用sickle软件来对双端测序数据过滤低质量reads

一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：

Quality trimming

Adapter removal

Contaminant filtering

当我们是双端测序数据的时候，去除低质量的reads就容易导致左右两端测序文件不平衡，有一个比较好的软件能解决这个问题，而且软件使用非常简单！

安装代码如下：

这个软件很简单，就是去除低质量的reads，而且还可以保证双端测序的完整性。

http://www.biotrainee.com/jmzeng/reads/test1.fastq

http://www.biotrainee.com/jmzeng/reads/test2.fastq

这个软件支持gz压缩格式，我应该压缩好了再上传到我们的云服务器的，这样可以节省流量，这只是一个测试，如果数据传输压力太大了，我们可能会取消链接，改为百度云分享！

软件给出的log日志如下：

然后批量查看处理前后的fastqc质量报告：

比较所有的fastq文件的结果报告就可以看出它做了什么！

fastq

sickle处理前后的结果文件都可以在 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip 下载。

当然，这只是默认参数的用法，还可以添加很多参数! 比如 -q 30 -l 15 参数解释如下：