在nilearn/numpy中交换3D图像的轴
在nilearn/numpy中交换3D图像的轴，可以使用numpy库中的transpose函数来实现。transpose函数可以重新排列数组的维度顺序，从而实现轴的交换。
具体步骤如下：
- 导入numpy库：
import numpy as np - 加载3D图像数据：
image_data = np.load('image_data.npy') - 查看原始图像数据的形状：
print(image_data.shape) - 根据需要交换轴的顺序，使用transpose函数进行轴交换，例如将轴顺序从(x, y, z)变为(z, x, y)：
transposed_data = np.transpose(image_data, (2, 0, 1)) - 查看交换轴后的图像数据形状：
print(transposed_data.shape)
在nilearn中，可以使用nilearn.image.transpose_img函数来实现相同的功能。该函数可以对图像对象进行轴交换，并返回交换轴后的新图像对象。
示例代码如下：
from nilearn import image
# 加载3D图像数据
image_data = image.load_img('image_data.nii.gz')
# 查看原始图像数据的形状
print(image_data.shape)
# 根据需要交换轴的顺序，使用transpose_img函数进行轴交换
transposed_data = image.transpose_img(image_data, order=(2, 0, 1))
# 查看交换轴后的图像数据形状
print(transposed_data.shape)这样，你就可以在nilearn/numpy中交换3D图像的轴了。
关于nilearn和numpy的更多信息，你可以参考以下链接：
- nilearn官方网站：https://nilearn.github.io/
- numpy官方网站：https://numpy.org/
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下面是使用OASIS数据集的示例代码，可以通过下载
使用nilearn.input_data.NiftiMasker掩蔽，它将我的4维数据转换成2维数组(n_subjects X n_voxels)。
用StandardScaler规范数据矩阵
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python中的图像数组
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切片3D数组与投影3D数组
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我是图像处理的新手，并试图理解投影。因此，当我们有一个3D图像时，它只是一个3D numpy数组，我通过从3D数组中切出一个2D数组来查看它。为了进行正交投影，我简单地沿着一个轴对数组求和。下面是我的代码：
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
#shape of the 'image' array is (256, 256, 176) so i am assuming there are 256 slices and row and column of each slice is 256x176
image
浏览 11提问于2019-11-06得票数 0
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如何通过3D图像生成2D裁剪？
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我有一个包含一些数据的3D数组(一个光栅3D图像)。我想用合适的插值(最好是线性的--在这种情况下可能是“三线性”)得到一个通过该数组的2D剪切。然而，可以方便地描述切割的平面，例如使用法向量和距离。
如果切割平行于其中一个轴，这是微不足道的，只需对3D数组进行切片(使用numpy索引切片)。但如果切割不平行于轴，我看不到一个好的方法来开始解决这个问题。唯一想到的是旋转3D数组(可能使用2D旋转的组合)，以便切割平行于轴，但这似乎非常低效。
我在python中使用numpy，ndimage和skimage。可以假定任何其他python模块都是可用的。
浏览 19提问于2017-01-30得票数 1
有没有办法在Matlab 3D图形上产生这种效果？
我在一个脚本中找到了这个图像，它可以为3D图形创建一个很酷的对齐标签，但实际上我更感兴趣的是获得一个漂亮的带有实线的灰色网格，再加上三维轴的暗实心框。
有什么想法吗？
编辑：不在最近的Matlab上(我有R2012b)！
浏览 4提问于2015-11-17得票数 0
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我试图将Python中生成的图像与文件中的图像/照片进行比较。
到目前为止，我获得的最佳方法是在Matplotlib中生成一个图形，然后将其转换为numpy数组，并将值与我从图像中得到的值进行比较。
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def fig2data ( fig ):
"""
@brief Convert a Matplotlib figure to a 3D numpy array with RGB channels and return it
@param fig a matpl
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重新排序Nifti文件轴
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我正在尝试用python计算一个3d sobel滤波器。我有一个非常好的二维图像代码，如下所示。
顺便说一句。我的原始图像是uint8类型的。
preSobel = preSobel.astype('int32')
dx = ndimage.sobel(preSobel, 0) # horizontal derivative
dy = ndimage.sobel(preSobel, 1) # vertical derivative
mag = numpy.hypot(dx, dy) # magnitude
mag *= 255.0
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我正在处理一些神经成像数据，我的扫描维度是(100,150,100)。我目前正在使用nibabel格式的文件。
有没有一种很好的方法来交换坐标轴？例如，我希望我的图像是(100,100,150)。我更希望这是nibabel格式的，但如果需要，我可以将图像转换为numpy ndarray，然后在那里进行工作。在这种情况下，在numpy中有没有一种很好的方法来做到这一点？
谢谢你的帮助!
