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人类淋巴器官中B细胞亚群分群-2
排序
数据
迁移
gc
可视化
文章标题：《Two subsets of human marginal zone B cells resolved by global analysis of lymphoid tissues and blood》
生信技能树jimmy
2024-06-25
338
0
单细胞umap图绘制教程|也许是全网最好看的
cell
embedding
教程
可视化
优化
作者按 大家或许都曾被Nature, Science上的单细胞umap图吸引过，不免心生崇拜。在这里，我们将介绍一种简单方便的顶刊级umap图可视化 全文字数|预计阅读时间: 2000|5min ——Starlitnightly（星夜）
生信技能树jimmy
2024-06-25
964
0
慢性病毒性肝炎（二）中性粒细胞亚群细分策略
marker
https
analysis
cell
C4看起来不像中性粒细胞呀，其中RPL5、RPS12、RPL13、RPL4、RPL10和RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker，此外HLA-DPA1、HLA-DPB1和HLA-DRA都是MHC-II型基因，似乎不表达于中性粒细胞？
生信技能树jimmy
2024-06-25
286
0
【单细胞中性粒】慢性病毒性肝炎(复现fig1)
axis
element
text
title
统计
这里我画的确实不咋美观呢【此外，似乎原文的marker不是按照top基因来选的？】
生信技能树jimmy
2024-06-25
205
0
胃癌单细胞数据集GSE163558复现(四)：细胞分群可视化
函数
基础
可视化
配色
数据
Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第四期。第三期我们选择0.5分辨率，对细胞进行了分群注释。本期，我们将在第三期基础上使用多种方法可视化细胞和基因。
生信技能树jimmy
2024-06-25
785
0
RunTSNE二维及三维结果可视化
函数
可视化
数据
pca
plot
在单细胞PCA降维结果理解以及细胞聚类分群及其可视化中，除了有PCA以及聚类分群结果的可视化以外，都展示了一下UMAP图
生信技能树jimmy
2024-06-25
378
0
人类淋巴器官中的B细胞亚群分群-1
架构
可视化
量化
数据
编码
文章标题：《Two subsets of human marginal zone B cells resolved by global analysis of lymphoid tissues and blood》
生信技能树jimmy
2024-06-25
305
0
Nat. Microbiol丨浙大科研团队解析奶牛瘤胃微生物组功能异质性
数据库
nat
开发
模型
数据
瘤胃微生物组一直以来都是研究相对不足但又极其复杂的微生物生态系统之一。瘤胃微生物能够有效降解植物纤维，将其转化为高质量的蛋白质产品，在这一过程中，由于微生物强烈的发酵，还会产生大量气体，其成分主要包括二氧化碳和甲烷等温室气体，还有少量的氮气和微量的氢气、氧气和硫化氢，这些排放的温室气体甚至会对全球环境造成较大的影响。近些年以来，在宏组学技术的推动下，对瘤胃微生态系统功能的认识已取得了显著进展。然而，复杂微生态系统的功能冗余和异质性仍然是实现突破性进展的主要障碍。为了克服这些挑战，我们亟需新的方法来提高微生物组功能研究的分辨率。
生信技能树jimmy
2024-06-25
363
0
“成熟”：中性粒细胞命运的十字路口？
marker
编程
系统
迁移
成熟一直是中性粒细胞研究的重点，最早讲中性粒细胞成熟的文献可追溯至1957年发表于Blood的The role of the mature neutrophil in bacterial infections in acute leukemia
生信技能树jimmy
2024-06-25
409
0
胃癌单细胞数据集GSE163558复现(三)：细胞分群注释
可视化
数据
工作
基础
教程
Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第三期。第二期我们走了Seurat V5标准流程，利用harmony整合去批次后，按标准流程进行了降维聚类分群。本期，我们将在第二期基础上选择合适的分辨率，对细胞亚群进行注释。
