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脚本分享——fasta文件序列进行排序和重命名

小伙伴们大家下午好,我是小编豆豆,时光飞逝,不知不觉来南京工作已经一年了,从2018年参加工作至今,今年是我工作最快乐一年,遇到一群志同道合小伙伴,使我感觉太美好了。...今天是2022年最后一天,小编在这里给大家分享一个好用脚本,也希望各位小伙伴明年工作顺利,多发pepper。‍...pip install biopython pip install pandas 查看脚本参数 python Fasta_sort_renames.py -h 实战演练 # 只对fasta文件序列进行命令...python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s F -a rename_fasta.fna # fasta文件序列根据序列长短进行排序...,并排序文件进行重命名 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s T -a rename_fasta.fna

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Python爬虫之非关系型数据库存储#5

排序 排序时,直接调用 sort() 方法,并在其中传入排序字段及升降序标志即可。...本节讲解了使用 PyMongo 操作 MongoDB 进行数据增删改查方法,后面我们会在实战案例应用这些操作进行数据存储。...b'2' blpop(keys, timeout=0) 返回并删除名称 keys list 首个元素,如果列表为空,则会一直阻塞等待 keys:键名序列;timeout:超时等待时间,0...有序集合操作 有序集合比集合多了一个分数字段,利用它可以对集合数据进行排序,其用法总结如表所示。...6 个字段,其中 db 即数据库代号,key 即键名,ttl 即该键值有效时间,type 即键值类型,value 即内容,size 即占用空间。

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使用PYTHONKERASLSTM递归神经网络进行时间序列预测|附代码数据

如何使用LSTM网络进行开发并做出预测,这些网络可以很长序列中保持状态(内存)。本教程,我们将为时间序列预测问题开发LSTM。...(LSTM)是一种递归神经网络,使用时间反向传播进行训练,可以解决梯度消失问题。...我们可以更好地控制何时Keras清除LSTM网络内部状态。这意味着它可以整个训练序列建立状态,甚至需要进行预测时也可以保持该状态。...最后,构造LSTM层时,  必须将有状态参数设置为 True  ,我们批处理样本数量,样本时间步长以及一次特征数量进行编码。通过设置 batch_input_shape 参数。...|PYTHON用KERASLSTM神经网络进行时间序列预测天然气价格例子Python商店数据进行lstm和xgboost销售量时间序列建模预测分析Matlab用深度学习长短期记忆(LSTM)神经网络对文本数据进行分类

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综述 | 牛津大学等机构最新研究:扩散模型时间序列和时空数据应用

图1 时间序列和时空数据分析扩散模型概述 图2 近年来时间序列和时空数据代表性扩散模型 尽管扩散模型处理时间序列和时空数据方面展现出了令人鼓舞前景和快速进步,但现有文献该模型族系统分析却明显不足...处理时间序列和时空数据时,这些模型可以通过捕捉数据时间和空间依赖关系来实现对数据准确生成和推理。例如,时间序列预测任务,模型可以通过学习历史数据趋势和周期性规律来预测未来数据值。...任务视角 在这一部分,研究者探讨了扩散模型不同任务应用,包括预测、生成、插补和异常检测,并强调它们不同领域中复杂时间序列和时空数据分析有效性。...MissDiff专注于通过回归损失进行插补,适用于各种表格数据缺失值问题。 04、异常检测 异常检测领域,特别是时间序列和时空数据异常检测,目标是从给定数据识别出异常值。...尽管现有的大多数扩散模型能够基于某些有用条件生成相应时间序列或时空数据,但在实践仍然缺乏这类先验知识充分考虑。 未来研究可以探索如何在扩散模型生成过程整合和利用这些先验知识。

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阶段性总结-python mongoDB

序列值,正则表达式,内嵌文档,内嵌代码等数据类型。...mongo管道(pipeline) MongoDB,聚合管道是一种处理数据方式,它允许你服务器端对数据进行各种复杂转换和分析。...以下是一些常用聚合阶段: $match:筛选出满足条件文档。 $group:按照某个字段将文档分组。 $sort:对文档进行排序。 $project:选择文档哪些字段输出。...例如,以下聚合管道会先筛选出field字段为value文档,然后按照other_field字段进行升序排序: pipeline = [ {"$match": {"field": value}},...当你一个字段上创建了索引,MongoDB会对这个字段所有值进行排序,并在索引存储每个值对应文档位置。

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pyMongo操作指南:增删改查合并统计与数据处理

这个修饰符使被编译模式可以包含注释。 注意:这仅用于数据字符。 空白字符 还是不能在模式特殊字符序列中出现,比如序列 。...), ("key2", pymongo.DESCENDING)])#多列上排序 时间 + 排序方式: # 按时间排序 # 我们使用这个特殊“$it”操作符来执行范围查询,同时调用sort()...来结果进行排序(以author为排序字段) d = datetime.datetime(2009, 11, 12, 12) for ccc in collection.find({"date": {"...-q, --query 查询条件 --skip 跳过指定数量数据 --limit 读取指定数量数据记录 --sort 对数据进行排序,可指定排序字段,使用1为升序-1为降序,如 sort({key...解决办法是这些unique字段预先进行判断,这是pymongo与mongoengine区别,mongoengine是在建模时候就会设置好,但pymongo除非报错,否则很难知道这个问题。