浏览 20提问于2020-05-05得票数 1
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当您将Tiff转换为numpy数组时，我无法访问或控制Z轴。任何帮助都是非常感谢的。
编辑:添加代码
img = Image.open("annotation_50.tif")
imgarray = np.array(img)
print imgarray.shape()
结果在(160,228)中，x和y值是准确的，但是z轴值没有显示出来。我希望是(168,228, 264 )，因为tiff中有264个图像，这使得它成为一个3D数组。
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我搞不懂为什么我在下面的代码中没有得到axis =3的错误 import numpy as np
a = np.arange(27)
b = np.arange(27)
a = a.reshape((3,3,3))
b = b.reshape((3,3,3))
c = np.mean([a,b],axis=3) 我使用上面的代码来理解numpy中的axis是如何工作的。 来自this article，它显示了2D情况： ? 我计算出对于多维轴，轴0总是沿行(y维)，轴1(x维)是沿着cols。因此，在我的例子中，我有一个3d数组，我会认为我应该有多一个轴，轴=2沿'z方向‘。但
浏览 8提问于2020-09-21得票数 2
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填充三维蒙皮面具
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我有一个二进制(0-1)三维数字数组，我计划用它来掩盖3D图像。目前的掩模是在圆筒的区域。面的两个中心是两个任意点，轴不平行于x，y或z，我如何用一个纯的numpy解填充圆柱体？
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列表张量/熊猫-数据/数字数组
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我是熊猫和矮胖的初学者。
我正在处理中提到的数据集，
我有几个图像，每个图像都由某些视觉描述符来描述，比如CM、CN、GLRLM (这些描述符的含义并不重要)，这些视觉描述符基本上是列表。
所以我的数据结构是：
idsDict = {
12312: {
"CM": [2, 3, 1, 5, 1],
"CN" : [1, 4, 5, 1]
},
21367: {
"GLRLM": [9, 4, 1, 4, 5, 12, 67, 12],
"CM&
浏览 0提问于2018-11-15得票数 1
我希望在三维数组的给定方向上获得2D切片，其中direction (或提取切片的轴)由另一个变量给出。
假设idx是3D数组中2D切片的索引，并假定direction是获取该2D切片的轴，则最初的方法是：
if direction == 0:
return A[idx, :, :]
elif direction == 1:
return A[:, idx, :]
else:
return A[:, :, idx]
我很确定一定有一种方法可以做到这一点，而不需要附加条件，至少在原始python中也是如此。numpy有捷径吗？
到目前为止，我找到的更好的解决方案(用于动态执
浏览 9提问于2015-06-27得票数 10
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2回答
我有一堆fits文件，可以使用下面的脚本读取 from astropy.io import fits
hdu = fits.open('file.fits')
data = hdu[0].data 我正在尝试使用从多个fits文件读取的数据来制作一个图像立方体。(图像立方体是包含来自多个fits文件的数据的3D图像，其中x和y轴是2D图像维度，第三个轴是时间或频率) 我相信这可以使用spectral _cube模块来完成，但是大多数文档只讨论了如何读取图像立方体，而没有讨论如何使用单独的fits文件来创建图像立方体。 到目前为止，我已经尝试了以下脚本。 #In the bel
浏览 36提问于2019-01-29得票数 2
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所以我开始了一项任务，想弄清楚numpy swapaxes函数是如何操作的，当涉及到交换维数大于3的数组中的轴时，我遇到了某种障碍。
import numpy as np
array=np.arange(24).reshape(3,2,2,2)
这将创建一个具有元素0-2的形状(3,2,2,2)的numpy数组。有人能给我解释一下在这种情况下，轴交换是如何工作的吗?在这种情况下，我们不能单独可视化四个轴。假设我想交换0和2轴。
array.swapaxes(0,2)
如果有人能实际描述当有4个或更多轴时发生的抽象交换，那就太好了。谢谢!
