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拆分fasta文件并在第一行的基础上重命名

拆分fasta文件并在第一行的基础上重命名是一种常见的生物信息学任务,它涉及到对fasta文件进行分割和重命名。fasta文件是一种常见的生物信息学文件格式,用于存储基因序列和蛋白质序列。

为了实现拆分fasta文件并在第一行的基础上重命名,可以使用Python编程语言和相关的生物信息学库。以下是一个简单的Python代码示例:

代码语言:python
代码运行次数:0
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import os

from Bio import SeqIO

读取fasta文件

input_file = "input.fasta"

output_dir = "output"

if not os.path.exists(output_dir):

代码语言:txt
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os.makedirs(output_dir)

records = list(SeqIO.parse(input_file, "fasta"))

for record in records:

代码语言:txt
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# 获取序列名称
代码语言:txt
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seq_name = record.name
代码语言:txt
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# 获取序列长度
代码语言:txt
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seq_len = len(record.seq)
代码语言:txt
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# 获取序列描述
代码语言:txt
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seq_desc = record.description
代码语言:txt
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# 获取序列序列
代码语言:txt
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seq_seq = str(record.seq)
代码语言:txt
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# 获取序列ID
代码语言:txt
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seq_id = record.id
代码语言:txt
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# 获取序列字符串
代码语言:txt
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seq_str = str(record.seq)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列
代码语言:txt
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seq_rc = record.reverse_complement()
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
复制
seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
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# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
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seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
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seq_rc_str = str(seq_rc)
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# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
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seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
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seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符串
代码语言:txt
复制
seq_rc_str = str(seq_rc)
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复制
# 获取序列反向互补序列长度
代码语言:txt
复制
seq_rc_len = len(seq_rc)
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列描述
代码语言:txt
复制
seq_rc_desc = seq_rc.description
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列ID
代码语言:txt
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seq_rc_id = seq_rc.id
代码语言:txt
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# 获取序列反向互补序列序列
代码语言:txt
复制
seq_rc_seq = str(seq_rc.seq)
代码语言:txt
复制
# 获取序列反向互补序列字符
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