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爬虫——实战完整版

pickle序列化 zlib压缩 经Binary转化为mongodb需要格式 添加格林威治时间 网址为键_id,结果为值,存入mongodb 使用下载url(路由)作为key,存入系统默认_...取出(key仍然是下载url) 根据_id(url)查找(find_one)结果 解压缩,反序列化 重写__contains__ 当调用in,not in ,会自动调用该方法判断链接对应网址是否在数据...可通过字典查找方式__getitem__直接查找(self[item]) 该函数返回布尔值 方法clear 清空该集合数据 1 import pickle,zlib #对象序列化...导入爬取类 创建新类并继承自爬取类 重写保存方法 创建MongoCache对象 网址为键,数据为值,以字典形式存入mongodb 重写run方法 保存时,需多传一个网址参数(为了保存方法对应保存...28 #数据---》pickle序列化---》zlib压缩---》Binary转化为mondodb需要格式,使用格林威治时间 29 record = {'result

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SpringDataJPA笔记(1)-基础概念和注解

注意: JPQL 不支持使用 INSERT; (2) @Query 注解编写 JPQL 语句, 但必须使用 @Modifying 进行修饰....),需要实现AuditorAware接口来返回你需要插入值 @CreationTimestamp 表示该字段为创建时间时间字段 @UpdateTimestamp 表示该字段为修改时间时间字段 实体类相关注解...@Column 标注 columnDefinition 属性: 表示该字段数据实际类型.通常 ORM 框架可以根据属性类型自动判断数据字段类型,但是对于Date类型仍无法确定数据字段类型究竟是...entity class所有id fieldid class都要定义,且类型一样。 @MapKey 多,多多关系,我们可以用Map来保存集合对象。...默认用主键值做key,如果使用复合主键,则用id class实例做key,如果指定了name属性,就用指定field值做key @OrderBy 多,多多关系,有时我们希望从数据库加载出来集合对象是按一定方式排序

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用Python操作MongoDB,看这一篇就够了

MongoDB文档型数据库: MongoDB存储对象是一个文档,数据结构是由键值组成,类似于json对象,字段值可以包含其他文档、数组及文档组。 ?..._id是一个特殊键值,该值整个collection是唯一。....find().limit(NUMBER) #查询结果排序(参数1升序,参数-1降序) db.集合名称.find().sort({字段:1,...})...= db['stu'] 3.插入数据 可以使用insert方法插入数据,但在pymongo,官方推荐使用 insert_one 完成单个数据写入,insert_many 完成多条数据插入。...age":{'$lt':20}}) 5.修改数据 可以使用update方法修改数据,但在pymongo,官方推荐使用 update_one 完成单个数据修改,update_many 完成多条数据修改

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Redis 五种数据类型及应用场景

Redis 所有操作都是原子性,还支持几个操作合并后原子性操作,支持事务 通常我们都把数据存到关系型数据,但为了提升应用性能,我们应该把访频率高且不会经常变动数据缓存到内存。...存储 MySQL 某个字段值 把 key 设计为 表名:主键名:主键值:字段名 set user:id:1:name 互扯程序 2....不同是每个元素都会关联一个double类型分数,redis正是通过分数来为集合成员进行从小到大排序。 3. zset成员是唯一,但分数(score)却可以重复。 ?...应用场景 集合类型场景上加入排序就是有序集合应用场景了。 1. 根据好友“亲密度”排序显示好友列表。 2. 直播间里,粉丝打赏金额排序。...Redis Key设计 使用冒号把 key 要表达多种含义分开表示,步骤如下: 1. 把表名转化为 key 前缀 2. 主键名(或其他常用于搜索字段) 3. 主键值 4. 要存储字段

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Redis快速入门(二)

keyName //查询指定键名所在数据库下对应值 KEYS xx* //模糊查询所在数据库下以xx为前缀所有键名对应值 KEYS * //查询所在数据库下所有键值类型值 DEL:删除一个指定...key 借助mset指令演示(后面会进行说明) DEL keyName //删除当前所在数据库下指定键名键值,删除成功返回删除键值个数 对于keyName可类比于Java可变参数...String结构是将对象序列化为JSON字符串后存储,当需要修改对象某个字段时很不方便: Hash结构可以将对象每个字段独立存储,可以针对单个字段做CRUD: Hash类型常见命令有...类似,只不过没有元素时等待指定时间,而不是直接返回nil 三个思考问题: 如何利用List结构模拟一个栈?...SortedSet每一个元素都带有一个score属性,可以基于score属性元素排序,(添加元素少时候用是压缩表ziplist 数据多了就转成跳表skiplist)底层实现是一个跳表(SkipList

