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CellChat细胞通讯
细胞通讯分析是生物学研究中的一个重要领域，它涉及研究细胞之间如何通过信号传递来协调它们的功能和行为。 以下是一些细胞通讯分析的主要用途： 疾病诊断和治疗：了解细胞如何交流可以帮助诊断和治疗疾病，特别是那些与细胞通讯失调有关的疾病，如癌症、自身免疫疾病和神经退行性疾病。 药物开发：通过研究细胞间通讯的机制，可以发现新的药物靶点，从而开发出更有效的治疗药物。 发育生物学：细胞通讯在胚胎发育和组织形成中起着关键作用。研究这些过程有助于我们理解正常和异常发育的机制。 组织工程：在组织工程中，细胞通讯对于细胞的增殖、分化和组织结构的形成至关重要。 细胞信号传导研究：细胞通讯分析有助于揭示细胞内信号传导的复杂网络，这对于理解细胞如何响应外界刺激非常重要。 生物防御机制：研究细胞如何通过通讯来协调免疫反应，可以帮助我们更好地理解生物体如何抵御病原体。 神经科学：在神经科学领域，细胞通讯分析有助于我们理解大脑如何通过神经细胞间的信号传递来处理信息。
1.1K10编辑于 2024-06-21 - 来自专栏生信学习111
GSVA和细胞通讯
navy", "white", "firebrick3"))(50), cluster_cols = F) #no.4 去掉,gaps_col = seq(2,ncol(ES)-1,2) 细胞通讯 也可以用全部的cellchat@DB <- CellChatDB cellchat <- subsetData(cellchat) dim(cellchat@data.signaling) #细胞通讯网络分析 纵坐标是发射端，横坐标是接收端，有颜色代表横纵坐标所指的两类细胞之间有通讯，颜色深浅代表通讯概率,上和右表示该列/行通讯概率之和 计算配体-受体对信号网络的贡献度 只有p<0.05的才会被画出来，颜色仍然是通讯概率 细胞通讯模式和信号网络 传出模式(outgoing)，揭示了发射端细胞如何相互协调，以及它们如何与某些信号通路协调以驱动通信。 # 细胞通讯模式和信号网络 library(NMF) #选择合适的nPatterns数，二者都突然下降的值对应的横坐标就是合适的聚类数，2到3突然下降就选2,3到4出现了下降就选3 selectK(
41810编辑于 2024-06-27 - 来自专栏R语言及实用科研软件
🤩 miRTalk | 单细胞miRNA推断及细胞间通讯！~
~ miRTalk 由三个部分组成： 1️⃣ 第一部分是推断EV来源的跨细胞miRNA和高变靶基因； 2️⃣ 第二部分是推断EV来源的miRNAs介导的细胞间通讯及其下游靶点； 3️⃣ 第三部分是可视化 miRNA介导的细胞间通讯网络和miRNA-靶点相互作用网络。 if_use_human_data = TRUE, # gene2gene = gene2gene) 推断EVs源miRNA介导的细胞间通讯 target_gene_term) # pathways for ANXA2 res_pathway[[3]]$miRNA_term # overlapped/shared pathways 循环miRNA和器官-器官通讯潜能预测
20100编辑于 2025-05-19 - 来自专栏生信技能树
细胞通讯分析的背景知识
，读了一下发现确实超级适合作为细胞通讯分析的背景知识学习材料。 自分泌，旁分泌，近分泌和内分泌 自分泌信号转导是指细胞内通讯，细胞分泌配体，这些配体用于通过同源受体诱导同一细胞上表达的那些分子的细胞应答。 旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞。 近分泌，即依赖于接触的细胞间通讯依赖于间隙连接或膜纳米管等其他结构，使信号分子直接在细胞之间传递，而不会分泌到细胞外。 内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。
1.3K32发布于 2020-12-17 - 来自专栏单细胞天地
综述-单细胞转录组学分析细胞通讯
Opinion in Systems Biology 链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2452310021000081 介绍 细胞间通讯 图(a)：细胞可以分泌扩散的配体，并可以与附近细胞表面表达的受体结合。一般发生在接收细胞最接近发送细胞和当有足够的受体表达时。只有当结合的配体触发下游反应时，细胞间通讯才会发生。 蓝色和橙色细胞代表不同的细胞类型。对于蓝色细胞，较深的阴影代表更强的配体表达。(b)可以从单个细胞或细胞簇水平的 scRNA-seq 推断细胞间通信，但细胞之间的空间距离会丢失。 为此，可以在受体基因表达的情况下，通过检查由配体-受体结合引起的下游靶基因反应来进一步评估通讯情况。 -基因相互作用 scTensor 对高阶相互作用进行建模，使用张量分解来检测多个细胞群和配体-受体对的多对多 CCC 除了基本的量化细胞通讯信号值以外，有的工具还提供可视化方法。
