环
这里for循环已经属于编程的内容了,要想进行批量操作,最好还是学编程。从NCBI下载nt库包含67个文件,每个文件配有一个md5校验文件,现在需要利用md5sum对每个文件进行校验;
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