是否可以使用athena-express节点包以流的形式读取数据？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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正常的illumina芯片数据可以使用lumi包的lumiR.batch函数读取

表达量芯片数据处理，大家应该是非常熟悉了，我们有一个系列推文，它基本上可以应付主流的芯片数据，主要是 affymetrix和illumina以及agilent，当然最简单的就是affymetrix的芯片...，但是最近很多小伙伴问illumina芯片数据，主要是因为一些数据产出的作者自己不熟悉，所以它们并没有按照规则来上传数据，导致大家没办法使用标准代码处理它。...acc=GSE58539 可以看到在该页面有两个不同形式的文件，初次接触的小伙伴可能会犹豫下载哪个： File type/resource GSE58539_Non-normalized_data.txt.gz...但是因为作者给出来了的 GSE58539_Non-normalized_data.txt.gz 这个 4.8 Mb文件，是正常的illumina芯片数据可以使用lumi包的lumiR.batch函数读取后...学徒作业针对这两个表达量矩阵，各自继续后续差异分析富集分析，比较两次后续差异分析富集分析结果的差异。两次差异分析的结果，以散点图和韦恩图进行展现。两次富集分析结果，以gsea热图展现。

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【云+社区年度征文】借鉴了Mybatis源码解决了项目上线时的一个问题

整个结构是这样的： [1608449649230-17c94c55-7d83-4058-ac4e-06cc0dbdeeaa.png] 说的有点多，总结一下：出现的问题是我所开发的这个框架，以一个依赖的形式被其他项目所使用的时候...，就会看到如下图所示的：可以看到，就是去使用流的形式去读取这个配置文件，并返回一个流对象 [1608453321997-15d97c66-7805-4d2e-b547-f11f833dca0b.png...的创建的流程太复杂了，我简单总结一下步骤：（1）从Reader的流中读取Mybatis-config.xml配置文件的数据流；（2）从流中读取 xml配置文件中的，" ...”根节点中解析每个子节点的数据，例如：“mappers”、“environments”节点等；（4）解析“mappers”节点，拿到xxxMapper.xml的存放方式和存放路径...；（5）按照“mappers”节点中配置的信息，选择性的进行读取Mapper.xml文件；（5-1）如果是package方式的话：（5-1-1）先判断是否为jar包，如果是就以流的形式打开；（5

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编程体系结构(04)：JavaIO流文件管理

一、IO流分类 1、分类角度流的方向输入流：从数据源中读取数据到应用中的流；输出流：从应用中将数据写入到目的地的流；流数据类型字节流：以字节形式来读写的流，标识是名称以Stream结尾；字符流...：以字符形式来读写的流，标识是名称以Writer、Reader结尾；管道流：以数据块为单位来处理，缓冲区就是用于读写的数据块；流的角色节点流：可以从一个节点或者向一个节点读/写数据的流，也被称为低级流...FileInputStream：文件字节输入流以字节的形式将文件中数据读取到应用中; BufferedInputStream：缓冲字节输入流，提供缓冲功能，提高效率； ByteArrayInputStream...Reader：字符输入流，为所有字符输入流提供一个标准、只有基本的读取方法的定义和简单的实现； InputStreamReader：字节转换流，将字节流转换成字符流，并且可以指定字节转成字符时使用的编码...字节流读取的是文件中的二进制数据，不会自动转为可以看懂的字符；字符流：把读到的数据进行对应的编码与解码。

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Python过气，Hadoop凉了？零基础项目实战诠释何为经典

客户端根据 NameNode 节点返回的元数据信息，到对应的 DataNode 节点上读取块数据，如果读取的文件比较大，则会被 Hadoop 切分成多个数据块，保存到不同的 DataNode 上。...读取完3的数据块后，如果数据未读取完，则接着读取数据。读取完4的数据块后，如果数据未读取完，则接着读取数据。读完所有的数据之后，通知 NameNode 关闭数据流。...（图3）客户端向 NameNode 节点发起元数据请求，指定文件上传的路径，此时，NameNode 节点内部会进行一系列的操作，比如：验证客户端指定的路径是否合法，客户端是否具有写权限等。...客户端获取到元数据和输出流之后，开始向第一个 DataNode 节点写数据块。...当所有的数据块都写完，并且客户端接收到写入成功的确认信息后，客户端会向 NameNode 节点发送关闭数据流请求，NameNode 节点会将之前创建的输出流关闭。

