首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    「R」R检验中的“数据是恆量”问题

    这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...之前我学习和自己分析时就遇到过,尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题(这类数据明显不服从正态分布),可以使用正态性检验,或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的,如果一样就不要这个了。...,如果一样,则输出原始的结果,再筛选其中差异大的基因 。...虽然两者都是恒量,但两者可能有差异,却不能用统计检验算。 else: 统计检验 在使用t检验前尽量使用方差分析检验方差同质性。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

    6K10

    R中的常用的检验方法

    1.独立样本的t检验 t.test调用格式1:其中是一个数值型变量,x为二分变量 t.test(y~x, data) t.test调用格式2:其中有y1,y2为数值型变量。...2.非独立样本的t检验 如,年长的男性与年轻的男性失业率概率是否相同,此时,年龄与失业率是有关的,所以是非独立的。 非独立样本的t检验假定组间差异呈正态分布。...interval: 57.67003 65.30870 sample estimates: mean of the differences 61.48936 因此,可以拒绝不同年龄男性失业率相同的原假设...3.卡方独立性检验 卡方检验可以使用chisq.test()函数对二维表的行变量或者列变量进行检验。...############################################################## 以下为在真实病例中的应用,检验两种不同的疾病与年龄,性别以及发病部位有无显著差异

    1.3K20

    R中的假设检验方法

    在函数shapiro.test()分析中,假设数据向量为正态分布,p值大于0.05说明接受假设(否则拒绝假设),结果中W值越小越接近正态分布。...在R中可以使用wilcox.test()函数来进行秩和分析,其使用方法与t.test()类似。...Kruskal-Wallis检验,在R中可以使用kruskal.test()函数进行,其使用格式如下所示: kruskal.test(y~A, data=data.frame) 其中A是拥有2个或更多水平的因子变量...在R中可以使用fisher.test()函数进行fisher精确检验,其使用方法如下所示: diet=c("yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes",...在R中皮尔森卡方检验可以使用卡方检验的chisq.test()函数,示例如下: A=c(52, 19) B=c(39, 3) data=rbind(A, B) colnames(data)=c("cancer

    2K30

    java中==、equals的不同AND在js中==、===的不同

    一:java中==、equals的不同        1....因为在Integer类中,会将值在-128的缓存在常量池(通过Integer的一个内部静态类IntegerCache进行判断并进行缓存)中,所以这两个对象的引用值是相同的。...但是超过这个区间的话,会直接创建各自的对象(在进行自动装箱的时候,调用valueOf()方法,源代码中是判断其大小,在区间内就缓存下来,不在的话直接new一个对象),即使值相同,也是不同的对象,所以返回...,前者会创建对象,存储在堆中,而后者因为在-128到127的范围内,不会创建新的对象,而是从IntegerCache中获取的。...二:js中==与===的不同        1.首先===只能在js中使用,不能在java程序中使用,会报错。        2.

    6.6K10

    AB实验中不同类型指标使用的假设检验方法

    所以在进行AB实验的过程中,需要使用不同的假设检验方法。 均值类指标 最常见的均值类(Mean)指标,比如用户的人均时长、平均购买金额等。...最普通的单样本t检验就是通过样本均值来检验总体均值是否大于某个值。 而在AB实验中,实验组和对照组的比较,会使用两总体均值的T检验来检验实验组的变化是否显著。...比如对于单个用户的留存行为,结果只有两种:要么发生,要么不发生。n次试验中成功次数的概率满足二项分布。...在原假设成立的条件下,方差是 ,其中 是合并两个样本的比例估计量: , 表示样本 中具有某种特征的单位数, 表示样本 中具有某种特征的单位数。...卡方检验常用于验证两个变量抽出的配对观察组是否相互独立。在我们的场景中,假如我们要观察实验组和对照组,点击UV是否有差别。即检验两个变量(变量1是不同组,变量2是点击UV)是否独立。

    6.9K40

    「R」ggplot2在R包开发中的使用

    在撰写本文时,ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包!在包中使用ggplot2编程增加了几个约束,特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格的函数中)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法,但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...这与ggplot()不同,除非交互使用或者显式地调用print(),否则是不是展示的。因为这个原因,ggplot2定义了一个自己的泛型函数autoplot(),调用它会返回一个ggplot()。

    11.2K30

    KS检验及其在机器学习中的应用

    KS检验及其在机器学习中的应用 什么是KS检验 Kolmogorov–Smirnov 检验,简称KS检验,是统计学中的一种非参数假设检验,用来检测单样本是否服从某一分布,或者两样本是否服从相同分布。...在单样本的情况下,我们想检验这个样本是否服从某一分布函数,记是该样本的经验分布函数。...image.png 两样本的KS检验 用同样的思想,我们可以检验「两个样本是否服从同一分布」,此时KS统计量为两样本的经验分布函数的最大差值 ?...KS检验在机器学习中的应用 应用一:判断特征在训练集和测试集上分布是不是相同 特征迁移是在机器学习任务中经常碰到的情况,「线上数据的分布跟离线数据的分布情况不一致」,这就导致模型的泛化能力不足。...这里每一个特征都通过了KS检验(这里显然是可以通过的hhh) 应用二:判断二分类模型能否将正负样本很好的分开 在信用评分领域,会使用KS统计量衡量二分类模型分类正负样本的能力。

