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最近总是看到AlphaFold 3又在Nature发表的新闻,我便想亲自体验一下AlphaFold 3的强度之处
Y叔为啥要开发cnetplot函数来画图呢,需要我们先理解一个概念:基因-概念网络 (Gene-Concept Network) GCN
在使用Seurat进行单细胞数据分析时,特别是处理多个样本或批次的数据时,关于是否需要按样本分别进行ScaleData处理?
AnnData对象(Python中)和Seurat对象(R中)分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。
昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话,就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办?(一)msigdbr
使用KEGG通路的基因列表进行单细胞GSEA GSVA分析的过程,我们需要遵循以下步骤:
无意间发现seurat中的Dotplot画图时候,不管是在seurat的v4 还是v5版本。都存在这个“bug”:右边本该出现的Average expressi...
数据分析中经常会有一些模棱两可的数据出现。如何让数据“为我所用”就很需要数据处理的技巧了。
学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手,又不想花钱买服务器,这里有个免费的网页版Linux服务(链接在文末),足够学习基础的Lin...
鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练,但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达,或者某种细胞的分组比例,或者画umap图、画小提琴图....
LIGER(Linked Inference of Genomic Experimental Relationships,基因实验关系的链接推断)是一个用于整合...
大家好,是不是有时候你画韦恩图的网页工具画出来的图特别丑,就像这样,标签都看不到,或者在圆圈里面:
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的,手痒的时候就想学习一下源码,顺便改一改
现在的单细胞分析,往往避免不了scanpy的使用,我们可以通过对比seurat来学习scanpy
【生物信息学】R语言,学习生信,seurat,单细胞测序,空间转录组。 Python,scanpy,cell2location,资料分享
结论:当然不是无脑合并,需要综合考量各种因素。可以去除TCR/BCR相关基因之后进行合并分析。
大家好,今天我们来聊聊python中anndata对象(scanpy)和seurat对象的转化。
偶尔直播,分享相关知识
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