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发表了文章 2天前2025-03-06 23:32:36

scanpy读取空转Visum HD数据&基础分析

上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据（10X visum低分辨率）：

生信技能树 2天前2025-03-06 23:32:36

基础、教程、可视化、配置、数据

发表了文章 2天前2025-03-06 23:32:26

python读取空间转录组数据

上一期我们学习了使用python读取不同的单细胞数据：python版读取不同的单细胞数据格式（单样本与多样本），今天来看看使用python读取空间转录组的数据。

生信技能树 2天前2025-03-06 23:32:26

软件、数据、python、data、教程

发表了文章 4天前2025-03-04 21:43:36

Science杂志：富集结果条形图还可以聚类吗？

含义：作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG，GOBP，GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA ...

生信技能树 4天前2025-03-04 21:43:36

数据库、表格、技巧、排序、数据

发表了文章 5天前2025-03-03 15:22:27

Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(五)|| 数据合并, 标准化、特征选择以及聚类

今天继续来学习他的代码wiki上的：https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki

生信技能树 5天前2025-03-03 15:22:27

meta、可视化、数据、github、data

发表了文章 5天前2025-03-03 15:21:30

可以质疑来自哈佛医学院的顶刊Cell结果吗？

最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！

生信技能树 5天前2025-03-03 15:21:30

matrix、数据、数据分析、cell、file

发表了文章 8天前2025-02-28 14:45:31

一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（二）

之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全和 Omni-ATAC：更新和优化的ATA...

生信技能树 8天前2025-02-28 14:45:32

数据分析、https、工具、论文、数据

发表了文章 9天前2025-02-27 15:38:34

一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（一）

之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全和 Omni-ATAC：更新和优化的ATA...

生信技能树 9天前2025-02-27 15:38:34

数据、索引、数据分析、sh、工具

发表了文章 10天前2025-02-26 15:18:19

怀疑了不该怀疑的人

这个问题有两个学生反馈过，但我又重复不出来这个报错，所以先帮他们搞定了需要的文件，然后准备找个网络好的时间远程看看。

生信技能树 10天前2025-02-26 15:18:19

基础、入门、数据、工作、函数

发表了文章 11天前2025-02-25 16:09:40

画个同款新奇的“Galaxy”星系UMAP图（Nat Immunol：IF27.8）

前面我们已经介绍了如何在umap图上加圈：给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈，以及绘制星系umap图：5种方式美化你的单细胞umap散点图，那两者组...

生信技能树 11天前2025-02-25 16:09:40

int、对象、数据、nat、element

发表了文章 12天前2025-02-24 11:47:16

数据集“变脸术”？曾老板给的双胞胎数据集之谜

这两个数据集分别是：2012年update 在GEO上的 GSE41258，以及 2015年 update的GSE68468

生信技能树 12天前2025-02-24 11:47:16

list、merge、table、数据、芯片

发表了文章 12天前2025-02-24 11:45:55

WGCNA鉴定三阴性乳腺癌中的core lncRNA之数据提取（2025版）

以前的专辑见：wgcna，以及 githut上的代码：https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA

生信技能树 12天前2025-02-24 11:45:55

数据库、core、count、sample、数据

发表了文章 16天前2025-02-20 12:19:44

一步一个坑：单细胞数据的h5ad格式转换成R可读取对象

随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%...

生信技能树 16天前2025-02-20 12:19:44

data、meta、pca、对象、数据

发表了文章 16天前2025-02-20 12:19:08

六分组疾病进展的关键基因差异箱线图绘制

我们每一次的绘图不光光只有绘图的技巧，还带有对文章提供的原始数据处理小技巧，大家可不要忽略了这个呀！还有图和数据在这篇文章中的应用，都是可以学习的！

生信技能树 16天前2025-02-20 12:19:08

技巧、数据、人工智能、list、变量

发表了文章 17天前2025-02-19 13:35:09

DoubletDecon 过滤到放弃！|| Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（四）

今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，DoubletFinder双细胞鉴定。

生信技能树 17天前2025-02-19 13:35:09

算法、源码、github、软件、数据

发表了文章 17天前2025-02-19 13:34:14

Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（三）|| 双细胞过滤之 DoubletFinder

今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，保存的对象为saveRDS(rna,"./rna_predoublet_PassedPC1Che...

生信技能树 17天前2025-02-19 13:34:14

github、可视化、软件、数据、性能

发表了文章 17天前2025-02-19 13:33:26

如何批量查询单个基因的功能通路？

学员的基因我们就不放了，我们随便找一个基因比如 EPCAM，一个上皮细胞的经典基因。我们上面讲了，基因的注释与富集含义是一样的，只不过富集是显著注释的通路，通过...

生信技能树 17天前2025-02-19 13:33:27

go、数据库、db、集合、数据

发表了文章 17天前2025-02-19 13:32:46

pdx模型的人和小鼠单细胞数据分析方案

首先，有些人比如我可能还不是很了解什么是pdx模型，让人工智能大模型帮我介绍一下。问kimi（https://kimi.moonshot.cn/）：什么是pdx...

生信技能树 17天前2025-02-19 13:32:46

模型、数据、人工智能、数据分析、expression

发表了文章 17天前2025-02-19 13:31:45

WGCNA升级：CCNA+WGCNA筛选更可靠的候选基因

今天给大家介绍一个WGCNA的新玩法，即一致性共表达网络分析（Consensus co-expression network analysis，CCNA），该方...

生信技能树 17天前2025-02-19 13:31:45

data、database、脚本、数据、索引

发表了文章 17天前2025-02-19 13:29:58

突出你的新发现：高亮富集结果中的关键通路绘制

这个文章给我们提供了一种筛选与疾病高度相关的细胞亚群方法，即Scissor算法，它利用单细胞数据和 bulk RNA-seq 数据及表型信息识别与疾病高度相关的...

生信技能树 17天前2025-02-19 13:29:58

对象、数据、算法、正则表达式、dt

发表了文章 24天前2025-02-12 15:34:43

Kallisto定量结果：如何将transcript-level表达矩阵转为gene-level

这里将transcript-level表达矩阵转为gene-level的矩阵，使用的是R包 tximport，学习链接：https://bioconductor...

生信技能树 24天前2025-02-12 15:34:43

笔记、软件、数据、file、txt

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