暂无搜索历史
计算配对微生物在组间的相关关系波动情况进而评估不同分组的微生物状态。secom_linear 函数可以评估不同分组(例如,健康组与疾病组)中微生物分类群之间的线...
本文通过多元方差分析和典型相关分析研究微生物(species)、细胞因子(cytokine)和短链脂肪酸(SCFA)之间的相关关系。以下是两种分析的定义:
Alpha多样性主要关注的是样品内部的多样性,即一个特定区域或生态系统内的物种丰富度和均匀度。它的原理是通过统计一个群落中不同物种的数量和相对丰度来评估该群落的...
森林图是一种常用于展示多个研究结果的统计图表。它显示了各个研究的效应量(effect size)或优势比(odds ratio, OR)以及它们的95%置信区间...
Lin, Huang, et al. [@lin2024effect],本文的研究重点是探讨性行为对HIV-1血清转换的影响,以及肠道微生物组和促炎细胞因子在这...
置换检验是一种非参数统计方法,它不依赖于数据的分布形态,因此特别适用于小样本数据集,尤其是当样本总体分布未知或不符合传统参数检验的假设条件时。置换检验的基本思想...
全球范围内,乳腺癌是导致癌症发病率和死亡率的主要疾病之一。根据2018年全球癌症统计报告的估计,乳腺癌是女性中第二常见的恶性肿瘤,占所有女性癌症的11.6%以上...
显著性检验方法,通常也被称为假设检验方法,是统计学中用于评估样本统计量是否显著不同于某个假设值的一种重要工具。以下是假设检验方法使用时需要考虑的三个条件的书面化...
转录组分析是一种用于研究细胞或组织中所有RNA分子的表达水平的高通量技术。完成转录组分析后,科学家们通常需要通过定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)来验证二...
在本教程中,我们将使用R包ggpubr中的ggdotchart 函数来可视化与MSM个体中性伴侣数量相关的LefSe生物标志物: biomarkers: ./d...
在这里,我们将介绍一个Python脚本evaluation_kfold.py,该脚本实现了random forest model模型,用于评估微生物群落分类组成...
现在 Nearing, Douglas et al. Nature Comm. Microbiome differential abundance method...
使用一个Python脚本mosaic_plot.py,以及一个包含MSM 和 Non-MSM个体相关的物种的表格,这些物种被识别为革兰氏阴性或非革兰氏阴性,在t...
complexheatmap_plotting_funcs.R来自于R可视化:微生物相对丰度或富集热图可视化参考章节,它提供了充足的说明
本教程是使用一个Python脚本来分析多种微生物(即strains, species, genus等)的共现模式。
本教程旨在使用基于R的函数以及Python脚本来估计使用MetaPhlAn profile的微生物群落的Beta多样性
本教程使用基于R的函数来估计微生物群落的香农指数和丰富度,使用MetaPhlAn profile数据。估计结果进一步进行了可视化,并与元数据关联,以测试统计显著...
用于复现Huang et al.研究分析的计算工作流程,所有复现数据和代码:生信学习者。
在宏基因组分析流程的开始阶段,首要任务是检查原始测序数据的质量。这一步包括对数据的完整性、文件格式、序列长度、测序质量(如Q值、GC含量等)以及潜在的测序错误或...
热图(Heatmap)是一种数据可视化方法,它通过颜色的深浅或色调的变化来展示数据的分布和密度。在微生物学领域,热图常用于表示微生物在不同分组(如不同的环境、时...
暂未填写公司和职称
暂未填写学校和专业
暂未填写个人网址