浏览 9提问于2017-08-09得票数 0
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移位3Dnumpy数组
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我希望能够沿高度轴在任意方向上移动3D numpy数组。如果给定3的正移位，则数组中的所有值都会向上移位，并且在数组的底部会出现3个新的零片。如果给出了负移位，则会发生相反的情况，所有切片都会沿着高度轴向下移动，并且新的零切片会出现在顶部。
我已经尝试将数组重塑为1D，并左右移动，然后返回到3D。但是，这会使数组沿错误的方向移动。在重塑之前，我尝试实现了numpy.rollaxis，因此沿着正确的轴移动。但是我正在使用的系统不能识别所有的numpy函数，也不会执行rollaxis。
谢谢!
浏览 3提问于2013-04-09得票数 1
In [28]: arr = np.arange(16).reshape((2, 2, 4))
In [29]: arr
Out[29]:
array([[[ 0, 1, 2, 3],
[ 4, 5, 6, 7]],
[[ 8, 9, 10, 11],
[12, 13, 14, 15]]])
In [32]: arr.transpose((1, 0, 2))
Out[32]:
array([[[ 0, 1, 2, 3],
[ 8, 9, 10, 11]],
[[ 4, 5, 6,
浏览 8提问于2015-08-16得票数 116
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我首先创建了一个背景为.png图像的图形。然后，我在图形的顶部创建了一个三维轴，以便将三维轴放置在.png图像的顶部。请注意，.png图像不是在三维轴内设置的，而是在图形本身的轴之外设置的。
我有一个三维.stl文件的苹果设置在三维轴(你看不见苹果)。当我在3D轴内移动苹果时，使用内置的Matlab图形工具栏中的选项，它可以很好地工作。但问题是，当我把苹果移出3D轴的边界时，它就消失了。
为了解决这个问题，我想设置3D轴的大小，这样它的限制就会超出图形，这样我就可以在图形中的任何地方移动我的苹果，而不局限于3D轴的大小。注意:我没有让3D轴看不见，这样人们就更容易理解我的问题了。但当这个问题解
浏览 1提问于2017-04-24得票数 2
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我正在寻找一种有效的方法，以找到元素在3D或N数组中的相等，例如，在图像的RGB像素上的等价物。一些测试数据：
a = numpy.arange(100).reshape((10,10))
b = a.copy()
c = a.copy()
b[5,5] = 1
c[6,6] = 100
d = numpy.array([a,b,c])
我可以想到三个选项，第一个选项不能很好地推广到更多的维度：
equal_mask = (d[0] == d[1]) & (d[0] == d[2])
或
equal_mask = d.min(axis=0) == d.max(axis=0)
或者，也许
浏览 0提问于2016-06-03得票数 1
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我希望将给定的numpy数组(A)在给定索引(例如0)、沿给定轴的值(例如-2)中的值替换为给定值(例如0)，等效地：
A[:,:,0,:]=0
问题是输入数组A可能以3D、4D或其他形状出现，所以对于我需要的3D数据
A[:,0,:]=0
如果是5D：A[:,:,:,0,:]=0
目前，我正在使用一个exec()来完成这个任务：
slicestr=[':']*numpy.ndim(var)
slicestr[-2]=str(0)
slicestr=','.join(slicestr)
cmd='A[%s]=0' %slicestr
exec(c
浏览 1提问于2017-10-16得票数 3
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我正在用Pythons NumPy模块进行编码。如果三维空间中的一个点的坐标被描述为[1, 2, 1]，那不是三维空间，三维，三维空间，三维空间吗？或者，如果这是一个维度，那么它不应该是点(复数)，而不是点？
以下是文件：
在Numpy中，尺寸被称为轴。轴的数目是秩。例如，3D空间1，2，1中一个点的坐标是1级数组，因为它有一个轴。那个轴的长度是3。
来源：
浏览 6提问于2013-10-15得票数 88
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我有一个使用matplotlib绘制的3D图形。
我想有一个特定的角度投影3D绘图，但使用axis.view_init(elevation_angle，azimuthal_angle)没有覆盖我想要的角度，这是由于3个可能的旋转平面在3个维度和只有2个角度，你可以在matplotlib中指定。
这是一个最小的工作示例。
import numpy,matplotlib,scipy
from matplotlib import pyplot
from scipy import constants
from mpl_toolkits.mplot3d.axes3d import Axes3D
pi=
浏览 23提问于2017-02-13得票数 1
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在C#窗口窗体中，我希望能够操作图像，将其显示为3张图片。操作包括三个轴中的每一个，我在每个轴上都有一个2D图像。其结果将看起来像一幅3D图像。
