写给师弟师妹：怎样做好文献综述

前一段时间，师妹们在准备开题报告，花了很多时间在文献综述上面。这似乎是每一个研究生必过的坎，大部分人都走得跌跌撞撞，但效果却不是很好。这常常是因为在本科阶段缺少必要的训练，因此我把这些方法整理下来，希望对以后的师弟师妹有用。需要说明的是，这里的研究生特指博士生或者硕博连读研究生。

另外，看到最后有惊喜，当然也有可能是惊吓。

先笼统说一下。文献综述的类型有很多种，比如开题的综述、中期考核的综述、毕业论文的综述以及发表文章时的概述等等。由于目的的不同，综述的侧重点也不一样。如果能在研究生开始的阶段，做一个“大、全、深”的综述体系，那就可以以它为基础解决所有类型的综述了。

那么，如何做一个“大、全、深”的综述体系呢？就让呆毛用自己的文献体系来做例子吧。

1.

确定文献的范围

数据库中的文献浩如烟海，首先要从中选择出“所有”对自己有用的文献。那就用自己的研究领域作为关键词，在数据库中进行搜索。呆毛所在的实验室，研究对象是古菌，呆毛自己的做的课题是古菌病毒相关的。为了全面，就用古菌“Archaea”作为关键词，在SCI的数据库中进行检索。如下图。

我当年的检索结果是八千多篇，现在变成了一万七千多篇（如下图）。为了减少阅读量，你可以再用其他关键词缩小范围。我当时觉得八千可以接受，就没再缩小。

将所有的文献选中，导入Endnote数据库（如下图）。

这么多文献，该从何看起呢？要双管齐下。

第一管，浏览标题。

浏览标题，不是让你在电子数据库里把标题看一遍，那样没有任何用。比较合理的做法是，从Endnote数据库中以“作者-年份-标题-杂志”的形式，将所有的文献信息导出来，编辑成文档，打印出来，按年份装订成册，然后拿在手里逐条阅读。我当时的文献用A4纸，二合一打印模式，打印了这么多。如下图。

阅读的同时，要做几件事。第一，不会的单词查一下，标记在旁边。第二，看懂标题的意思，对这种文献做一个基本的归类，研究性论文还是综述？是生化还是生理？是微观还是宏观？等等。第三，不需要用专门的时间来看，而是把这些小册子放在包里，用零碎的时间来看。我研一在研究生院，也不做实验，成天闲得很，刷美剧的时候看、等地铁的时候看、听讲座的间隙看，花了大概半年的时间看完了。

第二管，文献分析。

我当时用的软件是RefViz和HistCite。前者可以根据文章的关键词对论文进行聚类，可以让你大体知道这个研究领域有哪几个主要方向（如下左图，一个小方块就是一个研究领域）；后者是一个引文分析软件，可以分析文献之间的引用关系，从而找出最关键的几篇文献（如下右图）。

因为这一篇主要讲如何做文献综述，文献管理的内容就不多涉及了，我所有提到的软件，都可以在网上找到。大家可以自己尝试。

双管齐下，两方面相互印证，你就可以浮光掠影地了解整个研究领域里面，人们都关注哪几个主要的问题，而你的研究方向在这个研究领域里面是定位在什么位置，和其他方向是什么关系。

2.

对文献进行分类

有了这个初步的关系，你也在每一篇文章后面做了归类和标记，那就请你把对自己有用的文献从Endnote数据库中挑选出来，建立一个新的数据库。一般来说，新产生的数据库应该有几百篇文献。我的一开始有几百篇，随着课题的进展，到毕业时达到了一千多篇。

然后将这几百篇文献进行再次的归类。根据文章的类型分类，综述还是研究论文？根据研究对象分类，土壤、海洋、湖泊、热泉、矿山还是哺乳动物的肠道？等等。

3.

通读摘要

将缩小范围后的文献，按照“作者-年份-标题-杂志-摘要”的格式导出来，同样装订成册，逐条阅读。这一次阅读最好不要再用零碎的时间，而是集中精力地仔细阅读。阅读的过程中，你会明白研究的基本内容和思路，你会更加明白哪些文章对你有用，把它们挑出来精读。

4.

