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    Nat. Commun. | 抗体体细胞突变的机器学习分析预测免疫球蛋白轻链毒性

    今天向大家介绍由瑞士贝林佐纳,生物医学研究所的Maura Garofalo等人于2021年6月10日发表在《Nature Communications》上的一篇名为“Machine learning analyses of antibody somatic mutations predict immunoglobulin light chain toxicity”的一篇论文。在系统性轻链淀粉样变性 (AL) 中,致病性单克隆免疫球蛋白轻链(LC)在靶器官中形成毒性聚集物和淀粉样原纤维。及时诊断对于避免永久性器官损伤至关重要,但由于症状通常仅在器官严重损伤后才会出现,导致延迟诊断的情况时常发生。在这项工作中,作者提出了LICTOR,一种基于克隆选择过程中获得的体细胞突变分布来预测免疫球蛋白中轻链毒性的机器学习方法。LICTOR的特异性和灵敏度分别为0.82和0.76,受试者工作特征曲线下的面积(AUC)为0.87。同时,作者也在一组独立的12个具有已知临床表型的轻链序列上进行测试,LICTOR取得了83%的预测准确率。此外,可以通过硅还原LICTOR发现的两个生殖细胞特异性体细胞突变,并通过实验评估秀丽隐杆线虫模型体内毒性的损失来消除轻链(LC)的毒性表型。因此,作者指出,所提出的LICTOR方法是诊断AL和降低AL高死亡率的一种有前途的策略。

    04

    日志记录

    访问应用服务器的请求都需要拥有一定权限,如果说每访问一个服务都需要验证一次权限,这个对效率是很大的影响。可以把权限认证放到 API 网关来进行。目前比较常见的做法是,用户通过登录服务获取 Token,把它存放到客户端,在每次请求的时候把这个 Token 放入请求头,一起发送给服务器。API 网关要做的事情就是解析这个 Token,知道访问者是谁(鉴定),他能做什么/访问什么(权限)。说白了就是看访问者能够访问哪些 URL,这里根据权限/角色定义一个访问列表。如果要实现多个系统的 OSS(Single Sign On 单点登录),API 网关需要和 CAS(Central Authentication Service 中心鉴权服务)做连接,来确定请求者的身份和权限。

    05

    为应对输出风险文本的情况,提出一种针对LLMs简单有效的思维链解毒方法

    近年来,随着大语言模型(Large Language Model, LLM)在自然语言处理任务上展现出优秀表现,大模型的安全问题应该得到重视。近期的工作表明[1][2][3]。LLM在生成过成中有概率输出包含毒性的文本,包括冒犯的,充满仇恨的,以及有偏见的内容,这对用户的使用是有风险的。毒性是LLM的一种固有属性,因为在训练过程中,LLM不可避免会学习到一些有毒的内容。诚然,对大模型的解毒(detoxification)是困难的,因为不仅需要语言模型保留原始的生成能力,还需要模型避免生成一些“特定的”内容。同时,传统的解毒方法通常对模型生成的内容进行编辑[4][5],或对模型增加一定的偏置[6][7],这些方法往往把解毒任务当成一种特定的下游任务看待,损害了大语言模型最本质的能力——生成能力,导致解毒过后模型生成的结果不尽人意。

    04

    【机器学习】ATSE:利用注意力机制图神经网络结合多肽的结构和共进化信息预测其毒性

    多肽类药物目前已经成为制药界和科学界重点关注的一类非常有前途的疾病治疗药物。目前,对于多肽毒性分析关注很少,基于安全性和监管目的,分析肽类毒性非常重要。随着候选肽数据的激增,以湿实验为手段的方法确定肽类毒性的实验耗时昂贵,随着数据的积累,很多课题组开发了区分有毒和无毒肽表征的机器学习算法。而这些方法大部分是基于序列表征,而忽略了结构和共进化的信息。整合这些信息可能能够对多肽类毒性预测提供更多帮助。为此Lesong Wei(日本Tsukuba大学)等人开发了一种深度学习方法ATSE,该方法能够很好地区分有毒和无毒肽,相应成果于近期发表在Briefings in Bioinformatics。对于结构信息,作者用图神经网络来逐层抓取多肽的分子图特征。至于共进化信息,作者整合了CNN和BiLSTM来学习高阶隐含的共进化特征。通过注意力机制,作者将这些共进化信息和结构信息进行对应整合。该方法在benchmark上表现出极好的预测效果,并且这些学到的特征能够很好地可视化和可解释化。此外作者还提供了一个webserver供用户分析使用(http://server.malab.cn/ATSE)。

    06

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