组学容器环境管理

最近更新时间:2025-08-08 09:30:52

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本文将为您介绍如何使用组学容器环境。

新建环境

新建组学容器环境的步骤如下:
1. 登录 腾讯健康组学平台,选择环境管理 > 容器环境,单击新建环境,在弹窗中选择适合的环境类型,然后单击确定

2. 环境配置。
选择创建组学托管环境
选择创建组学标准环境
选择创建组学纳管环境
如选择创建组学托管环境,可参考以下内容配置环境参数:
环境名称:环境名称不超过50个字符。
所在地域:目前支持选择广州、上海或北京的集群。建议选择地理位置上靠近您的地域,与存储桶在同一地域,以降低访问延时、提高下载速度,避免产生跨地域流量费用。
选择默认缓存卷类型:作为组学平台计算缓存,可根据分析规模选择不同性能的缓存卷(基于文件存储 CFS 提供服务)类型,支持的缓存卷类型有四种,包括通用标准型通用性能型Turbo 标准型Turbo 性能型,关于四种类型文件存储的性能、规格和特性,可参见 缓存文件管理 - 缓存卷性能与规格 进行对比。在创建环境时,需指定默认缓存卷类型,后续可根据需要新建其他缓存卷。
默认环境:默认环境为全部用户都有投递任务权限的环境,默认绑定所有工作项目。对于非默认环境,管理者需对于工作项目绑定运行环境后,对应工作项目有该环境的投递权限。

如选择创建组学标准环境,可参考以下内容配置环境参数:
选择基础配置
环境名称:环境名称不超过50个字符。
所在地域:目前支持选择广州、上海或北京的集群。建议选择地理位置上靠近您的地域,与存储桶在同一地域,以降低访问延时、提高下载速度,避免产生跨地域流量费用。
可用区:根据您选择的地域,我们提供了该地域下不同的可用区供您选择,可在新建环境页面查看当前可选可用区列表。
管理节点:为了用户安全方便使用腾讯健康组学平台,创建组学标准环境时,将在用户的腾讯云账号下自动创建1台 CVM 实例和1台组学计算容器实例,并部署成管理节点,管理节点跟随当前开通的标准环境一同创建和销毁,您无需管理。管理节点规格及配置如下:
资源类型
规格
配置
数量
参考费用
CVM
SA3.MEDIUM8
2核 vCPU,8GB内存
1台
0.35元/小时
组学计算
Pod
1核 vCPU,8GB内存
1个
CPU:0.12元/核/小时
内存:0.05元/GiB/小时
注意:
如长期不使用组学标准环境投递生信分析任务,请及时删除并释放组学标准环境,避免产生不必要的资源浪费及费用。
默认缓存卷类型:作为组学平台计算缓存,可根据分析规模选择不同性能的文件存储(CFS)存储类型。支持的文件存储类型有四种,包括通用标准型、通用性能型、Turbo 标准型和 Turbo 性能型,关于四种类型文件存储的性能、规格和特性,可参见 存储类型及性能规格 进行对比。

如选择 Turbo 类型,会弹出存储量选择条,Turbo 标准型存储量选择范围在20TiB - 1000TiB之间,Turbo 性能型存储量选择范围在10TiB - 500TiB之间。存储量选择为必选。如选择其他类型,无需对存储量进行选择。

默认环境:默认环境为全部用户都有投递任务权限的环境,默认绑定所有工作项目。对于非默认环境,管理者需对工作项目绑定运行环境后,对应工作项目有该环境的投递权限。
环境描述:非必填项,用户可在环境描述中备注环境的用途、关联项目等信息。
设置网络、默认设置:
私有网络:该字段展示所在地域下您已创建的全部 VPC 网络,请选择合适的网络作为此环境的私有网络,若无可用网络信息或现有网络不合适,可跳转至控制台新建私有网络,详情请参见 私有网络(VPC),私有网络中的子网将用于 serverless 集群的容器网络。
Service CIDR:集群的 ClusterIP Service 默认分配在所选 VPC 子网中,请尽量选择 IP 数量充足且与其他产品使用无冲突的子网。
安全组:安全组具有防火墙的功能,可限制工作负载的网络通信,请为工作负载绑定的安全组配置运行必要的网络规则。如地域内无有效安全组,可以去控制台 创建安全组
调度器:组学环境提供 Kubernetes 作为调度器。

