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发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:50:51

R语言之双细胞检测工具DoubletFinder

双细胞的定义是一个液滴或一个微孔中包含了2个或多个细胞。根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:50:51

https、网络安全

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:50:15

Python深耕之minGPT的使用

GPT（Generative Pre-Training）是OpenAI在2018年发表的一篇论文《Improving Language Understandin...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:50:15

https、github、网络安全、git、开源

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:49:43

R语言之基于多组学的肿瘤亚群聚类分析

基于多组学数据的肿瘤亚型分组一直是研究者关注的一个方向，今天给大家介绍一个基于多组学进行聚类的R包SNFtool。此工具主要是利用相似网络融合将一个网络的多个视...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:49:43

聚类算法、编程算法

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:49:07

Python深耕之Pycharm实现远程服务器连接

Pycharm作为python的一个重要开发工具深得大家的喜爱，并且专业版本更是开发了替代xshell等的ssh远程连接插件。首先我们来看下如何获得免费使用专业...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:49:07

python、ide、腾讯云测试服务

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:48:35

Python深耕之图像深度学习必备工具包

因为研究方向的变动将本号更名为《R语言交流中心与Python深耕之路》，从R语言扩展到Python编程。今天给大家介绍下一个完整的深度学习模型的构建所需要的必备...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:48:34

深度学习、编程算法、python、pytorch

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:47:47

R语言中聚类过程可视化

今天给大家介绍一款进行聚类分析结果可视化的工具clustree。K-mean聚类大家都了解，是可以对优化的K进行选择的算法，那不是最优的k具体情况是否我们也可以...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:47:47

mean

发表了文章 2022-11-212022-11-21 21:46:58

R语言中科研绘图神器ggpubr

在整理图像的时候会让人觉得苦恼的就是怎么让绘图风格统一、画风高级。今天就跟大家介绍一个画图的神器，据说可以直接赢得主编的好感。此包就是ggpubr，一个联合gg...

一粒沙 2022-11-212022-11-21 21:46:57

ggplot2

发表了文章 2022-06-072022-06-07 18:11:14

R语言中list的批量操作

这个包的神奇之处在于能批量处理问题，例如，可以读取多个文件，跑模型的时候，可以批量输入多个参数，并把结果合并起来做比较

一粒沙 2022-06-072022-06-07 18:11:14

list

发表了文章 2022-06-072022-06-07 18:10:46

R语言中基于表达数据的时间序列分析

聚类分析大家应该不陌生，今天给大家介绍一个用于基于时间序列的转录组数据的聚类分析R包Mfuzz。此包的核心算法是基于模糊c均值聚类（Fuzzy C-Means ...

一粒沙 2022-06-072022-06-07 18:10:46

编程算法

发表了文章 2022-06-072022-06-07 18:10:16

R语言中的并行BioParallel

我们在前面曾经写过一个教程《R语言实现并行》，在其中我们测试了下几个基础的功能函数。今天给给大家带来另一个建立在基础包以上整合的并行R包BiocParallel...

一粒沙 2022-06-072022-06-07 18:10:16

linux

发表了文章 2022-04-182022-04-18 14:30:19

R语言中的共定位分析

基于上面的假设，第四种设想 H4 在统计学上概率越高，越能解释显著信号位点如何影响表型。，H4值的范围在0-1之间，0表示概率为0%，1表示概率为100%。后验...

一粒沙 2022-04-182022-04-18 14:30:19

编程算法

发表了文章 2022-03-142022-03-14 14:51:12

R语言中的绘图神器plotrix

大家在绘制科研图形的时候总会遇到各种想完美展示但是有各种受限的局面。最后都不得不去妥协，退而求其次。今天就来给大家介绍个神器，为各位去除后顾之忧。首先看下包的安...

一粒沙 2022-03-142022-03-14 14:51:12

发表了文章 2022-03-142022-03-14 14:50:31

R语言中多组学的因子分析

多组学的研究在不断进入各个疾病领域，那么如何整合这些多组学的特征成为多组学因子综合分析的挑战，今天给大家介绍一个可以类似于PCA分析对多维组学数据进行降维分析的...

一粒沙 2022-03-142022-03-14 14:50:31

发表了文章 2022-03-142022-03-14 14:50:02

R语言中的突变signature分析工具

新的一年开始了，今天给大家介绍一款用于发现、预测和探索突变特征的综合分析工具包musicatk。此包主要基于COSMIC突变数据中的最新数据进行肿瘤突变模式的探...

一粒沙 2022-03-142022-03-14 14:50:02

plotly、shiny、可视化

发表了文章 2022-03-142022-03-14 14:49:24

绘图布局patchwork

大家对ggplot2的绘图语法应该都很熟悉，但是如何多个图进行合理的拼接，一直是很头疼的事情，于是就有了patchwork包的诞生。此包主要的功能就是来对绘制的...

一粒沙 2022-03-142022-03-14 14:49:24

area、ggplot2、原理

发表了文章 2021-12-202021-12-20 12:40:15

R语言中的keras

Keras是一个高层神经网络API，由纯Python编写而成。此API支持相同的代码无缝跑在CPU或GPU上；对用户友好，易于快速prototype深度学习模型...

一粒沙 2021-12-202021-12-20 12:40:15

批量计算、keras、编程算法、神经网络

发表了文章 2021-11-122021-11-12 10:27:00

R语言实现基因组的注释

批量获取一个基因或者SNP的详细信息在很多时候都是很困扰的一个问题，今天给大家介绍一个可以注释位点或者基因的R包cellabaseR。此包提供了getGene，...

一粒沙 2021-11-122021-11-12 10:27:00

发表了文章 2021-10-212021-10-21 17:01:58

R语言实现VCF文件的处理可视化

基因突变数据大家应该很熟悉，作为突变信息的存储文件VCF文件，记录了突变的位点以及对应的突变信息。文件分为三个部分 ‘#’号开头行——meta，非#号开头行分...

一粒沙 2021-10-212021-10-21 17:01:58

dp、mq、ref、sample、variant

发表了文章 2021-10-112021-10-11 17:09:12

R语言实现高级的韦恩图可视化

韦恩图大家应该都不陌生，主要用来展示不同事物或者组之间的数学或逻辑关系，主要用于集合的运算结果展示。今天给大家介绍一个在R语言中更加高级的展示形式，实现此功能的...

一粒沙 2021-10-112021-10-11 17:09:12

集合、可视化、数学

发表了文章 2021-10-112021-10-11 17:08:48

R语言中的流行病数据分析神器

大家在分析临床数据和流调数据的时候指定在为各种模型，表格构建煞费苦心。今天就给大家介绍一个解决这些问题的R包sjPlot。此包不仅可以实现三线表的绘制，同时可以...

一粒沙 2021-10-112021-10-11 17:08:48

编程算法

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R语言中的并行BioParallel

R语言中的共定位分析

R语言中的绘图神器plotrix

R语言中多组学的因子分析

R语言中的突变signature分析工具

绘图布局patchwork

R语言中的keras

R语言实现基因组的注释

R语言实现VCF文件的处理可视化

R语言实现高级的韦恩图可视化

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