例如，如果我有3个位图图像，a，b和c，那么我想要制作一个三维图像，其中x轴有图像a，y轴有图像b，z轴有图像c。
像这样：
请帮帮忙！
浏览 5提问于2014-03-13得票数 0
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我写了一个简单的脚本，将3D点投影到一个基于相机本质和特技的图像中。但是当我有一个相机在原点指向z轴和一个3D点沿着z轴，它似乎在相机后面，而不是在它的前面。这是我的剧本，我检查过很多次了。
import numpy as np
def project(point, P):
Hp = P.dot(point)
if Hp[-1] < 0:
print 'Point is behind camera'
Hp = Hp / Hp[-1]
print Hp[0][0], 'x', Hp[1][0]
r
浏览 3提问于2017-09-16得票数 6
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我有一个带有形状的2D numpy数组(3024,4032)。
我有一个三维numpy阵列与形状(3024,4032，3)。
二维numpy阵列充满了0和1s。
3D numpy数组填充的值介于0到255之间。
通过查看2D数组值，我希望更改3D数组中的值。如果2D数组中的值为0，则沿最后一个轴将3D数组中的所有3个像素值更改为0。如果2D数组中的值为1，我不会更改它。
我已经检查过这个问题了，，但是它适用于两个维度相同的数组。在我的例子中，维度是不同的。
如何在两个数组中应用过滤，两个数组的大小在二维上相同，而在最后一个维度上没有大小？
浏览 11提问于2017-11-21得票数 6
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我使用numpy mgrid命令创建了一个3D数组，这样每个元素都有一个特定值，并且索引保留了空间信息。例如，如果在z轴(3维)上求和，则可以在matplotlib中使用结果2D数组和函数imshow()，以获得具有不同二进制像素值的图像。
我的问题是:如何获得此网格中每个元素(a，b，c)的索引值？
我需要使用索引值来计算每个点相对于网格原点的相对角度。(例如，theta=sin-1(sqrt(x^2+y^2)/sqrt(x^2+y^2+z^2))
也许这可以转换成另一个3D网格，其中每个元素都是数组a，b，c
浏览 1提问于2011-07-02得票数 1
2回答
我想要计算沿两个轴的三维数组的平均值，并从数组中减去这个平均值。在Matlab中，我使用repmat函数来实现以下功能
% A is an array of size 100x50x100
mean_A = mean(mean(A,3),1); % mean_A is 1D of length 50
Am = repmat(mean_A,[100,1,100]) % Am is 3D 100x50x100
flc_A = A - Am % flc_A is 3D 100x50x100
现
浏览 16提问于2020-04-28得票数 0
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我有一个尺寸为DxHxW的3D矩阵。我想把它旋转90度，沿着(1) X轴，(2) Y轴和(3) Z轴。我刚刚完成了Y轴。我怎么能用X和Z轴来做呢？我正在使用python2.7。谢谢大家
rotate_90Y=numpy.rot90(input)
浏览 4提问于2017-05-19得票数 0
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处理中的混合模式是否适用于3D？我有两个重叠的树叶形状的物体。我使用PeasyCam来旋转这些对象。在下面的第一张图片中，我没有应用混合模式。第二张图片显示了不同的角度，因此您可以看到对象在3D空间中是如何在z轴上偏移的。
第三张图片显示了当我应用倍增混合模式时得到的结果。我希望只有重叠的区域才能应用混合？
浏览 1提问于2013-09-30得票数 1
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我想使用形态学算子来填充3d图像的孔洞。3d图像由116个相同大小(512*512像素)的2-D图像切片组成。我尝试在Matlab中对3d图像使用imfill，但结果并不是我想要的。小洞被填满，其他洞不被填满。
当我尝试逐个切片填充时，结果是正确的。有没有办法填补3d图像中的空洞？我该怎么做呢？
浏览 3提问于2013-01-26得票数 4
我正在制作一个三维轮廓图的一些体积数据使用mlab从Mayavi模块。我想画一个带轴的盒子，但是我只能得到一个x轴，一个y轴和一个z轴。不绘制与这些轴相对的轴。我怎么弄到那些丢失的斧头？
这是我的代码：
import matplotlib.pyplot as plt
from mayavi import mlab
import numpy as np
import matplotlib
import mayavi
import sys
# check versions
print( 'matplotlib version: ', matplotlib.__version__
浏览 1提问于2021-11-25得票数 0
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4回答
我在3D空间中有一个3D对象，它在某个方向上定向。我怎么知道它是从初始旋转Q(以欧拉角: 0，0，0)开始旋转的，只是在任意轴上旋转了15度的任意次数。例如，在X轴上旋转4*15度，在Y轴上旋转7*15度，在Z轴上旋转13*15度。我怎样才能检测到这个呢？
