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    Bioinformatics | BERT4Bitter:改进苦味肽预测的基于Transformer(BERT)模型的双向编码器

    今天给大家介绍的是玛希多大学数据挖掘和生物医学信息学中心发表在Bioinformatics上的文章“BERT4Bitter: a bidirectional encoder representations from transformers (BERT)-based model for improving the prediction of bitter peptides”众所周知,许多药物固有地具有苦味,并且强烈的努力旨在淡化苦味以改善味道,从而改善药物摄入的依从性,因此,开发用于预测肽苦味的快速和准确的鉴定工具是药物开发和营养研究中的重要组成部分。目前只有一种计算方法,即iBitter-SCM,交互验证和独立测试集的准确率分别为0.871和0.844。虽然iBitter-SCM产生了相当高的预测精度,但它的整体预测性能仍有改进的空间,因此非常希望开发一种新的基于机器学习的预测器。本研究提出BERT苦味方法作为第一个基于Transformer(BERT)的预测苦味肽的双向编码器表示。在本研究中,每个肽序列被视为基于自然语言处理技术的句子,其中20个氨基酸中的每一个都被视为单词DSDFF自动生成特征描述符,而不需要特征编码的系统设计和选择。

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    深入浅出:隐马尔科夫模型

    隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model,HMM),和回归、分类那些处理相互独立的样本数据的模型不同,它用于处理时间序列数据,即样本之间有时间序列关系的数据。从这一点来说,它和卡尔曼滤波算法很像。事实上,HMM和卡尔曼滤波的算法本质是一模一样的,只不过HMM要假设隐藏变量是离散的,而卡尔曼滤波假设隐藏变量是连续的。隐藏变量是HMM里的关键概念之一,可以理解为无法直接观测到的变量,即HMM中Hidden一词的含义;与之相对的是观测变量,即可以直接观测到的变量;HMM的能力在于能够根据给出的观测变量序列,估计对应的隐藏变量序列是什么,并对未来的观测变量做预测。

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