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https://www.nature.com/articles/s41396-021-00942-w
Rarefy是最新的关于稀释(或稀疏/重抽)的R包,整合了近几年新出的各种方法,能够处理任何多样性度量,并计算给定分类、功能或系统发育指数的期望值。 最新的说明...
https://link.springer.com/article/10.1007/s10021-016-0066-z
前几天有人问我R里面怎么做零模型。 有现成的函数,picante包的randomizeMatrix直接就搞定了。 我回复之后随便在网上搜了一下,意外发现竟然没有...
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7886066/
比如PCR产物100bp,但是用2*250bp的测序仪测。下机数据也是正常的251bp。这时候如果要用Flash拼接正反向序列,就会拼不上。
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00909-7
自从2017.12.4开始写公众号,不断地有人加我好友问各种问题。2020年底写过一篇文章:《六问:如何提问题》,希望指导大家如何高效的提出问题。但是仍然源源不...
已经太久没有遇到很基础性的问题,因此很多刚开始学代码时候的问题已经忘了。因此写这部分并没有那么容易,要拼命回忆可能的常见问题。
前言:最近几年推出了不少新的ASV相关算法,本文也是其中一个。我没有测试过,具体使用问题别问我。
Link: https://msphere.asm.org/content/6/2/e01019-20
必须的参数只有一个OTU。 index为要计算的alpha多样性指数。默认richness。由于前文提到richness已经不是一个表征多样性的好指数,这里还...
Journal: PLOS COMPUT BIOL Published: June20,2019 Link: https://journals.plos.o...
Journal: Global Ecology and Biogeography
回顾了中性理论,并揭示了三个主要的潜在问题。其中一个涉及中性理论和生态漂变的重要性,其他涉及模式和过程之间的联系,建模中简单性和复杂性之间的权衡,以及随机性和漂...
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/ddi.13049
https://sci-hub.se/downloads/2020-10-20//e2/10.1073@pnas.1919139117.pdf
Nature Communications/生物体大小在大陆与全球范围内塑造土壤微生物与线虫群落
SCycDB数据库包含细菌/古细菌52个门2684个属的207个基因家族,共585,055条代表序列,并包含20,761个同源序列。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jvs.12159
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