3.3K31编辑于 2022-04-18 - 来自专栏生信技能树
细胞通讯分析结果的解读
单细胞进阶分析主要是拟时序分析，细胞通讯分析，以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊，再到普通的数据挖掘文章，所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过，虽然细胞通讯分析越来越普通，但它的难度并不会降低，在试图学习这个分析方法之前，大家需要自己提前了解一下：细胞通讯分析的背景知识，而且呢，还得看看细胞通讯分析的实例，多读文献，总归是没有错的！ 细胞通讯分析相关软件工具超级多 细胞通讯分析相关软件工具也不少了，但是缺乏一个综述文章，或者说一个benchmark文章，对这些工具进行测评。 居然就可以根据上面的细胞通讯关系绘制出来机制图： ? 同样的分析，完全不同的展现方式 主要是靠大家对这个细胞通讯分析流程的理解，以及对结果的解读，后续我们会针对此推文前面提到的5款做细胞通讯分析软件的用法解读，并且合理的使用它们的分析结果来支撑我们的数据成为一个合理的生物学故事
3.1K52发布于 2020-12-17 - 来自专栏生信菜鸟团
空转细胞通讯分析之COMMOT
空间转录组以及单细胞转录组技术，为解析细胞-细胞通讯（Cell–Cell Communication, CCC）提供了前所未有的机会。 然而，如何在重建细胞通讯网络的过程中充分整合细胞间的空间位置信息和复杂的生化过程，仍然是一个重大挑战。 COMMOT（COMMunication analysis by Optimal Transport）是一种创新的分析方法，旨在在空间转录组数据中推断细胞通讯关系。 它基于集体最优传输理论（collective optimal transport），能够同时考虑多个配体-受体对之间的相互竞争关系以及细胞之间的空间距离，实现更为精确和生物学上合理的通讯建模。 ； 提供全面的可视化工具，包括通讯热图、信号流向图和基因调控网络图等。
88412编辑于 2025-03-24 - 来自专栏生信探索
CellChat 细胞通讯分析（预处理）
pytables jaxlib leidenalgwhich python# /opt/homebrew/Caskroom/mambaforge/base/envs/SC/bin/python每个分组的细胞通讯网络流程脚本第一次使用 各个参数的意义w: 工作目录，默认为当前目录i: 输出文件的标识根据i可以得到，normalise过的基因表达数据，行基因，列细胞；Arrow格式；第一列是为index，细胞barcode;细胞类型信息 ；CSV格式，第一列是Cell，细胞barcode，第二列为CellType，细胞的类型s: 物种，可以选human和mouse，默认为humann: 线程数默认8y: python的路径使用方法nohup CellChatDB.mouse)# ==============================================================================# 2.预处理表达数据 + 细胞通讯网络
1.2K30编辑于 2023-04-21 - 来自专栏单细胞天地
细胞通讯-iTALK使用方法
什么是细胞通讯？ 多细胞生物由不同类型的细胞组成，单个细胞之间的行为协调需要建立通讯网络。 例如生物体的生长发育、分化、各种组织器官的形成、维持以及各种生理活动的协调，都需要高效和高精度的细胞通讯机制。 单细胞转录组分析中的细胞通讯分析主要指的就是：通过比较不同样品组的细胞在各细胞类型之间的配体与受体基因表达差异 单细胞“配体-受体”分析工具 CellPhoneDB ? celltalker celltalker[2]我们在《举一反三 | 总结单细胞文章分析框架及软件》中有提到。 iTALK iTALK[3]这个包的应用比较简单，可以自定义定制的配体-受体数据库。 E95C59', '#E59CC4', '#AB3282') highly_exprs_genes <- rawParse(iTalk_data, top_genes=50, stats="mean") # 通讯类型
5.9K42发布于 2020-07-02 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组高级分析三：细胞通讯分析
细胞通讯分析原理 ? 细胞通讯研究领域涵盖的内容很广，如上图所示包括通讯方式、功能、信号分子以及各种途径的机制。细胞之间通讯的介质有很多，例如钙离子、脂质、多肽、蛋白、外泌体以及电信号等。 利用单细胞转录组数据分析的细胞通讯，仅限于蛋白质配体-受体复合物介导的细胞间通讯。 细胞通讯分析工具 目前利用单细胞转录组数据分析细胞通讯的工具有CellPhoneDB，celltalker和iTALK。 部分细胞通讯关系的气泡图 ? 细胞通讯关系热图 ? celltalker认定细胞进行通讯的前提是配体和受体的表达值在通讯的细胞之间具有一致性。