精读关键文章

到了需要精读文章的阶段，也差不多到了你快要开题，需要和导师讨论课题的阶段了。有了之前的调研工作，你可以把自己对课题的理解稍微整理一下，跟导师讨论一下，他会告诉你，你读文献的方向是不是靠谱，有没有偏差。哪些文章比较经典，是需要你精读的。你也可以跟导师给你的建议比较一下，看看自己之前的判断是不是正确。

其实，上述的过程，有些老师会自己完成，直接告诉你需要读哪些文献，就好像直接告诉你哪个坑里有金子，你去挖吧。

但我的导师不是这样的，他希望我自己找到方向；他告诉我哪座矿山有金子，让我自己去挖矿道，找矿坑，他在旁边看着。那时候，我每个月都会写一篇读书笔记发给他看。导师当时没有对我看文献的方向进行调整，只是偶尔鼓励一下我，我也就那样坚持下去了。

5.

精读文章，做读书笔记

精读文章并不是读完就算完了。我的习惯是把文献打印出来读，同时在纸边上做标记。要做到以下的几个方面。第一，不会的单词要查明白；第二，文章是什么结构，综述是什么结构，研究论文的什么结构；第三，研究论文的思路是什么，有什么基本结论，结论是否可靠？第四，所有的细节，包括符号、单位；第五，这个工作是哪个实验室做的，他们还有哪些其他相关的工作？第六，用了什么特别经典的方法？可以补充在《方法学》笔记里面。

（上图是本科时候读过的文献）

上述这些都可以做成笔记。我一般会做成Word文档。

一开始单词总忘，重复查，没关系，重复也是一种学习。在读本科的时候，我的大师姐很耐心地教我读文献，我花了三个月读完了一篇综述，因为读完了总忘，我就一句一句地翻译成中文。

最后精读完的文献要整理起来放在夹子里便于查找。如下图。

6.

读书笔记做大做细挖深

每精读一篇文章，你都会有一篇或大或小，或粗或细的读书笔记。这些笔记越多，脉络就越清晰。慢慢地，你就可以将这些笔记归纳起来，成为一篇大笔记了。随着阅读量的增大，这篇大笔记的规模会越来越大，内容越来越细，也就逐渐形成了一个综述的体系。这时候，这个综述的体系就算得上是“大而全”了，那么如何深入呢？

前面提到过，精读的时候，要注意论文的基本结论，是否可靠？以及论文出自哪个实验室？其实读文献的时候会不自觉地注意到这些。读得越多，就越知道哪些人的工作比较重要。哪些人是真正的权威？哪些文章得到了重要的结论？哪些文章只是标题党？当你想到这些的时候，就是“品味”形成的时候。这时，要把这些想法跟导师讨论，纠正自己的偏见，继续修正自己的方向。这时候你就会发现，虽然在笔记上体现不出来，但是你的文献综述体系已经有了深度。

7.

文献追踪

当有了“大、全、深”的综述体系，这并不是文献综述的结束，而是一个新的开始。前面的工作会让你明白，自己在这个研究领域和研究方向上所处的位置，你有哪些合作伙伴？你有那些竞争对手？不断地追踪他们吧。当遇到问题时，大胆地写信向他们咨询求助；在学术会议上遇到他们时，勇敢地和他们讨论。这时候，你会发现，自己的研究之路，越走越宽。以后的任何文献综述也都难不倒你了，随时可以根据实际要求，从你的“大体系”中提取出需要的内容。

从1至7的整个过程，需要贯穿研究生学习的始终，你会获得不间断的成长。

8.

惊喜或者惊吓

也许有人觉得这么做没有什么必要，也特别浪费时间。其实我自己也有这种怀疑。直到坚持了两三年，遇到一个老师来所里和我们交流。因为之前的文献综述，我读过他的一些文献，知道他和我的研究方向重合的部分。我们讨论了他之前的工作，又讨论了我现在的工作，还聊了聊一些同行的工作。谈话结束后，他找到我的导师，提出与我们合写一篇综述。我们当然非常高兴。

这篇综述一写就是两年，综述的主要结构就来自我研一时的一篇读书笔记。在两年的时间里，我导师的“逼迫”下，一遍一遍地修改，自尊心也一次次地被碾成粉末，觉得自己可能就是个渣渣吧，也可能连渣渣都不是，就是些末末，风一吹就得飞走。最后还是完成了。就是下面这篇。

Wang, H.N., Peng, N., Shah, S.A.,Huang, L., She, Q., 2015. Archaeal extrachromosomal genetic elements. Microbiol Mol Biol Rev 79, 117-152.

做文献综述让我成长了许多。我找到了这个研究领域主要的几个实验室，他们的优势、劣势。甚至在文献追踪的过程中看到他们竞争的过程，知道他们赢在哪里，输在哪里，直到最终自己也参与其中。

写到这里，我想起导师说过的一句话：一个受过良好学术训练的博士，应该明白自己工作的水平。

换句话说，一个合格的博士，对于自己的工作能发表在什么样档次的杂志上，应该有点儿自知之明。