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    J. Chem. Theory Comput. | AI驱动的柔性蛋白-小分子复合物建模

    今天为大家介绍的是来自陈语谦教授团队发表在Journal of Chemical Theory and Computation的论文,“Equivariant Flexible Modeling of the Protein−Ligand Binding Pose with Geometric Deep Learning”,博士生董铁君为第一作者。该文提出了一种新的AI驱动的蛋白-小分子复合物结构柔性建模方法FlexPose,可准确高效的预测复合物结构、亲和力及模型置信度。模型采用标量-矢量二元特征表示和 SE(3)-等变网络,以端到端动态建模复合物结构;同时提出构象感知的预训练和弱监督学习策略提高模型在未见过的化学空间中泛化性。在PDBbind,APObind数据集上的评估显示,在涉及蛋白质构象变化的任务中,模型的精度和效率大幅高于传统的分子对接及近期基于AI的方法。在基于数据集相似性的评价中,两个构象感知策略很大程度上提高了模型在低相似性化学空间中的性能。此外模型预测的亲和力及置信度估计为后续的药物研发提供了有效直接的参考。

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