我有一个距离矩阵(加权的UniFrac距离)，我想用R来执行PCoA分析。 距离矩阵： ? 我尝试了一些我在网上找到的代码： beta <- read.table('weighted_unifrac.txt', sep = "\t", head = T, row=1)plot(p
浏览 58提问于2019-09-27得票数 0
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这里我有另一个“图形”问题：20F3D1 0.222664由于这个距离矩阵来自一个PCoA，我想要做的是<em
浏览 4提问于2017-07-06得票数 1
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考虑到它在工作时在我的电脑上工作，我不太清楚发生了什么，但当我在家用笔记本电脑时，它不会转过来。作为背景，我正在使用unifrac距离处理微生物群落数据，并试图了解我的不同样本类型是如何聚在一起的。无论如何，首先我使用我的unifrac数据文件和我的元数据创建一个平方距离矩阵。generate.square.dist.matrix(uni
浏览 6提问于2022-06-03得票数 0
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在主坐标分析(PCoA)中，我有一个关于复特征值的问题。任何帮助都非常感谢！的目的：在系统发育距离矩阵上执行PCoA，->在回归模型中包含排序轴，以解释植物物种间的系统发育相关性(n = 1013种)。,
"Nephrolepis_cordifolia", "Pteris_cretica", "Pteris_vittata&
浏览 3提问于2021-04-12得票数 2
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我正在尝试用qiime2R和ggplot2绘制我的PCOA图，因为我发现2D UniFrac图比3D形式的帝王图更有信息量。所以我遵循了qiime2R教程，但我在添加不同的美学方面遇到了麻烦，我看过其他帖子，但我不是真的理解这个问题。这是我的代码。 qiime2论坛的人帮不了我，也许你能帮上忙。("weighted_unifrac_pcoa</e
浏览 37提问于2021-01-15得票数 1
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我有5x14的数据矩阵。我在用MDS获取感知图。我可以正确地做MDS并得到结果。perp<-read.csv("E:\\Projects\\Combined_3.csv")perp_mds <- cmdscale(ads.dis
浏览 0提问于2011-07-07得票数 2
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给定矩阵A和B，热带乘积定义为通常的矩阵乘积，乘积为加法，加法为minimum。也就是说，它返回一个新的矩阵C，给定图g的底层邻接矩阵g，热带积的nth“幂”表示最多可在n步骤中到达的节点之间的连接。一般情
浏览 0提问于2018-03-21得票数 2
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我正在做一个聚类任务，并且我有一个距离矩阵。我希望把这个距离矩阵形象化为一个2D图。请让我知道是否有任何方法在线或编程语言，如R或python。我的距离矩阵如下，
但是我要找的是一个有节点和加权边在它们之间运行的
浏览 7提问于2013-09-20得票数 4
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编写从图论生成距离矩阵的代码(图论)，代码应该使用邻接矩阵，除networkx.adjacency_matrix()之外，不能使用来自networkx.adjacency_matrix模块的任何函数。我理解距离矩阵的工作过程。我关于邻接矩阵的理论是，它需要一个连接两个节点并将距离相加的元素。例如，假设我有节点A，B和C，A连接到B，B连接到C，两
浏览 0提问于2019-03-24得票数 0
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我需要使用k-NN密度估计算法在数据集中找到每个点的密度。我理解用于计算的基本方法，如下面的截图所示。
我想知道在R中有没有提供计算K密度估计的函数的库。虽然在堆栈溢出的同一主题上有一些相关的问题，但是没有一个问题得到了正确的回答。
注意:我发现这个是相关的，但是答案也不起作用。
浏览 2提问于2015-09-16得票数 1
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多维数据聚类
、、、
我是一个数据挖掘新手，需要一些关于高维数据集(子集如下所示)的帮助。它实际上有30个维度和数千行。
我们的任务是查看它们是如何集群的，以及是否可以从这些数据中计算出任何相似性度量。附注：我对R或类似的统计程序包一点都不精通，我希望能在基于C#/.NET的库中找到一些指针。
浏览 5提问于2013-05-23得票数 3
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我在比较质谱峰，在R Studio中创建一个分子树状图。我有88,336个元素，包含48.2MB的总内存。我是在一个64 GB内存和英特尔(R)核心(商标)i9-9900kcpu@ 3.60 GHz的桌面上运行的。我正在计算igraph网络中的峰值、'net‘net.dist <- distances(net)和计算机崩溃的<em
浏览 1提问于2022-06-29得票数 0
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我有一个矩阵数据，并想用热图可视化它。这些行是物种，所以我想可视化系统发生树，并根据树对热图的行进行重新排序。我知道R中的heatmap函数可以创建层次聚类热图，但是我如何使用我的系统树聚类，而不是在图中默认创建的距离聚类？
浏览 4提问于2013-03-01得票数 5
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使用R包Vegan，可以使用vegdist函数生成距离矩阵：我想在演示文稿中实际显示距离矩阵，以帮助解释它的NMDS图是基于什么我只想在表格中查看它，显示每个站点之间的距离。
浏览 5提问于2017-06-15得票数 1
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我一直在搜索Bellman算法的空间复杂度，但是在上，它说空间复杂度是O(V)。在上，它表示O(V^2)。我的问题是:真正的空间复杂性是什么?为什么？
浏览 3提问于2016-12-27得票数 2
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我在x_1，x_2，.在R^d中，我希望找到k点的子集，使这些k点之间的距离之和最小。天真地，这是一个O(n选择k)问题，但我正在寻找一个更快的算法。我可以想到两种可供选择的等价物：
最小边权团问题:把点看作一个图，边权是距离，求出最小权团。，这是众所周知的NP-完全.然而，我的好处是知道我的图嵌入在<em
浏览 0提问于2012-07-19得票数 0
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我有三个矩阵要比较。每个都是5x6。我最初想使用层次聚类来对矩阵进行聚类，以便在给定相似性阈值的情况下，对最相似的矩阵进行分组。我现在正试着制作一个树状图。这是我的代码，这
浏览 2提问于2017-01-01得票数 9
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我有一个距离矩阵：我想要添加标签到矩阵，然后再执行分层聚类使用我使用以下方法从距离矩阵生成UPGMA树状图：#from scipy.spatial.distanceimport pdi
浏览 8提问于2022-11-28得票数 1
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我使用字形R来可视化化合物。在这种方法中，节点对应于原子，边对应于原子之间的键。这种表示的化学分子被称为分子图或H-耗尽图。例如，为了表示2-甲基丁烷，简称为2mb (碳骨架由五个原子组成的简单有机分子)，我使用以下R代码：为了可视化这个分子图，我使用下面的矩阵</e
浏览 4提问于2018-02-03得票数 1
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我有一个相似矩阵，我用Harry-a工具创建了一个字符串相似矩阵，我想用它绘制一些树状图，看看是否能在数据中找到一些集群/组。“为了比较，Harry从输入加载一组字符串，计算指定的相似性度量，并将相似值矩阵写入输出”)
一开始，这就像我第一次使用R，我不太注意hclust的文档，所以我用了一个相似矩阵。我知道我应该使用一个不同的矩阵，而且我知道，由于我<
浏览 2提问于2017-07-12得票数 0
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