17.2K59发布于 2020-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
多组cellchat细胞通讯批量分析
上面是之前我们分享的数据集处理过程，今天我们来看看如何进行cellchat分析：1.批量运行多组cellchat 2.比较两组cellchat结果 今天是完整代码分享，如果想要使用其他示例数据，可以参考这个数据：单细胞直播一理解 biye/ipf/gse104154/cellchat/cellchat/Bleomycin/cellchat_Bleomycin_.RData") sio2=cellchat #两个数据集的细胞类型一致情况下的
87010编辑于 2025-02-10 - 来自专栏生信技能树
构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）
最近一直在这里细胞通讯分析相关软件工具及原理，看到不同细胞亚群的网络图，就以为是细胞通讯分析。 实际上它也是另外一种细胞通讯的计算方式了！ ，读了一下发现确实超级适合作为细胞通讯分析的背景知识学习材料。 旁分泌细胞间的通讯不需要细胞间的接触，而是取决于信号分子在分泌后从一个细胞扩散到另一个细胞。 内分泌细胞间的通讯代表细胞间的通讯，信号分子被分泌并通过诸如血浆的细胞外液传播很长一段距离。
1.4K40发布于 2020-12-17 - 来自专栏生信探索
CellChat 细胞通讯分析（可视化）
interactions - ", names(cc_list)[i]) )}ps("02.Diff_number_strength/Counts_Compare_net.pdf")图片图片图片3.指定细胞互作数量对比网络图 Structural similarity of pathway")ps("05.Manifold/Pathway_structural_similarity.pdf", w = 9, h = 6)图片图片图片6.细胞信号模式对比
2.5K41编辑于 2023-04-21 - 来自专栏生信菜鸟团
CellChat细胞通讯（二）可视化篇
我在 CellChat细胞通讯分析（一）一文中简单介绍了CellChat，以及其进行细胞间通讯的推断与分析的代码实现。 Part III：细胞-细胞通讯网络可视化 在推断细胞-细胞通讯网络的基础上，CellChat为进一步的数据探索、分析和可视化提供了各种功能。 Part IV: 细胞-细胞通讯网络的系统分析 为了便于理解复杂的细胞间通讯网络，CellChat通过从图论、模式识别和空间信息流形学习中抽象出来的方法对网络进行定量测量： CellChat可以确定主要的信号 确定全局的通讯模式，探索多种细胞类型和信号通路如何协调在一起 除了探索单个通路的详细通讯外，一个重要的问题是多个细胞亚群和信号通路之间是如何协调作用的。 14.1 识别并可视化分泌细胞的传出（outgoing）通讯模式 传出模式揭示了发送细胞（例如作为信号源的细胞）如何与其他细胞相互协调，以及它们如何与特定的信号通路协调以驱动通讯。
11.9K42编辑于 2022-10-31 - 来自专栏生信技能树
CellPhoneDB的单细胞通讯结果的理解
我们在前些天的教程：直接为CellPhoneDB创建一个独立的conda环境，以及：把Seurat对象里面表达量矩阵和细胞表型信息输出给CellPhoneDB做细胞通讯，给大家演示了如何对pbmc3k单细胞数据集做细胞通讯 gene_b secreted receptor_a receptor_b annotation_strategy is_integrin rank B|B B|CD14_Mono 我们前面的接近3千个细胞 ，每个都是自己跟包括自己在内的9个单细胞亚群进行通讯分析。 这个最新计算好的 count_network.txt 里面的内容，就是9个细胞亚群，每个都是自己跟包括自己在内的9个单细胞亚群进行通讯分析后的合格的通讯（受体和配体对）数量，也就是81行，再加上一个表头 ，每个都是自己跟包括自己在内的9个单细胞亚群进行通讯分析后的合格的通讯（受体和配体对）数量，也就是81次，这样的统计即可。
3.2K21编辑于 2022-03-03 - 来自专栏生信探索
单细胞转录组实战05: CellphoneDB细胞通讯及可视化
pip install -U cellphonedb -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple cellphonedb database download 单细胞分析环境 Metadata file 第一列：Cell，细胞名 第二列：cell_type，细胞类型 obs = pd.DataFrame({'Cell':adata.obs.index,'cell_type': 因此选用两类细胞间存在的互作数目作为评估细胞类型之间交流密切的依据。CellPhoneDB 统计 Cluster 间的蛋白互作数目作热图。 横纵坐标表示分群 ID或细胞类型，颜色深蓝色到紫红色代表互作数由低到高。 如下图横坐标是细胞类型互作，纵坐标是蛋白互作，点越大表示 p 值越小，颜色代表平均表达量。
