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我想知道是否有人知道有什么工具可以让我在多序列比对中的任何特定位置计算氨基酸的频率。例如，如果我有三个序列：Species 2 - MMLSA我想找到一种按位置搜索以下输出的方法：
Position 1 -我对R和Linux很熟悉，但如果有其他软件可以做到这一点，我相信我可以学到。
浏览 11提问于2022-09-09得票数 0
有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
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如何在R中执行基本的多序列比对？
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(我试过在上问这个问题，但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案，所以我也在这里转发这篇文章)我没有一个基本的模式可以匹配。我所知道的是，"True“模式的长度应该是"30”，并且我的序列在随机点上引入了缺失值。
这是一个这样的序列的例子，在左边我们看到了缺失值的真实位置，在右边我们看到了我们将能够观察到
浏览 2提问于2010-12-21得票数 9
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如何计算文本字符串的多序列比对
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我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
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如何实现具有最小子序列长度约束的序列比对。例如，假设这些输入的最小子序列长度为3。使用Smith-Waterman给出如下输出。---ATACGGACCATCATA---ACC提前谢谢。
浏览 7提问于2013-01-13得票数 3
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我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。Biopython pairwise2做得很好，但只适用于短序列，当序列大小超过2kb时，即使使用了'score_only‘和'one_alignment_only’选项，它也会显示严重的内存泄漏，从而导致the scriptjob 4945543.1 died through signal XCP
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
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我不是生物信息学的专家。我想用全局比对的方法对两个核苷酸序列进行比对。每个序列是{A，C，T，G}个字母的组合。我的问题是如何根据我的数据集估计(匹配，不匹配和差距)的惩罚。有没有什么统计模型可以帮上忙？
浏览 0提问于2015-11-23得票数 0
好的，我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个序列)，我想要比对并建立一个邻居加入树。在许多情况下，这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而，整个蛋白质序列已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我的片段，并将它们与已知序列进行比对，以定义我的每个片段在已发表的树上的</e
浏览 0提问于2012-01-28得票数 0
想问一下，mummer共线性分析的图里有一条序列的一部分（圈起来部分）和参考序列比不上，大概什么原因呢？有什么解决办法吗？
图片
浏览 363提问于2023-09-25
我需要用biopython翻译对齐的DNA序列。有没有办法把'tt-‘翻译成X，这样整个翻译后的序列就是'XKM’了？ 这将在翻译比对序列时非常有用。例如，比对的序列集以pandas DataFrame的形式存储，命名为"df“，如下所示： import pandas as pd
df = pd.DataFrame([['A',Seq("tt-aaaatg
浏览 70提问于2019-05-04得票数 0
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我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个序列比对。然而，在Biopython Cookbook中，显示这一点的唯一方式是通过写出字符串而不是加载文件。我希望能够做到后者。下面是在中进行多序列比对的方法from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Align import MultipleSeqAlignmentgeneric_
浏览 31提问于2019-12-01得票数 0
我想访问从BioAlignments.jl中的Julia pairalign函数返回的比对数据的索引，以了解在原始序列的上下文中比对发生在哪里。dna"ATATTAGGTATTGATTATTGTACGCGGCCCGGC" , dna"TTGATTATTGT", scoremodel)
alignment(my_alignment) 例如，像这样的脚本将输出一个但是，我希望知道在我提供作为输入的原
浏览 12提问于2020-09-21得票数 2
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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？我刚接触生物信息学，你的建议对我很有用。
提前感谢
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
我有一个大约有80000个事件序列的数据集。 每个序列是在时间步t处发生的事件的列表。'Event 5','Event 4]
['Start Event','Event 1', 'Event 7', 'Event 4','Event 3']] 序列的长度在作为预处理步骤，我希望在训练神经网络进行异常检
浏览 32提问于2020-08-25得票数 0
我正在尝试检索两个序列的比对分数，使用biopython中的emboss进行比较。据我所知，唯一的方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件需要迭代。有没有一种更简单、更干净的方法来检索比对得分，而不是求助于此？这是我使用的代码的主要部分。
浏览 3提问于2013-08-19得票数 0
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我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个序列，并一直打印到比对文件的末尾。
我希望从输出。
浏览 5提问于2010-05-22得票数 0
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序列比对
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我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。pdb id uniprot id
1e43 P00692首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。您<
浏览 6提问于2013-02-08得票数 0
我想提取两个字符串(DNA序列)并生成比对分数。我找到了解密包，但它只允许我生成比对，而不是比对分数。我也试过使用“生物字符串”，但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!string1 <- "ACAGT"
string2 <- "CCAGTA" 我在找这样的东西 t <- FunctionThatWouldReturnAlignmentScore(string1, string2
浏览 9提问于2019-08-30得票数 0
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