我试图从对象的旋转矩阵中获取euler角度，但似乎只有当我仅在一个轴上旋转时，它才能正确检测到这种情况。如果我开始混合X，Y和Z轴15度旋转，欧拉角会变得混乱。
我100%确定物体只被旋转了15度。
浏览 2提问于2011-06-30得票数 1
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Mann-Witney-U检验是与t检验等价的非参数检验，它只能用于正态分布的数据。在Scipy中，这两个测试都可用：
T检验：
Mann-Witney-U-test：
虽然ttest可以通过指定轴来执行计算，例如在3d数组上进行计算，但这对于Mann-Witney-U-test似乎是不可能的？
import numpy
from scipy import stats
A1= numpy.random.normal(1,1,50).reshape(25, 2)
A2= numpy.random.normal(1,1,50).reshape(25, 2)
A3= numpy.random.no
浏览 0提问于2014-10-07得票数 1
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垂直填充三维材料库图
、、、
我有一个用matplotlib制作的3d图。现在，我希望填充绘制的线和x，y轴之间的垂直空间，以突出显示z轴上直线的高度。在2d图上，这将用fill_between来完成，但是对于3d图，似乎没有类似的地方。有人能帮忙吗？
这是我目前的代码
from stravalib import Client
import matplotlib as mpl
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
... code to get the data ....
mpl.rcParams['legend.fontsize'] =
浏览 2提问于2015-11-10得票数 4
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我有一个数字阵列的图像(w，h,3)，我想使用一些利用叠加正弦波产生的值沿y轴扭曲。
下面是该方法的代码和3幅图像(输入、当前输出、期望输出)。所需的输出是使用Photoshop波形失真滤波器完成的，该滤波器具有重复边缘像素的选项。基本上，我想实现这个选项，以重复边缘像素，而不是包装像素周围，使图像看起来更像一条路径。
另一件事是，我不认为np.roll()是适合这项工作的方法，但我完全是个新手，有任何与numpy相关的东西。
def distortH(data, distortions, w, h):
imgdata = np.zeros((h, w, 3), dtype=np.ui
浏览 5提问于2021-02-14得票数 1
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3回答
默认情况下，用matplotlib在3D中绘制一组点(或任何其他)，垂直定位z轴，如下所示(代码如下)：
我需要交换z和y轴，以便垂直显示y轴。
我四处看看，但没有办法让matplotlib这么做。
补充道：--我不想在交换数据和标签的地方求助于黑客。这是一个简单的3点3D图，但我必须绘制更复杂的曲面。我正在寻找一种通用的解决方案，而不仅仅是用散点图解决的问题。告诉matplotlib垂直放置y轴而不是z轴的一种简单方法是干净的方法。
MWE
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3
浏览 4提问于2016-01-15得票数 18
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我是新手在objective c和我的应用程序中，我必须绘制3D图像(如纸箱男孩)和旋转它在X轴，Y轴和z轴使用OpenGL ES框架如何我可以绘制的images.someone帮助我提前感谢。
浏览 3提问于2012-10-21得票数 3
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当使用matplotlib绘制3D散点图时，我似乎无法控制轴是在图的上方还是下方。例如，如果ax1.elev <0，则以下代码将始终在绘图上方显示x和y轴
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import axes3d
fig = plt.figure('Test')
X = np.random.rand(1,100)
Y = np.random.rand(1,100)
Z = np.random.rand(1,100)
ax1 = fig.add_s
浏览 14提问于2017-01-17得票数 3
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4回答
我有一个二维numpy数组，我想在三维中绘制它。我听说过mplot3d，但是我不能正常工作
这是我想要做的一个例子。我有一个维数为(256,1024)的数组。它应该绘制一个3D图形，其中x轴从0到256，y轴从0到1024，图形的z轴在每个条目上显示数组的值。
我该怎么做呢？
浏览 0提问于2012-07-10得票数 19
我正在为我的网络使用3D卷积。在我的网络的一个节点中，我需要将我的图像从[5,50,50,10,256]调整到[5,100,100,10,256]。我只想调整我的图像的轴1和轴2的大小。
我试过使用，但它似乎只适用于3D or4D张量。
有什么建议吗？
浏览 0提问于2017-05-08得票数 1
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想象一下，我在np数组中有一个3D图像。我想把它沿x轴，y轴和z轴移动.