    4.3K20

    卡方检验在关联分析中的应用

    case/control的关联分析,本质是寻找在两组间基因型分布有差异的SNP位点,这些位点就是候选的关联信号,常用的分析方法有以下几种 卡方检验 费舍尔精确检验 逻辑回归 卡方检验是一种用途广泛的假设检验...对于基因型而言, 在上图中有AA, Aa, aa3种,当然在实际分析中,还会考虑遗传模型进一步对基因型的类别进行划分,常用的遗传模型有以下几种 domanant model, 显性遗传模型,只要有突变位点就会致病..., 对应的R代码如下 ?...在R中对应的操作代码如下 1 - pchisq(0.6196902, df = 2) [1] 0.7335606 pchisq代表是卡方值的累计分布函数,代表卡方值小于0.6196902的概率。...卡方检验虽然使用范围广泛,但还是有一些限制,样本量必须大于40, 而且最小的频数不能小于5, 这里的频数指的是理论频数 ? 对于2X2的数据,当不满足要求时,推荐使用费舍尔精确检验来进行分析。

    2.7K10

    【数据分析 R语言实战】学习笔记 第八章 单因素方差分析与R实现

    8.1单因素方差分析及R实现 (1)正态性检验 对数据的正态性,利用Shapiro-Wilk正态检验方法(W检验),它通常用于样本容量n≤50时,检验样本是否符合正态分布。...R中,函数shapiro.test()提供了W统计量和相应P值,所以可以直接使用P值作为判断标准,其调用格式为shapiro.test(x),参数x即所要检验的数据集,它是长度在35000之间的向量。...R中最常用的Bartlett检验,bartlett.test()调用格式为 bartlett.test(x,g…) 其中,参数X是数据向量或列表(list) ; g是因子向量,如果X是列表则忽略g.当使用数据集时...其中的参数formula表示方差分析的公式,在单因素方差分析中即为x~A ; data表示做方差分析的数据框:projections为逻辑值,表示是否返回预测结果:qr同样是逻辑值,表示是否返回QR分解结果...制造商想知道来自这三所不同的大学的雇员在管理岗位上的表现是否有所不同,我们通过Kruskal-Wallis秩和检验来得到结论。 ?

    2.8K30

    使用python中的Numpy进行t检验

    本系列将帮助你了解不同的统计测试,以及如何在python中只使用Numpy执行它们。 t检验是统计学中最常用的程序之一。...但是,即使是经常使用t检验的人,也往往不清楚当他们的数据转移到后台使用像Python和R的来操作时会发生什么。...2.配对样本t检验:比较同一组中不同时间(例如,相隔一年)平均值的方法。 3.单一样本t检验:检验单个组的平均值对照一个已知的平均值。...如何执行2个样本的t检验 假设,我们必须检验人口中男性的身高与女性的身高是否不同。我们从人口中抽取样本,并使用t检验来判断结果是否有效。...因此,我们使用一个表来计算临界t值: ? 在python中,我们将使用sciPy包中的函数计算而不是在表中查找。(我保证,这是我们唯一一次需要用它!)

    5.5K50

    R语言meta分析(2)单个率的Meta分析

    R语言meta分析⑴meta包 介绍 在科学研究中,设立对照是一项基本原则,如病例对照研究的病例组和对照组、队列研究中的 暴露组和非暴露组,临床随机对照试验的试验组 和对照组。...单个率可包括流行病学现况研究中的患病率、感染率,临床试验的有效率,药物试验中的不 良反应发生率等,只要收集到各个原始研究的样 本量和事件发生数,在R软件就可以用metaprop 函数对单个率进行定量的Meta...考虑到不同类型的单个率的资料的分布可 能会有不同的情况,R软件给出了五种估计率的 方法。如原始率不服从正态分布,可经过转换使 其服从或接近正态分布,从而提高合并结果的可靠性。...本文结合编程和Meta分析程序包,以实例说明R软件在单个率Meta分析中的应用,以期为今后的Meta分析提供方法学指导。...总结 本文结合实例,介绍了在R软件中如何实现单个率的资料Meta分析,由于单个率的Meta分析各原始文献为单个组的率,稳定性可能不同于具有两个组的研究,因此在合并时统计学异质性可能会比较大,当异质性较大时

    6.8K22

    多变量分析在不同物种研究中的使用频率

    前几天看到一篇综述解读,来源于水生态健康: 微生物生态学中的多变量分析 里面一个表感觉比较有意思:统计了100多年应用各种统计方法的文章比例。...我搜索的条件(数据库,文章类型)比原文还严格,但是得到的文章数远远高于他的结果。...但是PCA数量/比例最多这一规律是一致的。而其他方法使用比例都很低。我也做了一下CA分析,结果如图。 原文中不同方法能分得比较开,细菌和微生物关键词会聚到一起。...而我的结果中不同物种类型分得很开,分析方法则比较集中,离细菌比较近。其中DCA,PCA,CCA,Mantel区分不开。看来不同物种分析方法差距还是比较大的。...点分享 点点赞 点在看 一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士,深受拖延症的困扰。想给自己一点压力,争取能够不定期分享学到的生信小技能,亦或看文献过程中的一些笔记与小收获,记录生活中的杂七杂八。

    4.6K21

    在java中构建高效的结果缓存

    缓存是现代应用服务器中非常常用的组件。除了第三方缓存以外,我们通常也需要在java中构建内部使用的缓存。那么怎么才能构建一个高效的缓存呢? 本文将会一步步的进行揭秘。...使用HashMap 缓存通常的用法就是构建一个内存中使用的Map,在做一个长时间的操作比如计算之前,先在Map中查询一下计算的结果是否存在,如果不存在的话再执行计算操作。...虽然这样的设计能够保证程序的正确执行,但是每次只允许一个线程执行calculate操作,其他调用calculate方法的线程将会被阻塞,在多线程的执行环境中这会严重影响速度。...从而导致使用缓存可能比不使用缓存需要的时间更长。...FutureTask表示一个计算过程,我们可以通过调用FutureTask的get方法来获取执行的结果,如果该执行正在进行中,则会等待。 下面我们使用FutureTask来进行改写。

    2.6K30
    领券