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V5版seurat读取不同格式单细胞数据

在23年3月份的时候（下意识想说今年了hhh，恍然发现已经24年），菜鸟团作者就整理过不同格式的单细胞数据读取的方法，是基于V4版本的。

生信菜鸟团 2024-01-062024-01-06 14:45:19

data、table、对象、函数、数据

一篇单细胞文献复现及代码部分更新

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151177

生信菜鸟团 2023-12-142023-12-14 16:13:24

input、int、pdf、可视化、数据

文献复现及简介—胰腺癌的单细胞水平肿瘤异质性

「Microenvironment drives cell state, plasticity, and drug response in pancreatic...

生信菜鸟团 2023-09-092023-09-09 17:12:05

数据库、data、meta、开发、数据

单细胞多数据集整合示例

有很多人有或多或少的原因并不会自己做单细胞实验送测序，加上目前单细胞转录组数据上传在公共数据库的数据也有不少了，大家会倾向于从公共数据集中筛选出多个数据集来做整...

生信菜鸟团 2023-12-212023-12-21 14:28:36

data、label、meta、table、数据

HCC微环境中肿瘤免疫屏障的鉴定及其对免疫治疗效果的决定作用

组学：ST, scRNA 测序平台：10X Genomics 样本数：ST (11个样本，8个病人+3个正常), scRNA (6个non-responders...

生信技能树jimmy 2023-11-142023-11-14 17:01:45

服务器、模型、入门、数据、线程

单细胞和空间分析揭示在结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的相互作用

b/c/d: 用Harmony去除批次效应，并用经典marker进行细胞类型注释；

生信技能树jimmy 2023-12-192023-12-19 19:52:44

网站、编码、队列、模型、数据

外周血单细胞RNA测序揭示阿尔茨海默病的免疫细胞特征

文章标题：《Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Immune Cell Signatu...

生信技能树jimmy 2023-12-262023-12-26 15:37:23

函数、可视化、数据、算法、网络

晚期胆道癌微环境中不同免疫群体的单细胞图谱

文章标题：《Single-cell atlas of diverse immune populations in the advanced biliary tr...

生信技能树jimmy 2023-12-262023-12-26 15:37:40

对象、函数、可视化、数据、算法

单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正

实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应：

生信技能树jimmy 2020-09-042020-09-04 10:45:29

数据分析、编程算法

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TA 很懒，什么都没有留下╮（╯＿╰）╭

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