三兔测序学社

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发表了文章 5小时前2025-10-20 17:12:19

【ChIP-seq在线分析】H3NGST：一个无需登录、无需上传文件的全自动在线ChIP-seq端到端分析平台

染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）是一种广泛用于绘制全基因组蛋白质-DNA相互作用和组蛋白修饰的技术。尽管它很有用，但当前的分析工具通常需要手动处理文件、严...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:12:19

系统、网站、登录、可视化、数据

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:12:03

【AI与生命科学】理解Gene-LLMs：大型语言模型如何学习生命语言

Vellore理工学院研究人员探索了人工智能和生物学之间令人兴奋的交集，其中语言模型最初是为文本开发的，如ChatGPT，现在正被用来解释DNA。这些新系统被称...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:12:03

数据、系统、人工智能、安全、模型

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:11:22

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析11-222种不同类型数据集富集分析

依稀记得五六年前自己学会进行GO，KEGG富集分析兴奋不已时的场景，后来学会利用在线网站进行如疾病、药物、转录因子等富集分析，接触到越来越多的数据库中的数据集。...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:11:22

数据库、网站、geo、数据、网络

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:10:45

综述：慢性荨麻疹：免疫、神经与心理因素的复杂交织及诊疗新视野

慢性荨麻疹，这个看似只关乎皮肤的疾病，却如同一个隐藏在身体里的 “小恶魔”，给患者带来诸多困扰。它不仅会在皮肤上频繁冒出令人瘙痒难耐的风团和血管性水肿，还可能影...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:10:45

系统、异常、基础、开发、模型

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:10:30

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析10-差异基因集在RummaGEO/Rummagene进行【公共基因集相似性】分析

当我们做了RNA-seq差异基因分析以及一系列的富集分析后，希望我们得到的差异基因集富集的通路或者转录因子，可以在其他公共数据集或者文献中得到验证。或者获得更广...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:10:30

数据、数据库、表格、服务、论文

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:09:52

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析9-差异基因集在ChEA-KG网站进行【转录调控】富集分析

转录调控研究生命科学研究的基础与重点，因此无数的网站与软件进行相关总结。这也是RNA-seq转录组学下游研究的重点，如何选择一个下游靶点进行单因素变量分析研究。...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:09:52

网络、网站、变量、工作、软件

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:09:28

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析8-差异基因集在L2S2网站进行【肿瘤药物】筛选分析

L2S2是一个web应用程序，允许用户搜索从LINCS L1000数据中创建的匹配基因集。该应用程序提供了几个功能，包括单基因集搜索、上下基因集搜索、术语搜索和...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:09:29

数据库、网站、表格、数据、搜索

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:08:30

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析7-差异基因集同时进行【GO、KEGG、药物、疾病、转录因子、eRNA】富集分析

在本系列前期文章都是介绍如何在在线网站进行单一的富集分析过程，其实也有在线网站同时进行差异基因集多项富集分析。本期将介绍如何在EasyGSEA (https:/...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:08:30

go、数据库、网站、可视化、网络

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:08:08

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析6-样本基因表达谱一次性8种【免疫浸润】富集分析

当我们RNA-seq数据来自组织样本而非单纯细胞亚群，如肿瘤组织、皮肤组织、肾脏组织甚至是血液组织等，如果有免疫细胞参与组织病变，那么可以根据目前流行分析肿瘤组...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:08:08

网站、可视化、数据、数据类型、文件上传

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:06:55

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析5-差异基因集【转录调控网络】分析

在线分析网站：NetworkAnalysit:https://www.networkanalyst.ca/

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:06:55

网络、优化、数据库、网站、network

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:06:32

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析4-差异基因集【蛋白质互作PPI】分析

在线分析网站：NetworkAnalysit: https://www.networkanalyst.ca/

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:06:32

网站、可视化、网络、优化、数据库

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:06:12

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析3-差异基因集【转录因子】富集分析

对RNA-seq差异基因进行转录因子富集分析较为常见，对研究转录调控的重要环节，有大量的文章、数据及数据库来研究整理不同的转录因子的调控作用。而这里我们不作过于...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:06:12

网站、登录、可视化、数据、数据库

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:05:58

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析2-差异基因集【药物】富集分析

本期我们将进行差异基因药物富集分析，利用已有的药物处理细胞的转录组数据库。分析我们给的差异基因集与哪些药物处理特定细胞后基因转录数据有明显的交集。由此来提示是哪...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:05:58

数据、数据库、网站、百度、表格

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:04:47

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析1-差异基因【疾病】富集分析

RNA-seq数据进行差异基因鉴定后，通常会进行ＧＯ、KEGG或者GSEA分析。这些都是较为常见的分析流程。此外差异基因集还可以进行更广泛的富集分析，如人类疾病...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:04:47

表格、数据、优化、数据库、网站

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:03:16

【系统性红斑狼疮研究】SYSCID：一个总结了SLE、RA和IBD分子机制图形交互式网站

URL：https://syscid.elixir-luxembourg.org/

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:03:16

数据、搜索、数据库、网站、登录

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:02:57

【生信分析】免疫组库基础分析10-CDR3 氨基酸理化性质分析

alakazam包括一套功能来分析Ig和TCR氨基酸序列的物理化学性质。特别是对CDR3氨基酸特性的分析。可以通过 aminoAcidProperties 函数...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:02:58

函数、基础、db、翻译、工具

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:02:45

【生信分析】免疫组库基础分析9-CDR3 motif分析

CDR3 的氨基酸序列多样性是免疫系统识别海量抗原（如病原体、肿瘤抗原、自身抗原等）的分子基础，而 CDR3 motif 往往与特定抗原的识别相关。通过分析...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:02:46

基础、数据、存储、data、遍历

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:02:28

【分子生物学】单基因遗传突变造成的蛋白质三级结构变化-从NCBI到swissmodel到pymol实操

在临床研究中发现患者致病基因点突变，从而影响基因的表达与翻译。如何研究一个基因的点突变是否会造成氨基酸序列在三级结构发生改变，氨基酸残基的相互作用是否也存在改变...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:02:28

网站、对象、可视化、软件、搜索

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:02:13

【生信分析】免疫组库基础分析8-CDR3氨基酸使用频率

CDR3区域的20种氨基酸使用频率计算，首先需要知道20种氨基酸种类，有两种计算方法。

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:02:13

统计、函数、基础、可视化、数据

发表了文章 5小时前2025-10-20 17:00:33

【生信分析】免疫组库基础分析7-CDR3长度分析

1.2 CDR3长度是免疫多样性的核心指标‌‘ 1)决定抗原识别能力‌ CDR3 是 TCR/BCR 中直接接触抗原表位的区域，其长度多样性直接影响...

三兔测序学社 5小时前2025-10-20 17:00:33

frame、翻译、基础、解决方案、量化

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