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终于有人把HDFS架构和读写流程讲明白了

，以挂载表的形式对外提供统一的命名空间）特性以提高稳定性和减少元数据压力。...Namenode返回相应的信息后，客户端将使用这些信息，创建一个标准的Hadoop FSDataOutputStream输出流对象。...▲图3-3 流水线数据写入示意图 3）串行写入数据，直到写完Block 客户端的数据以字节（byte）流的形式写入chunk（以chunk为单位计算checksum（校验和））。...写入本地成功，可以从缓存中移除数据包（packet），如图3-4所示。...Datanode在定期的心跳上报中，以增量的信息汇报最新完成写入的Block，Namenode则会更新相应的数据块映射以及在新增Block或关闭文件时根据Block映射副本信息判断数据是否可视为完全持久化

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Hadoop分布式文件系统HDFS

Client：Client（客户端）是用户与HDFS进行交互的主要接口，它负责文件的上传、下载、读取、写入等操作，以及与NameNode和DataNode进行通信以获取文件的位置信息和执行数据的读写操作...另外还有两个单位chunk和packet 客户端的数据以字节（byte）流的形式写入chunk（以chunk为单位计算checksum（校验和））。...写入本地成功，可以从缓存中移除数据包（packet）可以这样理解，我们向DataNode写数据时，不是一下把128M的数据写到DataNode当中，这不现实。...先在客户端本地以字节（byte）流的形式写入chunk，由若干个chunk组成packet，此时客户端会把数据(以packet的形式)发送给DataNode,而有若干个packet组成Block，这意味着写一次...（2）挑选一台DataNode（就近原则，然后随机）服务器，请求读取数据。（3）DataNode开始传输数据给客户端（从磁盘里面读取数据输入流，以Packet为单位来做校验）。

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Hadoop（六）之HDFS的存储原理（运行原理）

namenode执行各种不同的检查（这个文件存不存在，有没有权限去写，能不能存的下这个文件）以确保这个文件不会已经存在，并且在client有可以创建文件的适当的许可。　　　...4）数据流将包分流给管线中第一个的datanode，这个节点会存储包并且发送给管线中的第二个datanode。同样地，第二个datanode存储包并且传给管线中的第三个数据节点。　　　　...首先管线被关闭，确认队列中的任何包都会被添加回数据队列的前面，以确保故障节点下游的datanode不会漏掉任意一个包。　　　...6）client完成数据的写入后，就会在流中调用close()。　　7）在向namenode节点发送完消息之前，此方法会将余下的所有包放入datanode管线并等待确认。　　　...那么读取的时候，遵循的规律是：优选读取本机架上的数据。四、图解HDFS的读取写入过程以简洁易懂的漫画形式讲解HDFS存储机制与运行原理 4.1、角色出演 ?

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实时流处理系统的用例

为存储处理的数据设立存储机制。现在的问题在于：是否能够通过大数据系统来解决，请使用Hadoop来执行下列处理： ?...不过想要使用这种方法，需要先解决下面这些问题：数据流：数据需要在数据管道（Data Pipeline）中以流数据的形式发送。...编程语言不可知论：是否会是独立的编程？有一些类似Apache Storm之类的实时数据流机制能够帮助我们解决这些问题。现在我们试着回答上面的问题，看使用Apache Storm能否得出答案。...数据流数据以元组的形式发送。扩展 Storm是一个分布式平台，允许用户将更多节点添加到Storm集群运行环境中，以增加应用的吞吐量。容错在Storm中，工作是通过集群中的worker来执行的。...即使Storm平台运行在JVM之上，运行在上面的应用也可以用任何编程语言编写，可以使用标准的I/O来读写。

