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经常遇到‘一个循环绘制每一个差异基因在肿瘤和正常的表达差异’和‘需要在一张图中展示多个差异基因在肿瘤和正常组的表达分布’需求。如下列两张图所示:
微环境细胞种群计数器(MCP-count)方法,该方法允许从转录组数据对组织中八种免疫细胞和两种基质细胞种群的绝对丰度进行量化。离体免疫组织化学数据支持该方法的...
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但是有时,我需要将箱子中默认的中位数那条线,改为平均值。下面代码数据来源于上一篇博客:配对样本检验及绘图 - 简书 https://www.jianshu.c...
1. 下载GEO数据 #======================================================= #set the wo...
这里的a为A数据集的基因数,b为B数据集的基因数,inter为两者交集的基因数。 计算韦恩图P值的代码为
对于FPKM表达数据时,Edger,limma,和deseq等算法并不合适。而ballgown是针对于FPKM数据开发的差异基因算法,可以尝试。 示例数据如下...
Genomic analysis uncovers prognostic and immunogenic characteristics of ferropto...
主要方法:如果不同分组代表着一定的趋势,例如group1,group2,group3的样本严重程度越来越重。那么就可以求group1和group2的差异基因,g...
主要方法:将其中某一组设置为实验组,其余几组统一设置为对照组。 第一步读取数据,合并表达矩阵和分组文件 #========================...
这是一个公共收录实验测定的蛋白质-配体的结合亲 和力的数据库。 (1)实验测定的结合亲和力; (2)侧重测定候选药物靶点蛋白与小分子或 类药分子等配体的相互作...
(1)第一个部分是纯代码分析某个基因在TCGA33类肿瘤中的差异分析。 (2)结合TCGA和GTEx数据库,这样做的好处是:因为TCGA中肿瘤样本和正常样本是...
用pip安装软件包时报错,需要添加--user
Dash是用于构建Web分析应用程序的高效Python框架。Dash是写在Flask,Plotly.js和React.js之上,是使用纯Python的高度自定义...
(1)如何使用Conda安装RDKit 使用安装的RDKit创建新的conda环境需要一个类似于以下命令 $ conda create -c rdkit -n ...
http://rnacomposer.cs.put.poznan.pl/ 输入RNA序列和二级结构,邮箱地址,点击compose即可。
相似性原理(similar property principle)指出,总体相似的分子应具有相似的生物活性。
# library library(ggplot2) # create a dataset specie <- c(rep("sorgho" , 3) , r...
1.输入核苷酸序列 2.点击运行 RNAfold web server http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWe...
用DS2019读取这些sdf文件后,全部visible,然后保存为sdf格式,即可将所有小分子保存到一个sdf文件中。
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