shift在函数中代表什么？它是表示比率的浮点数吗？是要移动的像素数吗？
如果shift=0.5，0，0是图像在x轴上移动了多少？
浏览 7提问于2022-07-19得票数 2
1回答
我想在我的3d图的轴旁边绘制直方图(有点像图像，但在3D中) ? x = np.random.randn(1000)
y = np.random.randn(1000)
z = np.random.randn(1000)
fig = plt.figure(figsize = (10,10))
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter(x, y, z, s = 1, color='black') 看着文档(https://matplotlib.org/3.1.1/gallery/lines_b
浏览 9提问于2020-07-17得票数 2
3回答
我有3x3D数组，它们是3D rgb图像的红、绿和蓝通道。在numpy中创建输入通道直方图体积的优雅方法是什么？
该操作将等同于
""" assume R, G and B are 3D arrays and output is a 3D array filled with zeros """
for x in x_dim:
for y in y_dim:
for z in z_dim:
output[ R[x][y][z] ][ G[x][y][z] ][ B[x][y][z] ] +
浏览 0提问于2011-09-15得票数 3
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我正在尝试使用matplolib显示3D数据。我有一个表示DICOM切片的numpy数组列表。每个切片都包含结构点。我想在3d中显示此结构，但dicom体素形状不规则。例如，它们的形状是1.4，1.4，2。有没有一种方法可以在x，y和z维度上缩放轴，这样它就可以显示结构的真实外观？目前，当我显示它时，它看起来是变形的。
浏览 0提问于2018-07-26得票数 1
我想用Pandas / MatplotLib / Numpy作为线框来绘制3D图
我使用RFID传感器，我试图记录我收到的信号，在不同的距离+不同的角度。我想看看距离的上升和角度之间的相关性。
我已经有一个完整的CSV文件，如下所示：
Distance;0 ;23 ;45 ;90
0 ;-33.24 ;-36.72;-39.335;-35.21
5 ;-31.73 ;-35.26;-41.56 ;-27.41
15 ;-31.175;-36.91;-40.74 ;-44.615
25 ;-35.305;-51.13;-45.5
浏览 0提问于2018-06-18得票数 1
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2回答
我有一个3D的numpy数组，我想用前两个维度来划分它(并选择最后一个中的所有元素)。有什么简单的方法吗?我可以用numpy做这个吗？
示例:给定数组
a = array([[[ 0, 1, 2],
[ 3, 4, 5],
[ 6, 7, 8]],
[[ 9, 10, 11],
[12, 13, 14],
[15, 16, 17]],
[[18, 19, 20],
[21, 22, 23],
[24, 25, 26]]])
我想用前两个轴(同时保留最后一个
浏览 3提问于2016-05-27得票数 0
我尝试从nilearn.image导入resample_img，以用于对一些医学图像进行重采样。 import nibabel as nib
import nibabel.processing
from nilearn.image import resample_img
img = nib.load('./dicom_to_nifti.nii')
new_img = nibabel.processing.resample_to_output(img, (2, 2, 2))
new_img.to_filename('nifti_2_2_2') 然而，我一直收到
浏览 392提问于2019-12-06得票数 2
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