5.2K60编辑于 2023-02-15 - 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示小鼠子宫胚胎着床部位的细胞间通讯
利用biomarker进行细胞类型的注释：基质细胞表达 Hoxa11 ，上皮细胞表达 Krt8 ，平滑肌细胞表达 Acta2 ，周细胞表达 Rgs5，内皮细胞表达 Vwf 或 Prox1 ，免疫细胞表达 S1/S1p的细胞高表达 Hand2，而S2/S2p相反， 这意味着 S1/S1p 是内部基质细胞，S2/S2p 是外部基质细胞。 LE 含有表达 Tacstd2 的管腔上皮细胞，GE 由表达 Foxa2 的腺上皮细胞组成 。 内皮细胞有四个亚群：VEC 及 VECp 是表达 Vwf 的血管内皮细胞，而 LEC 及LECp 是表达 Prox1的淋巴管内皮细胞。 着床部位囊胚和子宫之间的细胞间通讯 囊胚和子宫之间的细胞间通讯是胚胎着床的关键机制。
1.2K31编辑于 2022-04-18 - 来自专栏天意生信俱乐部
保姆级教程 | CellCall细胞通讯分析全流程
随着单细胞测序技术飞速发展，探索细胞间对话机制成为可能。细胞通讯通过配体-受体互作传递信号，是组织功能和疾病发展的关键。 等） scale.factor：标准化因子 Org：物种信息，用于查询相应的配体-受体数据库 计算细胞间通讯谱 现在，我们计算细胞间的通讯谱： # 计算通讯谱 mt <- TransCommuProfile 每个细胞类型在圆周上占据一段弧，连线表示细胞间的通讯关系。线的宽度表示通讯强度，颜色区分不同的信号。参数可以调整图形的各个方面，如细胞颜色、排序、连线样式等。 行代表配体-受体对，列代表细胞类型对。颜色强度反映通讯强度，聚类有助于识别相似的通讯模式。 通过这个教程，我们: 建立了细胞通讯模型 鉴定了重要的配体-受体对 将配体-受体信号与下游转录因子连接 用多种方法可视化了分析结果 这种分析方法不仅回答了"哪些细胞在通讯"的问题，还回答了"通讯如何影响接收细胞的功能
43300编辑于 2025-05-21 - 来自专栏生信菜鸟团
评估细胞因子活性、免疫细胞极化和细胞间通讯的利器：IREA 分析（二）
之前简略介绍了一下IREA 分析 评估细胞因子活性、免疫细胞极化和细胞间通讯的利器：IREA 分析，作者将IREA做成了可视化的网页，但是这个网页又不是那么丝滑，所以我在想，能不能根据作者提供的方法，通过 借助于ChatGPT，我来尝试画一下极化的雷达图看看，用的数据来自于➡慢性病毒性肝炎（二）中性粒细胞亚群细分策略 导入我的数据 现在我有一个seurat对象 load(". treatment` 列并将其设置为身份列 Idents(tmp) <- tmp@meta.data$treatment # 假设已经有一个Seurat对象 seurat_obj # 进行标准化，每个细胞的总表达标准化为 NormalizeData(tmp, normalization.method = "LogNormalize", scale.factor = 10000) 这一步是1和2⬆ # 计算每个基因在所有细胞中的平均表达量 非常恳切地欢迎大家留言给我，指出问题，一起进步~ 真的觉得IREA这个东西对于研究炎症或者发育分化还是很有帮助的，因为免疫细胞在发育、分化和成熟的过程中，与细胞因子的调控紧密相关。
84210编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信技能树
CellCommuNet—细胞通讯网络数据库（人和小鼠单细胞转录组）
大家需要自己提前了解一下：细胞通讯分析的背景知识，而且呢，还得看看细胞通讯分析的实例，多读文献，比如：细胞通讯分析结果的解读。 而且呢，并不是说一定要使用专门的细胞通讯分析软件才能做这个细胞通讯分析，比如：构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析），就是另辟蹊径。 CellPhoneDB是出镜率最高的细胞通讯分析软件， 我们之前分享了早起版本的CellPhoneDB这个Python软件，它目前进化到了V5，前面的笔记详见 ： CellPhoneDB的单细胞通讯结果的可视化之气泡图 CellPhoneDB的单细胞通讯结果的理解 直接为CellPhoneDB创建一个独立的conda环境 把Seurat对象里面表达量矩阵和细胞表型信息输出给CellPhoneDB做细胞通讯 但是CellPhoneDB 最后提供了一个在所选分辨率下的细胞间通讯分析结果。
69310编辑于 2024-03-25
腾讯云开发者
