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生命和健康科学界正面临着管理发现过程的重大挑战,这一过程正变得越来越量化和数据驱动。应对这一挑战的关键是生物信息学——它可以被定义为从大量生物数据和信息中收集、...
生物信息学是应用计算方法分析生物数据,如 DNA,RNA,蛋白质和代谢物。生物信息学已成为促进我们对生命科学的理解以及开发新的诊断,治疗和生物技术产品的重要工具...
读文献是科研人员最为平常的工作,这里很多研究人员需要读英文文献,读起来会很费劲。在这里跟大家分享一下自己汇总的读英文文献的软件,让我们可以轻松读懂每一篇文献!
在基因组变异检测领域,有一款软件争议很大,那就是 GATK——基因组分析工具包。这款软件凭借其强大的功能和广泛的应用,成为了生物信息学家的得力助手。然而,它也因...
生物信息学数据分析过程中,变异检测一直是一个备受瞩目的领域。随着基因测序技术的飞速发展,如何从海量的测序数据中准确、高效地检测出变异成为了研究者们亟待解决的问题...
ChIP-seq是一种结合位点分析法,用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合,在全基因组范围内检测与组蛋...
操纵小鼠基因组的能力,加上丰富的疾病模型、近交系和基因组资源,使小鼠成为哺乳动物生物学遗传方法的首要模式生物。一个多世纪以来,小鼠遗传学已经提供了大量的近交系,...
单细胞RNA测序分析是转录组学研究前沿的一个快速发展领域,用于高通量的发育研究和稀有转录本研究,以检查细胞群体内的细胞异质性。细胞分辨率和全基因组范围的分析使我...
当序列与参考基因组进行比对时,我们便可以看到它与哪个基因位点对齐,并据此定性地断言,结合上述两条信息,该序列描绘了来自特定细胞的特定基因的转录本。
从今天开始,用 21 天精通单细胞数据分析。我们将理论联系实际,边学边练,本文先从理论开始。
一头雌性赫里福德奶牛的基因组于2009年发表。[1][2] 它是由牛基因组测序和分析联盟(Bovine Genome Sequencing and Analys...
本文介绍全转录组数据分析方法,我们将以拟南芥测序数据为例,在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。
当我们进行单细胞数据分析时,应该始终从质量控制步骤开始,首先清理数据,以确保数据足以回答研究的问题。在此步骤之后,通常会继续进行定位(比对)或基因组组装步骤,具...
在GATK最佳实践检测变异过程当中,当我们在调用 HaplotypeCaller 时,可以选择输出 GVCF 文件,或者 VCF 文件,这两者有什么区别呢?
Galaxy 平台(UseGalaxy.cn)也整合了awk 工具,可以方便地对表格数据进行报表生成。
Extract element identifiers of a list collection (Galaxy Version 0.0.2)
工具:Flatten collection (Galaxy Version 1.0.0)
肿瘤生信科研经常会画突变的景观图,或者叫瀑布图,用 maftools 包可以实现简单的 Landscape 图,但是当图形比较复杂时,maftools 就不能胜...