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Socket粘包问题的3种解决方案，最后一种最完美！

TCP 通过使用序列号和确认消息，从发送节点提供有关传输到目标节点的数据包的传递的信息。TCP 确保数据的可靠性，端到端传递，重新排序和重传，直到达到超时条件或接收到数据包的确认为止。 ?...这是因为 TCP 是面向连接的传输协议，TCP 传输的数据是以流的形式，而流数据是没有明确的开始结尾边界，所以 TCP 也没办法判断哪一段流属于一个消息。...，既将数据包封装成数据头（存储数据正文大小）+ 数据正文的形式，这样在服务端就可以知道每个数据包的具体长度了，知道了发送数据的具体边界之后，就可以解决半包和粘包的问题了；以特殊的字符结尾，比如以“\n...解决方案三：特殊字符结尾，按行读取以特殊字符结尾就可以知道流的边界了，因此也可以用来解决粘包和半包的问题，此实现方案是我们推荐最终解决方案。...导致粘包和半包的原因是 TCP 的传输是以流的形式进行的，而流数据是没有明确的开始和结尾标识的，因此就导致了此问题。

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Java当中的IO

Java当中的IO IO的分类第一种分：输入流和输出流第二种分：字节流和字符流第三种分：节点流和处理流节点流处理数据，处理流是节点流基础上加工的。...流好比一个走向，当程序中需要读取数据时，就会开启一个通向数据源的流，这个数据源可以是文件，内存，网络连接等，需要写入数据时，也会开启一个通向目的地的流。流好比连接起点到终点的路。...String[] list()：以字符串的形式返回目录下所有文件。File[] listFiles()：以File对象形式返回目录下所有文件。...java.io包中包含大量用来完成输入输出流的类。 Java中流的分类：流的运动方向，可分为输入流和输出流两种。流的数据类型，可以分为字节流和字符流。...输出流类都是抽象类OutputStream（字节输出流）或抽象类Writer类（字符输出流）的子类。输入流输入流用于读取数据，用户可以从输入流中读取数据，但不能写入数据。

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Hadoop（六）之HDFS的存储原理（运行原理）

namenode执行各种不同的检查（这个文件存不存在，有没有权限去写，能不能存的下这个文件）以确保这个文件不会已经存在，并且在client有可以创建文件的适当的许可。　　　 ...4）数据流将包分流给管线中第一个的datanode，这个节点会存储包并且发送给管线中的第二个datanode。同样地，第二个datanode存储包并且传给管线中的第三个数据节点。　　...首先管线被关闭，确认队列中的任何包都会被添加回数据队列的前面，以确保故障节点下游的datanode不会漏掉任意一个包。　　　...6）client完成数据的写入后，就会在流中调用close()。　　7）在向namenode节点发送完消息之前，此方法会将余下的所有包放入datanode管线并等待确认。　　　...四、图解HDFS的读取写入过程以简洁易懂的漫画形式讲解HDFS存储机制与运行原理 4.1、角色出演　　如上图所示，HDFS存储相关角色与功能如下：　　　　Client：客户端，系统使用者，调用HDFS

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第39节：Java当中的IO

image Java当中的IO IO的分类第一种分：输入流和输出流第二种分：字节流和字符流第三种分：节点流和处理流节点流处理数据，处理流是节点流基础上加工的。...流好比一个走向，当程序中需要读取数据时，就会开启一个通向数据源的流，这个数据源可以是文件，内存，网络连接等，需要写入数据时，也会开启一个通向目的地的流。流好比连接起点到终点的路。...String[] list()：以字符串的形式返回目录下所有文件。 File[] listFiles()：以File对象形式返回目录下所有文件。...java.io包中包含大量用来完成输入输出流的类。 Java中流的分类：流的运动方向，可分为输入流和输出流两种。流的数据类型，可以分为字节流和字符流。...输出流类都是抽象类OutputStream（字节输出流）或抽象类Writer类（字符输出流）的子类。输入流输入流用于读取数据，用户可以从输入流中读取数据，但不能写入数据。