如选择创建组学标准环境,可参考以下内容配置环境参数:
选择基础配置
环境名称:环境名称不超过50个字符。
所在地域:目前支持选择广州、上海或北京的集群。建议选择地理位置上靠近您的地域,与存储桶在同一地域,以降低访问延时、提高下载速度,避免产生跨地域流量费用。
可用区:根据您选择的地域,我们提供了该地域下不同的可用区供您选择,可在新建环境页面查看当前可选可用区列表。
容器集群规模
支持选择不同集群规模,规模分级包括从 L5到 L5000不等,如 L5表示当前集群规格最多管理5个节点、150个Pod、128个ConfigMap、150个CRD,选择规格前请仔细阅读 如何选择集群规格,集群规格可手动调整,或者通过自动升配能力自动调整。
支持开启自动升配,开启说明可参考以下规则:
开启后,当集群控制面组件负载过高或者节点规模超过当前规格管理上限时,会自动升至更高规格。
升配过程中管理面(Master 节点)组件会进行滚动更新,可能会有短暂中断,建议升配期间停止其他操作(如创建工作负载等)。
集群升配后不会自动降配,您需手动下调集群规格。
部署服务节点:服务节点默认配置为以下规格:
资源类型
规格
配置
数量
CVM
SA3.MEDIUM8
2核 vCPU,8GB内存
1台
SystemNode
SA3.MEDIUM4
2核 vCPU,4GB内存
2台
说明:
为了用户安全方便使用腾讯健康组学平台,创建组学纳管环境时,将在用户的腾讯云账号下自动创建3台 CVM 实例,部署组学服务,节点跟随当前开通的纳管环境一同创建和销毁,您无需自行管理。如长期不使用组学纳管环境投递生信分析任务,请及时删除并释放环境,避免产生不必要的资源浪费。
选择默认缓存卷类型
作为组学平台计算缓存,可根据分析规模选择不同性能的文件存储(CFS)存储类型。支持的文件存储类型有四种,包括通用标准型、通用性能型、Turbo 标准型和 Turbo 性能型,关于四种类型文件存储的性能、规格和特性,可参见 存储类型及性能规格 进行对比。
默认环境:可设置当前环境是否为默认环境。
说明:
默认环境为全部用户都有投递任务权限的环境,默认绑定所有工作项目。对于非默认环境,管理者需对工作项目绑定运行环境后,对应工作项目有该环境的投递权限。
环境描述:非必填,可按需填写。
设置网络、默认配置
网络与带宽
私有网络:按需为您的环境选择私有网络及其子网。如地域内无有效私有网络,可以去控制台 创建私有网络,Pod 会直接占用所选子网 IP,请尽量选择 IP 数量充足且与其他产品使用无冲突的子网。如现有的子网不合适,您可以去控制台 创建子网
Service CIDR:填写 Kubernetes 集群内部服务使用的 IP 地址范围,默认组学平台服务分配的 IP 段,不能与 VPC 网段冲突。
安全组:安全组可限制工作负载的网络通信,请为工作负载绑定的安全组配置运行必要的网络规则。如地域内无有效安全组,可以去控制台 创建安全组,为保障组学平台正常通信,安全组入站规则中需要放通私有网络子网网段的所有协议端口,您可以去 安全组控制台 修改该安全组的入站规则。
调度器:默认选择 Kubernetes。
默认配置
创建组学纳管环境,组学平台默认为您开通云数据库 TDSQL-C MySQL Serverless 版,来支持运行记录的存储。相关费用说明请参见 TDSQL-C MySQL 版购买指南,同时部署组学平台服务环境,关联腾讯云底层 CVM 和 TKE 等 IaaS 资源,纳管生信工作流引擎,提供生信分析环境,平台仅收取环境管理费用,分析产生的云资源消耗,将按照各自云产品的计费方式进行收费,详情请参见 腾讯健康组学平台购买指南

