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说实话，这个坑连Nature 系列都提醒过。 富集分析不只是比p值小，而是比“背景”真实。 选错背景，p值再小也没意义。 一行代码，让结果从玄学变科学。
Cell首发：单细胞 × CRISPR = Perturb-seq，机制研究神器！
为什么它们能用于“免疫浸润”？ “免疫浸润”本质是细胞组成与活性在转录层面的影子。若有“某免疫细胞特异高表达的一组基因”（签名），那这组基因在一个样本里整体越靠...
生信小博士 最近看到太多“假显著”的富集结果了，动不动几百上千个通路全显著。 看起来丰富，其实大多数是背景设错的“统计幻觉”。 这篇就讲清楚——为什么很多生信公...
以上代码演示了一个典型的10x单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的聚类分析流程，从数据预处理一直到降维和聚类。每一步骤都或多或少会对后续细胞聚类的效果以...
✅ RNA-seq 需要 log2 转换，否则 LASSO 会受到极端值影响。 ✅ 如果 LASSO 没选出变量，可以：
你在处理三组或三组以上数据时，是否也曾机械地打开GraphPad，直接勾选“Ordinary one-way ANOVA”？
g Senescent cells were co-stained by SPiDER SA-β Gal, and the LIVE/DEAD Near-IR ...
最近总是看到AlphaFold 3又在Nature发表的新闻，我便想亲自体验一下AlphaFold 3的强度之处
Y叔为啥要开发cnetplot函数来画图呢，需要我们先理解一个概念：基因-概念网络 (Gene-Concept Network) GCN
在使用Seurat进行单细胞数据分析时，特别是处理多个样本或批次的数据时，关于是否需要按样本分别进行ScaleData处理？
AnnData对象（Python中）和Seurat对象（R中）分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。
昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话，就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办？（一）msigdbr
使用KEGG通路的基因列表进行单细胞GSEA GSVA分析的过程，我们需要遵循以下步骤：
无意间发现seurat中的Dotplot画图时候，不管是在seurat的v4 还是v5版本。都存在这个“bug”：右边本该出现的Average expressi...
数据分析中经常会有一些模棱两可的数据出现。如何让数据“为我所用”就很需要数据处理的技巧了。
学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手，又不想花钱买服务器，这里有个免费的网页版Linux服务（链接在文末），足够学习基础的Lin...
鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....
LIGER（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships，基因实验关系的链接推断）是一个用于整合...
大家好，是不是有时候你画韦恩图的网页工具画出来的图特别丑，就像这样，标签都看不到，或者在圆圈里面：
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