构建Fat JAR时，类型安全应用程序和引用配置文件不合并

是指在构建一个Fat JAR（即包含所有依赖的可执行JAR文件）时，类型安全应用程序和引用的配置文件不会被合并到同一个JAR文件中。

类型安全应用程序是指在编译时能够检测到类型错误的应用程序。它使用静态类型检查来确保变量和函数的使用符合其声明的类型规定，从而减少运行时错误。类型安全应用程序通常使用编译器或静态分析工具来检查代码，并在编译时发现潜在的类型错误。

引用配置文件是指应用程序中引用的外部配置文件，这些文件包含了应用程序的配置信息，如数据库连接信息、日志配置等。引用配置文件的好处是可以将配置信息与代码分离，使得配置的修改不需要重新编译应用程序。

在构建Fat JAR时，通常会将应用程序的所有依赖打包到一个JAR文件中，以便于部署和运行。然而，由于类型安全应用程序和引用配置文件的特殊性，它们可能不适合与其他依赖一起打包到同一个JAR文件中。

对于类型安全应用程序，由于它们在编译时进行类型检查，因此需要访问编译时的类路径和依赖项。将其打包到一个Fat JAR中可能会导致类路径冲突或无法找到依赖项的情况，从而导致应用程序无法正常运行。

对于引用配置文件，由于其通常是外部文件，应用程序需要在运行时读取这些文件。将其打包到一个Fat JAR中可能会导致无法访问或修改配置文件的问题，从而限制了应用程序的配置灵活性。

为了解决这个问题，可以采取以下两种方法：

分离类型安全应用程序和引用配置文件：将类型安全应用程序和引用配置文件分别打包成两个独立的JAR文件。在部署时，将它们放置在同一个目录下，并在启动应用程序时指定类路径和配置文件路径。这样可以保持类型安全应用程序的类型检查和引用配置文件的灵活性。
使用外部配置管理工具：将引用配置文件放置在外部的配置管理工具中，如Spring Cloud Config、Consul等。应用程序在运行时通过访问配置管理工具来获取配置信息，而不是直接引用配置文件。这样可以实现配置的集中管理和动态更新，而不需要将配置文件打包到Fat JAR中。

总结起来，构建Fat JAR时，类型安全应用程序和引用配置文件不合并是为了避免类路径冲突、依赖项无法找到、配置文件无法访问或修改等问题。可以通过分离类型安全应用程序和引用配置文件，或使用外部配置管理工具来解决这个问题。