如何利用文献中的细胞注释信息

生信技能树jimmy

发布于 2024-04-01 10:43:49

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发布于 2024-04-01 10:43:49

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最近在复现一篇文献《A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune environ- ments in human breast cancer》，在上次推文中我们也通过这篇文献探讨了参数对UMAP图的影响实战探究五个参数对UMAP图可视化的影响。我想要继续学习文献提供的源代码，刚好文章也提供了细胞注释信息。所以现在有一个需求是将文章中的注释信息增加到我现有的seurat对象中，下面具体来看看吧。

首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。sce.all_int.rds为按照生信技能树降维聚类分群代码流程得到的seurat对象。关于文章提供的细胞注释信息下载和整合详见推文：降维聚类分群的umap图真的重要吗

### 读取
all.merged <- readRDS("../2-harmony/sce.all_int.rds")

## 得到文章中细胞的注释信息：phe2
dir='../meta/'
samples=list.files( dir )
samples
ctList = lapply(samples,function(pro){
  # pro=samples[7]
  print(pro)
  ct <- data.table::fread( file.path(dir,pro),
                           data.table = F)
  ct[1:4,1:4]
  return(ct)
})
do.call(rbind,lapply(ctList, dim))
phe2 = do.call(rbind,ctList)
table(phe2$cell_type)
rownames(phe2)=phe2$cellID

整理好的phe2变量内容如下：

发现文献的细胞名字和我在seurat对象中的细胞名字不一样：

head(colnames(all.merged))
# [1] "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCAAGAGCCGTA.1" "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCACAACACGTT.1"
# [3] "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCACATGACGGA.1" "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCACATGGAATA.1"
# [5] "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCACATTCATCT.1" "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCAGTAATGATG.1"
head(rownames(phe2))
# [1] "TBB011_AAACCCAGTATCTCGA" "TBB011_AAACGAATCAATCTCT" "TBB011_AAACGAATCGTAACCA" "TBB011_AAAGTCCAGTCGAATA" "TBB011_AAATGGATCATACAGC"
# [6] "TBB011_AACCAACTCTCCAAGA"

所以下面我们需要统一细胞名字。all.merged变量中的细胞名字比phe2中的更长，我把all.merged的名字变短会简单一些。

## 统一细胞名字
colnames(all.merged)=gsub('singlecell_count_matrix.txt_','',colnames(all.merged))
colnames(all.merged)=gsub('[.][0-9]','',colnames(all.merged))
head(colnames(all.merged))
# [1] "TBB011_AAACCCAAGAGCCGTA" "TBB011_AAACCCACAACACGTT" "TBB011_AAACCCACATGACGGA" "TBB011_AAACCCACATGGAATA" "TBB011_AAACCCACATTCATCT"
# [6] "TBB011_AAACCCAGTAATGATG"

最后，将文章中的细胞注释信息合并到seurat对象all.merged中。

## 合并细胞注释信息到seurat对象中
library(stringr)
library(dplyr)
phe_merged <- merge(all.merged@meta.data,phe2,by = "row.names")
rownames(phe_merged) <- phe_merged$Row.names
phe_merged <- phe_merged %>% select(-Row.names)
identical(rownames(all.merged@meta.data),rownames(phe_merged))
# TRUE
all.merged@meta.data<- phe_merged

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原始发表：2024-03-29，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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