生信菜鸟团

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文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 5小时前2025-04-15 06:22:22

玩转参考基因组

在研究基因序列层面变化的时候，对基因组序列有一个全面的认知及学会怎么对序列基本操作十分重要。

生信菜鸟团 5小时前2025-04-15 06:22:23

翻译、工具、数据、索引、编码

发表了文章 1天前2025-04-14 03:29:16

空间转录组学习笔记 - 第1周（初来乍到的Echo）

基于NGS的方法源自scRNA-seq的概念创新，在文库制备前给不同位置的reads带上映射了空间信息的短序列，也就是空间barcode。主要包括ST、10x ...

生信菜鸟团 1天前2025-04-14 03:29:16

设计、芯片、学习笔记、数据分析、连接

发表了文章 2天前2025-04-13 07:56:13

多位点测序与肿瘤空间进化

突变特征：103 个 ESCC 中的突变特征主要有 6 个（ FigS2b ）：APOBEC（Sig 2 和 13）、dMMR（DNA 错配修复缺陷 Sig ...

生信菜鸟团 2天前2025-04-13 07:56:13

事件、数据、迁移、量化、模型

发表了文章 2天前2025-04-13 07:56:00

R tips：解决monocle的plot_genes_branched_heatmap函数报错

最近在使用monocle的plotgenesbranched_heatmap函数进行BEAM分支热图绘制时发生了一个报错，如下：

生信菜鸟团 2天前2025-04-13 07:56:00

函数、源码、data、heatmap、plot

发表了文章 4天前2025-04-11 05:51:27

提供数据代码，想学基因组分析，看看这篇刚发在 Nature 的胃突变图谱分析就够了

◉ 这项研究的概述。从30名捐赠者身上采集了胃腺。◉ 对来自正常、发炎和/或化生胃组织的217个微解剖单个腺体以及21个胃癌腺体进行了全基因组测序，另外对829...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 05:51:27

编码、模型、事件、数据、算法

发表了文章 4天前2025-04-11 05:50:39

scNET，将scRNAseq数据与PPI网络整合以更好地捕捉基因注释、通路表征以及基因间关系 | Nat.Methods

◉ 最初，蛋白质相互作用网络、KNN图和基因表达数据被输入到双视图编码器（虚线部分）。◉ 随后，使用图注意力层来提取细胞和基因的潜在表示。◉ 接着，内积解码器用...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 05:50:39

nat、methods、模型、数据、网络

发表了文章 4天前2025-04-11 05:48:36

资源 | 人类生物分子图谱计划（HuBMAP）：3D人体参考图谱的构建与使用

◉ ASCT+B表格文件记录了器官的嵌套‘part_of’结构（例如，构成肾单位的细胞、逐步更大的解剖结构、整个器官如肾脏，肾脏是身体的一部分）。◉ 构成（位于...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 05:48:37

工具、工作流、开发、数据、表格

发表了文章 4天前2025-04-11 03:35:58

综述 | 肿瘤与宿主之间的代谢互作塑造了肿瘤的大环境 | Nat.Rev.Cancer

◉ 宿主因素、肿瘤、其微环境和大环境之间的交流途径：肿瘤细胞固有的遗传改变和局部环境（包括免疫细胞、组织驻留细胞和营养可用性）影响肿瘤细胞内的代谢过程（微环境）...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 03:35:58

nat、编程、管理、模型、系统

发表了文章 4天前2025-04-11 03:34:10

18 种人类癌症中的基因表达深度剖析 | Nature Biomedical Engineering

◉ 我们从常见的微阵列平台下载了18种癌症类型的基因表达数据集，进行了预处理并将其合并成特定于癌症的表达矩阵。总共，我们拥有来自超过1000个GEO数据集的50...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 03:34:10

网络、神经网络、变量、模型、数据

发表了文章 4天前2025-04-11 03:33:23

PAN-GO，以创建尽可能完整和准确的人类基因功能表征 | Nature

◉ PAINT软件工具（方法）展示了创建人类ATG7基因的功能进化模型的过程（顶部），该模型整合了相关基因的功能信息。◉ 系统发育树（左侧）显示了在不同生物体中...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 03:33:23

模型、事件、数据、go、编码

发表了文章 4天前2025-04-11 03:32:35

如何用基本临床数据预测癌症免疫检查点抑制剂疗法的疗效 | Nat.Med

◉ 队列收集。顶部：使用了来自 MSKCC 的真实世界队列（MSK-I）进行模型开发。◉ 中部：使用了来自 MSKCC（MSK-II）和 MSHS 的两个真实世...