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java之IO

IO流主要用于硬板、内存、键盘等处理设备上得数据操作一.IO流分类 java.io包中定义了多个流类型（类或抽象类）来实现输入/输出功能，可以从不同角度对其分类： 1.按数据流的方向不同分为...：输入流和输出流 2.按处理数据的单位不同分为：字节流和字符流 3.按功能不同分为：节点流和处理流区别：字符流和字节流的主要区别： 1.读取的字节数：在读取数据的时候...结论：只要是处理纯文本数据，就要优先考虑使用字符流，除此之外都用字节流。节点流和处理流的主要区别：节点流：可以从或向一个特定的数据源（节点）读写数据。...数组中(设 k 为实际读取的字节数，这些字节将存储在 b[off] 到 b[off+k-1])；以整数形式返回实际读取的字节数。...数组中(设 k 为实际读取的字符数，这些字符将存储在 b[off] 到 b[off+k-1])；以整数形式返回实际读取的字符数。

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JavaIO之IO体系类整体设计思路流的概念以及四大基础分类

,从文件,从内存,从网络拿数据,你都可以叫做输入,数据写出,都可以叫做输出,这并没有什么好纠结的在java中使用流这一概念来描述输入和输出流的字面含义 ?...节点流与过滤流我们上面讲述流的含义概念时,反复提到了流的基本功能以及中间形式基本功能就是针对于不同数据源的操作,属于刚需范围而中间形式则是刚需的强有力的增强流的数据源/目的流的方向 ...,叫做过滤流按照我们上面的思维逻辑只需要把相关的数据源与我们上面的这四种基本形式进行组合就可以得到流的基本功能家族,也就是节点流根据节点流需要的拓展功能,我们就可以推演出来过滤流...现在你是否已经可以大致的明白,这些类都是做什么的了呢?...是字节流通向字符流的桥梁它使用指定的 charset 读取字节并将其解码为字符它使用的字符集可以由名称指定或显式给定，或者可以接受平台默认的字符集每次调用 InputStreamReader 中的一个

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JavaIO流详解

3.按照角色进行划分节点流：可以直接从/向外部设备读取/写入数据的流，称之为节点流，节点流也被称之为低级流。...处理流：对于已经存在的流进行了连接和封装，扩展了原来的读/写的功能。处理流也被称之为高级流。 java的io包当中包括40多个流，他们都有紧密的联系，和使用的规律，这些流都源于4个抽象基类。...处理流处理数据和节点流处理数据的方法基本上完全相同。 2,转换流：转换流作用：把字节流转换成字符流，可以解决出现的因为编码集和解码集造成的乱码问题。...* 2.在网络上传递的是对象的字节序列 * * 对象序列化的步骤： * 1.创建对象输出流，在构造方法当中可以包含其他输出节点流，如文件输出流。...* * 对象反序列化的步骤： * 1.创建对象输入流，在构造方法当中可以包含其他的输入节点流，如文件输入流 * 2.通过readObject()方法读取对象。

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流

java.io包中定义了多个流类型（类或抽象类）来实现驶入/输出功能；可以从不同的角度对其进行分类：按处理数据单位不同可以分为输入流和字符流按照功能不同可以分为节点流和处理流 JDK所提供的所有流类型位于包...，且数据的单位为字节（8 bit）；下图中深色为节点流，浅色为处理流 ?...InputStream的基本方法 //读取一个字节并以整数的形式返回(0~255) //如果返回-1已到输入流的末尾 int read() throws IOException //读取一系列字节并存储到一个数组...IOException OutputStream 继承自OutputStream的流是用于程序中输入数据，且数据的单位为字节（8 bit）；下图中深色为节点流，浅色为处理流 ?...Write 继承自Write的流都是用于程序中输入数据，且数据的单位为字符（16 bit）；下图深色为节点流，浅色为处理流 ?

