我有一个数据帧(pLog)，其中包含针对大肠杆菌基因组(4.6MB)进行的chip-seq实验的每个核苷酸的读取次数。我希望能够在X轴上绘制染色体位置，在Y轴上绘制读取次数。其中一列名为" position“，有一个代表染色体位置的数字(1,101,201，...)另一列被命名为"values“，并且包含在该bin上找到的读取次数，例如(210,511,315，...)。
浏览 26提问于2020-04-25得票数 0
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我有一个基因组数据库，其中包含一个简单的字符序列(如>chr1 AGTGTCA.....)。现在，我想将它转换为如下所示的标准：CCCAGTTCCGACGATCGATTTGCACGTCAGAATCGCTACGGACCTCCATCAGGGTTTCCCCTGACTTCGTCCTGACCAGG如果没有，我如何在FASTQ中编码字符序列？这种格式意味着什么?我如何创建它？
浏览 2提问于2011-07-10得票数 1
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我想做的一件事是检测(相当大的) 2D牛津纳米孔数据的删除(大读取)。为此，我从E.coli基因组中提取了第一个10kb，以及覆盖该区域的测序读数。调用原始基因组A，然后通过在A的中间插入1kb的序列来创建基因组A‘，并使用A’作为参考来对A的读数进行比对，以模拟序列中的缺失。我现在想写一个程序来检测我的“删除”的位置。情况2.从左侧开始的与删除部分重叠的读取应与(1)中的读取相同，但应以rS结束，常量r的大小由<e
浏览 19提问于2017-04-14得票数 1
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有人知道如何在屏幕截图中创建一个图形吗？我试图获得类似的效果调整alpha，但这使离群点几乎是无形的。我只从一个叫做FlowJo的软件中知道这种图形，这里他们把它称为“伪着色点图”。我想专门在ggplot2中做这件事，因为我需要简单的选项。我附上了另一张我的图表的截图。垂直线描绘了某些基因组区域的突变簇。其中一些星系团比另一些团簇密度大得多。我想用密度颜色来说明这一点。数据很大，很难模拟，但这里有一次尝试。我看起来不像实际的数据，但数据格式是相同的。
浏览 3提问于2016-08-19得票数 6
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在多少核上运行矩阵算法？
、、、、
这将根据您输入的序列数量创建dna距离矩阵。
目前，我想从14,778个序列中创建一个矩阵。我提交这个在我的大学的HPCC上运行，根据我计算的估计，它将需要10天的运行时间。
浏览 10提问于2018-09-22得票数 1
如何在散点图和两个重叠的密度图中为不同的组(例如hue=“吸烟者”)分配不同的颜色。 在R中，这可以通过创建具有两个边缘密度图的散点图来完成，如here中所示。 ? sns中的等价物是什么？如果这在sns中是不可能的，有没有其他的python包可以用来做这件事呢？
浏览 25提问于2019-04-25得票数 8
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肖像画遗传算法
、、、、
这是我对一种遗传算法的看法，如本文所述。以下是一些结果📷📷📷它拍摄一张图片，并生成10个图像，由32个随机矩形组成。>> 1); } temp2 = r.Next(0, numberOfGenomes-2);static doubl
浏览 0提问于2019-01-23得票数 5
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从草产量(Dry_tonnes_ha)开始，如所示library(tidyverse)
第三，我不确定在Site中嵌套Block的最佳方式。要下载的R代码：
download.file('https:/&#
浏览 1提问于2017-01-23得票数 8
由于每个图像都很大(全高清)，它会快速消耗内存，从而使整个应用程序变得迟缓，甚至会因为内存不足而崩溃。
你是怎么处理这样的事情的？
浏览 6提问于2016-01-05得票数 0
我是新的R，并试图生成生物信息学数据可视化，称为树状图(16S rRNA树)，以显示之间的关系，选择基因组。我首先导入库和我需要的包，并读取.csv文件，其中包含GenBank数据库中这些基因组的登录号列表。3组不同的基因组被解读为3个数据。然后，我将这三个数据框架中的每一个内容放入列表中，以便使用RNA树构建函数("dendrogram16S()")读取列表并生成树状图
浏览 7提问于2022-03-02得票数 0
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我已经创建了一个R脚本，它显示了我的数据库基因表中的所有值。所以它给出了每个基因的长度(以核苷酸计)，我水平地放置它。我希望这是合理的。我每条染色体有5个基因，用于人类基因组中的所有染
浏览 0提问于2014-06-01得票数 0
我有一个大型的.xlsx数据集，记录了一年中花椰菜、西兰花和其他一些品种的密度、盖度和高度。但是：每个蔬菜都有三个特征(密度、盖子、高度)，但只有一个列名！
我的问题是，如何在R中有效地读取这张表格？在R中加载
浏览 0提问于2018-05-16得票数 3
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我如何在snakemake配置文件中指定技术复制的输入，目标是将成对的末端读取与参考基因组进行比对，然后将复制的比对文件合并到每个个体的单个文件中？我的文件根据模式raw-fastq/sampleX_groupX_RX.fq.gz命名，其中每个样本都有多个组，每个组都有R1和R2。听起来解决方案可能是编写一个输入函数，根据配置文件创建正确的输入列表，但似乎没有标准的方法来做到这一点，而且作为python的新手，我不确定如何实现这一点。在我的示例中</e
浏览 4提问于2019-03-01得票数 2
我需要根据病毒的DNA序列生成一个随机游走，给定其2k个碱基对的碱基对序列。序列看起来像"ATGCGTCGTAACGT“。路径应该右转为A，左转为T，向上为G，向下为C。如何使用Matlab、Mathematica或SPSS实现此目的？
浏览 3提问于2011-04-10得票数 37
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我想在R中用ggplot或其他软件包绘制条形图，显示每个条形图中多个X变量的值。
下面我提供了复制这个条形图的样本数据。对于前两个代码，干预措施和组的间隔和顺序旨在反映干预措施的分类情况，如示例图所示。这是因为并非所有的干预都是针对每个人的。此外，在创建dataset之后，需要删除那些不属于图B中给定干预的组(国家中介)的值。图B中的
浏览 0提问于2018-03-02得票数 0
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我试过了file = open(r"C:\\Users\\Lab\\Desktop\\amplicons\\ETRA", "r")file.close()
pattern1 = re.compile(r'>.{5,10}\.
浏览 6提问于2020-03-06得票数 3
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我使用以下代码在R中创建一个标准正态分布：y <- dnorm(x, mean=0, sd=1)
plot(x, y, type="l", lwd
浏览 8提问于2012-05-08得票数 21
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我有一个230,000的列表，需要查找整个基因组中的每个序列(弓形虫寄生虫)。我不确定基因组有多大，但比23万个序列要长得多。基因组被格式化为一个连续的字符串，即(CATGGGAGGCTTGCGGAGCCTGAGGGCGGAGCCTGAGGTGGGAGGCTTGCGGAGTGCGGAGCCTGAGCCTGAGGGCGGAGCCTGAGGTGGGAGGCTT我认为这很简单--但我也要找出在任何位置定义为错误(不匹配)的紧密匹配，但只有一个位置，并在序列
浏览 4提问于2010-03-11得票数 24
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