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Listenlii-生物信息知识分享

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ISME主编发文：ASV数据不应使用Chao1/ACE等非参数物种估计方法
Chao1和ACE指数都依赖于群落中的稀有物种来对群落多样性进行估计。作者认为ASV数据不应使用Chao1/ACE等非参数物种估计方法。
Listenlii-生物信息知识分享 2024-06-262024-06-26 10:31:44
alpha、singleton、数据、数据处理
WR：距离衰减方程用分位数回归代替线性回归研究淡水水库中抗生素抗性基因的变化
距离衰减(Distance-decay，DD)已经被广泛应用于微生物群落和功能基因的生物地理格局。此研究开发了一个数据汇编、整理和统计框架，以淡水水库为例，将基...
Listenlii-生物信息知识分享 2024-06-262024-06-26 10:31:32
线性回归、变量、模型、数据、统计
群落构建几个问题
现如今分析扩增子，数据量普遍是越来越大了，相应的系统发育树也在茁壮成长。用ape包计算cophenetic距离时会报错树太大：
Listenlii-生物信息知识分享 2023-12-262023-12-26 11:20:34
服务器、高性能、函数、内存、数据
基本生物多样性变量EBVs
生物多样性的定义包括基因、物种、性状、群落组成和生态系统。这些维度中的一个或多个随时间和空间变化的数据支持海洋、陆地和淡水区域的生物多样性评估。这些环境中生物多...
Listenlii-生物信息知识分享 2023-09-062023-09-06 10:04:48
数据库、迁移、变量、服务、数据
Netrank：基于网络的生物标志物发现方法
BMC Bioinformatics发表的一个新工具，可以从网络中发现biomarker。NetRank是受Google的PageRank算法启发而提出的用于生...
Listenlii-生物信息知识分享 2023-09-062023-09-06 10:04:02
工具、连接、模型、排序、网络
ggpicrust2：PICRUSt2预测功能分析和可视化的R包
最近看到一个发表在Bioinformatics期刊的R包ggpicrust2，可以对picrust2结果进行可视化。文章网址：https://academic...
Listenlii-生物信息知识分享 2023-09-062023-09-06 10:03:25
函数、教程、可视化、数据、数据库开发
OTU/ASV和系统发育树不匹配的一个解决方案
最近好几个人遇到了同样的问题，就是在将OTU/ASV和系统发育树对齐的时候，报错：
Listenlii-生物信息知识分享 2023-09-062023-09-06 10:02:27
label、match、tree、解决方案、数据
TIM：微生物传送带: 通过分散和休眠连接全球
描述微生物多样性的研究在过去十年中显著增加。然而，解释微生物多样性和群落聚集复杂性的假说、理论和概念框架仍然缺乏。
Listenlii-生物信息知识分享 2023-03-022023-03-02 18:55:21
mLife：生态系统微生物组科学
微生物组通过与复杂环境和其他生物的相互作用，促进多种生态系统功能和服务。然而到目前为止，大多数微生物组研究都是在个体宿主或特定的环境中进行的。这极大地限制了对微...
Listenlii-生物信息知识分享 2023-03-022023-03-02 18:54:49
生物基因
R语言挖掘二十大报告关键词
万众瞩目的二十大正在如火如荼的召开，哪些方面是国家建设的重点是每个人都非常关心的话题。
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:43:22
txt
MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（下）：组合干扰下的恢复力
Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:41:29
MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（中）：微生物恢复力的关键
Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:40:32
MMBR综述 | 跨生态系统和组合扰动的微生物群落恢复力（上）：什么是恢复力
Journal: Microbiology and Molecular Biology Reviews
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:39:40
菜刀与杵臼：中华传统文化中的抗菌智慧
古代，蒜分两种：中国原产的为小蒜，从西域引种的为大蒜。在南北朝时期，医药学家陶弘景指出“今人谓葫为大蒜，谓蒜为小蒜，以其气类相似也。” 明代医药学家李时珍也在...
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:37:46
详解磷脂脂肪酸分析 Phospholipid Fatty Acid Analysis(PLFA)
文章主要对一块实验土壤做了温度、降水、剪草等处理，测了细菌、真菌、原生生物的多样性以及生物和非生物的环境因子，最后发现增温通过影响土壤湿度改变了细菌的多样性，进...
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:36:47
analysis
vegan包taxa2dist函数计算物种分类间距离及建树
最近在Listenlii的科研交流群提到了一个函数vegan::taxa2dist，可以直接根据物种分类单元信息计算距离，进而建树，这个功能我是第一次听说。但...
Listenlii-生物信息知识分享 2022-12-072022-12-07 18:36:02
add
QIIME2得到PICRUSt2结果后如何分析
作者：聋言瞎面审核：Listenlii 本文主要解决的问题： 1、QIIME2做完PICRUSt2后，只输出pathway id，如何比对得到pathway ...
Listenlii-生物信息知识分享 2022-07-302022-07-30 14:04:39
html、https、网络安全、typescript、数据库
Nature Microbiology综述：聚焦藻际--浮游植物和细菌互作的生态界面
Link: https://www.nature.com/articles/nmicrobiol201765
Listenlii-生物信息知识分享 2022-07-302022-07-30 14:03:27
转换OTU表和序列文件为PICRUST2需要的格式
一个问题，如果想分别分析稀有种和优势种得功能，是整个跑Picrust之后再挑出不同类型的物种，还是先挑出不同类型物种再做分析？
Listenlii-生物信息知识分享 2022-07-302022-07-30 14:02:47
github、git、开源
R中按照数字大小进行排序
如果要按照数字排序为OTU1，OTU2，OTU10这种，可以有很多方法，本文举几种简单的例子：
Listenlii-生物信息知识分享 2022-07-302022-07-30 14:02:21
数据处理、stringr、排序

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一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士
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