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Java难点重构-IO

输出是时从程序传向数据源，而数据源可以是内存，文件，网络或程序等。 IO流的分类输入流和输出流输入流与输出流是以内存的角度来考虑。输入流：只能从中读取数据，而不能向其写入数据。...字节流和处理流按照流的角色来分，可以分为节点流和处理流。可以从/向一个特定的 IO 设备(如磁盘，网络) 读/写数据的流，称为节点流，节点流也被称为低级流。...使用处理流的一个明显好处是，只要使用相同的处理流，程序就可以采用完全相同的输入/输出代码来访问不同的数据源，随着处理流所包装节点流的变化，程序实际所访问的数据源也相应的发生变化。...实际上，Java使用处理流来包装节点流是一种典型的装饰器设计模式，通过使用处理流来包装不同的节点流，即可以消除不同节点流的实现差异，也可以提供更方便的方法来完成输入/输出的功能。...通过使用处理流，Java 程序无须理会输入/输出节点是磁盘，网络还是其他的输入/输出设备，程序只要讲这些节点包装成处理流，就可以使用相同的输入/输出代码来读写不同的输入/输出设备的数据。

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Java Review（三十六、IO）

可以从/向一个特定的IO设备（如磁盘、网络）读/写数据的流，称为节点流，节点流也被称为低级流（ Low Level Stream)。图 3 显示了节点流示意图。...图3：节点流示意图 ? 从图 3 中可以看出，当使用节点流进行输入/输出时，程序直接连接到实际的数据源，和实际的输入/输出节点连接。...使用处理流的一个明显好处是，只要使用相同的处理流，程序就可以采用完全相同的输入/输出代码来访问不同的数据源，随着处理流所包装节点流的变化，程序实际所访问的数据源也相应地发生变化。...通过使用处理流， Java 程序无须理会输入/输出节点是磁盘、网络还是其他的输入/输出设备，程序只要将这些节点流包装成处理流，就可以使用相同的输入/输出代码来读写不同的输入/输出设备的数据。...write()方法都有一系列重载形式，这些方法用于从 Buffer中读取数据或向 Buffer 中写入数据。

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Java中的IO流（一）字节流的常用操作

各种字节流的用法 ①节点流概念：可以从或向一个特定的地方（节点）读写数据。文件 FileInputStream,FileOutputStrean 文件进行处理的节点流。...数组 ByteArrayInputStream,ByteArrayOutputStream 将数据与字节数组的互转的节点流。...API方法： 1、close()：关闭此流 2、getEncoding()：获取此流使用的字符编码的名称 3、ready():判断此流是否已经准备好用于读取 4、read():read()，读取单个字符...5、void writeFloat(float v) 使用 Float 类中的 floatToIntBits 方法将 float 参数转换为一个 int 值，然后将该 int 值以 4-byte 值形式写入基础输出流中...8、void writeBoolean(boolean v) 将一个 boolean 值以 1-byte 值形式写入基础输出流。 9、void flush() //清空此数据输出流。

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Hadoop重点难点：Hadoop IO压缩序列化

RPC协议将消息序列化成二进制流后发送到远程节点，远程节点接着将二进制流反序列化为原始消息。...它并不从数据流中读取数据，也不写入数据。它充当占位符。...序列化IDL 还有许多其他序列化框架从不同的角度来解决问题：不通过代码来定义类型，而是使用接口定义语言以不依赖与具体语言的方式进行声明。由此，系统能够为其他语言生成模型，这种形式能有效提高互操作能力。...hadoop fs 命令有一个 -text 选项可以以文本形式显示顺序文件。该选项可以查看文件的代码，由此检测出文件的类型并将其转换为相应的文本。...在应用中将文件中切分成块，并使用任意一种他所格式为每个数据块建立压缩文件（不论它是否支持切分）。在这种情况下，需要合理选择数据大小，以确保压缩后的数据块的大小近似于HDFS块的大小。

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