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2.1.RedisTemplate优雅地操作Redis

关系型数据redis 1: 把表名转换为key前缀 如, tag: 2: 第2段放置用于区分区key字段--对应mysql主键列名,如userid 3: 第3段放置主键值,如2,3,4......注解缓存是一个缓存使用抽象,通过代码添加下面的一些注解,达到缓存效果。 Set类型操作参考 ZSet 有序集合 有序集合由唯一,不重复字符串元素组成。...有序集合每个元素都关联了一个浮点值,称为分数。可以把有序看成hash和集合混合体,分数即为hashkey。 有序集合元素是按序存储,不是请求时才排序。...ZSet类型操作类型 Hash-哈希 redis哈希值是字符串字段和字符串之间映射,是表示对象完美数据类型。 哈希字段数量没有限制,所以可以在你应用程序以不同方式来使用哈希。...所以使用了json序列化方式 spring-redisredis五种数据类型也有支持 HashOperations:hash类型数据操作 ValueOperations:redis字符串类型数据操作

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springboot之使用redistemplate优雅地操作redis

关系型数据redis 1: 把表名转换为key前缀 如, tag: 2: 第2段放置用于区分区key字段--对应mysql主键列名,如userid 3: 第3段放置主键值,如2,3,4....注解缓存是一个缓存使用抽象,通过代码添加下面的一些注解,达到缓存效果。 Set类型操作参考 ZSet 有序集合 有序集合由唯一,不重复字符串元素组成。...有序集合每个元素都关联了一个浮点值,称为分数。可以把有序看成hash和集合混合体,分数即为hashkey。 有序集合元素是按序存储,不是请求时才排序。...ZSet类型操作类型 Hash-哈希 redis哈希值是字符串字段和字符串之间映射,是表示对象完美数据类型。 哈希字段数量没有限制,所以可以在你应用程序以不同方式来使用哈希。...所以使用了json序列化方式 spring-redisredis五种数据类型也有支持 HashOperations:hash类型数据操作 ValueOperations:redis字符串类型数据操作

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初窥Python(一)——使用pymon

Python 可以使用 pymongo 库方便操作 MongoDB 。...启动 MongoDB ,其中 --dbpath 指定数据存放目录,默认为 /data/db ,如果目录不存在会报错; --logpath 指定日志输出文件,日志会按照时间自动切分: [root@localhost...将查询结果按条件排序: >>> collection.find().sort("age")  //默认,升序 >>> collection.find().sort("age", pymongo.ASCENDING...不是list类型时也不会报错 补充: 1.JSON序列化与反序列化: 如果想序列化为标准 JSON 格式,两种方式,方式一,json 包 dumps: >>> import json >>> for...bson.json_util.loads() 2.Deprecated与”Modern”: pymongo,有一些方法虽然没有被弃用,但也已经不再建议使用,使用这些方法不会出现 error ,但会报出

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Go实战抢红包系统(四) - 基础实施层coding

2 Go如何使用JSON 2.1 标准库内建JSON包 默认使用JSON字段名称是它Field名称 2.2 并非任何类型都可序列化 ◆ 支持string、 bool、 数字类型、数组和切片...、结构体、map ◆ Channel、complex、 function 类型无法进行json序列化 ◆ 结构体循环数据结构,序列化时不会被处理 2.3 结构体自定义字段名称 ◆ JSON tag...demo代码-json.go 运行结果 name进行自定义 可以发现age无法实现序列化导出,将其改为大写即可 其中omitempty可以过滤空值(包括0),于是结果不再包含...age信息 有-不会序列化 去除-即可 整型加上string会以字符串形式序列化 2.3.2 反序列化演示 无法序列化id,所以要求json一定要与结构体数据类型保持一致...来解释 ◆ 完整key由Section和参数key组成 , .分割 4 基础资源层-配置设计-starter编码 config.ini 参考 golangstruct转json后键名首字母大小写问题解决

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springboot第42集:李佳琦说工作这么久了,还不懂Kafka吗?

序列化时,Java 会使用被序列数据 serialVersionUID 与类的当前版本 serialVersionUID 进行比较。...数据按照 (userId, day) 部分进行分区。这意味着 user1 所有数据都存储一个分区,user2 数据存储另一个分区每个分区内,数据按照 logTime 进行排序。...这个注解对于处理复杂 JSON 数据结构或者需要在 Java 对象和 JSON 之间进行灵活映射情况非常有用。它可以帮助确保序列化和反序列化过程中正确地匹配字段名称。...通常情况下,JSON 数据键名与 Java 类字段名是一致,但有时候 JSON 数据键名可能与 Java 类字段名不匹配,或者希望序列化和反序列化过程中使用不同名称。... postHandle 方法,你可以执行在请求处理之后、视图渲染之前操作。通常,你可以在这里模型和视图进行进一步处理,或者添加一些通用数据供视图渲染使用。

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