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Brooks教授来自美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz， UCSC）巴斯金工程学院（Bask...
"牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）开发的第三代测序平台是 目前唯一能够直接对天然RNA链进行测序的技术平台...
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（Unive...
目前研究表明，在生物体内，circRNA主要通过其序列特征，发挥miRNA海绵、RNA-binding proteins （RBPs）海绵以及翻译短肽等生物学功...
记得在我去新加坡参加 Nanopore Community Meeting 2023 回来后（2023年9月31日），PacBio发布了其全套 KINNEX 产...
今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu。来自新加坡科技研究局 (A-STAR) 的Jonathan Göke（图1...
当前ONT测序质量虽然有很大的改善，但准确性依然不及二代测序，例如illumina或者BGIseq等。2018-2019年主流芯片R9.4 准确率对于2D re...
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant。2023年1月2日，康奈尔大学医学院Hagen U. Tilgner团队...
16S核糖体RNA（16S ribosomal RNA），简称16S rRNA，是原核生物核糖体中30S亚基的组成部分。16S rRNA基因存在于所有细菌的基因...
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台...
Functional IsoTranscriptomics (FIT) 是美国弗罗里达大学（University of Florida）Ana Conesa 教...
Isoseq 数据分析第一部分我们最后使用了isoseq cluster 获得了聚类后高质量的转录本，但是我们仍然不知道这些经过聚类的转录本在基因组的位置以及属...
很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“一基因一转录本”的模式，这些基因往往存在多种可变剪切（Alternative splicing，AS...
基因组结构变异（structure variant, SV）是基因组变异的重要组成部分，大片段插入(Insertion, INS)、缺失(Deletion, D...
ANNOVAR是由王凯老师编写的一款用于SNP等变异位点注释的软件 (2)，在注释软件（Annovar, SnpEff, VEP-Variant Effect ...
首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。
染色体结构变异（Structure Variation, SV），指基因组上发生的长度大于50bp的大片段插入(Insertion, INS)、缺失(Delet...
长读段比对算法与一代/二代测序数据的比对算法有很大的不同，因为长读段通常更长、包含更多错误和变异，并且需要更复杂的比对策略。
单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）指的是基因组中单个核苷酸腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)或鸟嘌呤...
PacBio测序平台构建完成的测序文库形状就如同一个哑铃(Dumbell), 所以叫做SMRT bell, 图1右所示。其主要组成部分是：发卡状的接头（Hai...
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