生信技能树jimmy
2024-06-25
1K
1
话五 | 不要忽视你不愿看到的单细胞数据
函数
模型
数据
统计
数据分析
高考结束，暑期临近，每年的这个时候，仿佛进入一种季节性的思考：当年高考那会如何如何，高考至今如何如何，总有那么一刹那，想再写一写今年的高考作文题。
生信技能树jimmy
2024-06-14
220
0
人类胃癌(GC)器官特异性转移的转录异质性
队列
函数
数据
数据库
gc
文章标题：《Revealing the transcriptional heterogeneity of organ‐specific metastasis in human gastric cancer using single‐cell RNA Sequencing》
生信技能树jimmy
2024-06-13
254
0
scRNA和Bluk RNA联合分析构建肝细胞癌干细胞特征并探索其对患者预后和治疗的影响
队列
模型
数据
算法
系统
上次我们分享了一个纪念凯瑟琳癌症中心的文章，看起来确实是太复杂了，不愧是国际领先机构（真有钱）。本来是继续share安德森癌症中心的，不过前段时间听说这个单位某些导师pua，我还是算了吧，别share这个了。今天我们share一个2024年的吧：
生信技能树jimmy
2024-06-13
246
0
话四 | 单细胞测序在细胞生物学中的位置
基础
框架
数据
网络
数据库
每年的六月，我们都难以忘怀，因为这里有我们深深的记忆。这一月，风吹麦浪，夏季芒种。这一月，鱼跃龙门，高考必中。窗外格外安静，仿佛连花开之声都小心翼翼地有意低音。
生信技能树jimmy
2024-06-13
131
0
胃癌单细胞数据集GSE163558复现(二)：Seurat V5标准流程
数据
优化
对象
函数
可视化
Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第二期。第一期我们进行了数据的下载与读取并成功构建Seurat对象。本期，我们将在第一期基础上走Seurat V5标准流程，对Seurat对象进行QC质控、并利用harmony整合去批次、并按标准流程进行降维聚类分群。
生信技能树jimmy
2024-06-13
1.3K
2
细胞聚类分群及其可视化
函数
可视化
模块化
数据
算法
在上一期单细胞PCA降维结果理解中给大家介绍了PCA降维，以及如何理解我们得到的降维结果。
生信技能树jimmy
2024-06-13
376
0
急性髓系白血病微环境中不同免疫细胞细分
数据库
数据分析
规范化
函数
数据
文章标题：《Single-cell map of diverse immune phenotypes in the acute myeloid leukemia microenvironment》
生信技能树jimmy
2024-06-13
230
0
SAHMI 单细胞宿主-微生物互作分析代码实战
索引
na
report
脚本
数据
2020年11月29日，拙文《单细胞时代 || 宿主-微生物组相互作用》中，浅谈了在单细胞水平分析宿主细胞与微生物组的相互作用，当时主要参考的文章是：Host-Microbiome Interactions in the Era of Single-Cell Biology。
生信技能树jimmy
2024-06-13
1.3K
1
话三 | 探寻单细胞数据的边界
基础
实践
数据
算法
数据分析
在这第三封家书里，想和你聊聊我对单细胞数据边界的体会。作家苏心说：人与人之间的关系，就像两棵共同生长的树木， 彼此靠得太近了，互相滋扰遮挡，肯定长不好，甚至会枯萎。只有保持适度距离的守望，才能枝繁叶茂，华枝春满。
生信技能树jimmy
2024-06-13
142
0
胃癌单细胞数据集GSE163558复现（一）：数据下载、整理与读取
对象
函数
数据
系统
队列
Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。接下来的一段时间里，将由我开启一个新的学徒分享系列，给大家系统整理单细胞测序的代码。此系列包括但不限于以下内容：数据下载与读取；质控和去批次；降维聚类；分群注释；差异分析；富集分析；拟时序分析；细胞通讯；CopyKAT。
生信技能树jimmy
2024-06-13
1.9K
0
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