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根据之前的推文，我们获得了全部样本合并后的loom文件，但在我使用scvelo进行分析时惊讶的发现，将单细胞矩阵和loom文件合并后细胞数从11万减少到了5万。
因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。
前一篇文章中给出了celrlanger定量的代码，虽然我发文的是一个失败案例(感兴趣的的同志们可以自行查看https://www.ncbi.nlm.nih.go...
我在练习上游数据处理的过程中遇到了一个奇怪的数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18...
将ENA数据库上的aspera链接写入一个txt文件下以便下载脚本读取，下面我将以2个链接作为演示
通过昨天下载的TSV文件，我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。
从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。
#paste0就是默认没有间隔的paste,paste0与paste(,sep = ""),paste(,sep="")可以自定义需要组合的字符间的间隔符号
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