生信菜鸟团 4天前2025-04-11 03:32:35

测试、队列、模型、数据、nat

发表了文章 5天前2025-04-10 01:55:23

如何打开dat文件之从mrxs图像到细胞识别

Pannoramic Slide Scanner（如 3DHISTECH 出品的 Pannoramic SCAN、Pannoramic MIDI 等）扫描的免疫...

生信菜鸟团 5天前2025-04-10 01:55:23

数据、统计、容器、存储、模型

发表了文章 6天前2025-04-09 02:26:52

renv—R项目的时光机和工具箱

renv 是 R 语言的“项目管理工具”，帮你为每个项目创建独立的包环境，并自动记录依赖关系。

生信菜鸟团 6天前2025-04-09 02:26:52

工具、函数、配置、数据、服务器

发表了文章 6天前2025-04-09 02:26:09

Peaks 筛选过滤策略

ChIP-Seq 实验中，不同的 callpeak 策略和过滤选择能有多少影响呢？我们这里探索一下。

生信菜鸟团 6天前2025-04-09 02:26:09

数据、程序、教程、可视化、事件

发表了文章 8天前2025-04-07 01:14:05

聚焦卷积神经网络（CNN）、人工神经网络（ANN）与图像分析---AI在植物科学中的应用进展

本文参考研究AI-powered revolution in plant sciences: advancements, applications, and c...

生信菜鸟团 8天前2025-04-07 01:14:05

系统、卷积神经网络、图像分析、模型、数据

发表了文章 8天前2025-04-06 14:31:18

一文厘清富集分析：GroupGO、enrichGO、gseGO、enrichKEGG、gseKEGG、enrichMKEGG

生物学研究中，我们常常面对成百上千的基因数据，例如转录组或蛋白质组数据。在基因差异表达分析之后，你得到了差异基因，可能几个到上百个不等，单纯分析单个基因的意义有...

生信菜鸟团 8天前2025-04-06 14:31:18

数据库、函数、数据、网络、go

发表了文章 11天前2025-04-04 07:53:15

开源数据代码，学习如何通过单细胞多组学数据鉴定关键因子

◉ 研究设计和计算分析的示意图。3DG，三维基因组。◉ WNN 表示的单核 RNA 测序和单核 ATAC 测序数据投影到 UMAP 上，显示主要细胞类型。◉ 伴...

生信菜鸟团 11天前2025-04-04 07:53:15

数据、网络、开源、对象、函数

发表了文章 11天前2025-04-04 07:52:29

scMMO-atlas：单细胞多模态组学图谱和门户，用于探索细胞异质性和细胞动态

◉ 图1. scMMO-atlas的构建和数据总结。(A) scMMO-atlas构建方案。(B) 按物种、供体状况和组学方法对scMMO-atlas进行总结。...

生信菜鸟团 11天前2025-04-04 07:52:29

数据、搜索、数据库、数据可视化、可视化

发表了文章 11天前2025-04-04 07:51:50

生信程序 | 量化癌症进化谱系中的细胞分裂 | Nature Genetics

◉ a，DNA聚合酶滑动导致多聚鸟嘌呤重复序列中插入缺失的示意图。◉ b，多聚鸟嘌呤突变在发育过程中积累，并作为分子条形码发挥作用。为简化起见，仅显示一个等位基...

生信菜鸟团 11天前2025-04-04 07:51:50

数据、程序、队列、框架、量化

发表了文章 11天前2025-04-04 07:49:56

全基因组测序分析鉴定出与循环蛋白水平相关的罕见、大效应非编码变异和调控区域

◉ 显示顺式变异与循环蛋白水平相关性的曼哈顿图，调整了相关的常见变异和同源基因的所有编码变异后。◉ a-e，x轴表示基因组位置，y轴显示我们所有蛋白质的顺式结果...

生信菜鸟团 11天前2025-04-04 07:49:56

数据、统计、变量、编码、测试

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