lncRNA数据库专题-LncRNADisease

经过第一周的lncRNA概述，我们对其作用有所了解，目前lncRNA的研究重点主要包括：lncRNA的分类以及lncRNA的识别和鉴定，以及lncRNA和其他生物元素的相互作用的系统生物学研究，除此之外，还有lncRNA在重大疾病发生发展中的作用，lncRNA作为疾病分子标记物和药物靶点的潜力研究。那么从哪获得这些lncRNA的详细信息呢？自然是相关数据库啦，也就有了这周的专题lncRNA数据库了。

前几节已经讲了NONCODE, LncRNAdb, LncRNome, StarBase等数据库常见的lncRNA相关数据库，有表达数据库、序列和功能、细胞定位等。今天要介绍的数据库LncRNAdisease则是基于疾病互作的角度，主要收录了有实验支持的lncRNA和疾病的关系，便于biomarker的寻找和疾病机制研究。2017年数据库更新后，有2947个lncRNA-disease对。该数据库提供的主要功能是疾病与lncRNA映射关系，可以查询预测和lncRNA存在相互作用关系的其它分子和疾病，并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。

原文对功能的描述如下：

experimentally supported lncRNA–disease association data

experimentally supported lncRNA interaction data

predicted lncRNA–disease association data

Moreover, a bioinformatic method to predict potential-associated disease for a novel lncRNA based on its genomic context and integrated this method into LncRNADisease.

数据库构建过程

数据库构建流程大致就是从pubmed查询下载，手工整合，对各种lncRNA做了物种归类、系统命名，和疾病的关系（图A）以及在疾病中的失调状态（比如表达异常、DNA甲基化异常等等，图B）。

pieChartlncRNA-疾病互作对的预测

基于遗传物质的组成相似性，lncRNA可能会对它所在的基因组位置附近的基因产生一定的影响，这类基因就被定义为“邻居基因”。根据这一原理，可以找到蛋白编码基因和miRNA相关的基因

数据库使用简介和扩展

简单使用其实在文章里说得挺明白，首先选择lncRNA或disease：

“Browse”的返回结果：对应项目的详细描述

“Fuzzy search”：就是模糊匹配全名或者alias（case-sensitive）

结合更多功能分析或许可以根据互作基因的功能进行拓展延伸，由于笔者在这方面的知识相对不够深入，盼和大家共同交流～

本文作者：王HH

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