在R中使用给定的PCoA距离矩阵创建UniFrac图,可以按照以下步骤进行:
library(ape)
library(phyloseq)
distance_matrix <- read.table("distance_matrix.txt", header = TRUE, row.names = 1)
其中,"distance_matrix.txt"是包含PCoA距离矩阵数据的文件路径。
physeq <- phyloseq(otu_table(matrix(1, nrow = nrow(distance_matrix), ncol = ncol(distance_matrix))),
sample_data(data.frame(SampleID = colnames(distance_matrix))),
tax_table(tax_table(matrix("", nrow = nrow(distance_matrix), ncol = 7))))
physeq <- phyloseq(otu_table(physeq, distance_matrix),
sample_data(physeq),
tax_table(physeq))
unifrac_graph <- unifrac(physeq)
至此,你已经成功在R中创建了UniFrac图。UniFrac图是一种用于比较生物群落组成差异的可视化工具,它基于物种之间的进化关系计算样本之间的差异。UniFrac图可以帮助我们理解不同样本之间的相似性和差异性,进而进行生物群落的比较分析。
推荐的腾讯云相关产品和产品介绍链接地址:
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云