3. 配置完成后单击完成

添加镜像访问凭证

容器镜像默认私有,为了您在腾讯容器镜像仓库中的镜像能在组学平台环境中正常使用,在创建环境时,需添加环境对应的镜像访问凭证,建立镜像实例与组学平台环境之间的关联,步骤如下。
1. 环境管理页,单击环境名称,跳转至该环境的详情页。

2. 在环境详情页,单击镜像仓库访问凭证模块左上角的添加凭证,显示添加镜像访问凭证弹窗。

3. 在添加镜像访问凭证弹窗内,需要先选择需要关联的镜像实例对应的地域。如显示的实例列表为空,需单击添加镜像仓库,前往 容器镜像服务 TCR 控制台 先创建待关联的镜像实例,创建完成后,回到组学平台环境管理详情页面,刷新弹窗内列表后可查看和选择相应镜像实例。
说明:
镜像实例中通常包含多个镜像仓库,同一个镜像实例中的所有镜像仓库共用同一个镜像访问凭证。
注意:
镜像实例地域默认选择与组学计算环境一致的地域,如选择其他地域,关联企业版镜像实例,在使用时可能会产生外网访问流量费用。

镜像凭证下发过程需要一定的时间,下发过程中,镜像凭证为“下发中”状态,待状态更新为已下发状态,该镜像凭证开始生效。


更新镜像访问凭证配置

如您在容器镜像服务中删除与组学环境相关联的访问凭证,为确保该实例下的镜像可正常使用,需更新访问凭证配置。单击待更新凭证对应操作选项更新配置,显示更新配置弹窗。

在访问凭证更新配置弹窗内,输入实例用户名和初始化密码或新凭证密码即可完成配置更新,再次下发凭证。

获取用于更新镜像访问凭证的密码有两种方式:通过镜像实例初始化密码更新凭证配置通过新建实例凭证获取新密码更新凭证配置

方式一:通过镜像实例初始化密码更新凭证配置

1. 进入 容器镜像服务控制台,在实例管理页面,单击实例概况菜单右上角选项初始化实例,显示初始化实例弹窗。



2. 按需配置网络和命名空间后,在初始化实例第三步:获取访问凭证添加描述,完成信息确认。



3. 完成信息确认后,显示登录用户名登录密码,保存密码。




方式二:通过新建镜像访问凭证,获取新密码更新凭证配置

1. 进入 容器镜像服务控制台,选择访问凭证 > 用户级账号,显示用户级账号镜像访问凭证列表页,单击新建,显示新建凭证弹窗。



2. 新建访问凭证后,保存访问凭证登录密码,该密码可用于更新访问凭证配置。




查看环境

查看环境状态
在环境管理页,显示环境列表,可查看各个环境的状态。环境状态分为5种,包括创建中(包含新建和重建)、运行中删除中异常创建失败。单击创建失败附近感叹号图标,可查看报错摘要。
对于状态为创建中的环境,单击详情查询,可查询创建各项环境创建进程,如创建失败,鼠标悬停至原因列,显示具体失败原因。
详情页面支持查看环境状态、容器集群资源量、文件存储使用量/总容量、文件存储吞吐上限。
支持对环境进行删除操作。

查看环境详情
环境管理页,对于运行中和异常状态下的环境,用户可通过单击待对应环境 ID 查看环境详情。
环境基本信息页面显示环境各项配置参数、集群类型、创建时间等信息。


删除环境

在环境管理页面,单击待删除环境行对应操作栏的删除键,将显示删除环境弹窗。
如需删除某一环境,需在弹窗底部 ID 输入框内手动输入该资源 ID,确认后删除该环境,环境相关资源将会被删除或解除与组学平台环境的关联。

注意:
您在控制台创建组学平台运行环境后,为维持组学平台正常运行,会消耗部分底层云资源,产生相应费用。为避免不必要的浪费,长期不用的环境需及时删除,以释放相应资源。

绑定项目和环境

在新建项目或项目设置弹窗内,可通过绑定项目和运行环境来指定该项目可用的运行环境。




选择环境

在工作项目具体应用的运行设置页面(相关操作可参见 应用),可选择运行环境(单选),无法选择不可用的环境(置灰选项)。