首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

混合模型中协变量的正确语法,或lme/lmer中的星号与斜杠

混合模型中协变量的正确语法是在模型公式中使用协变量作为固定效应或随机效应的一部分。在R语言中,使用lme4包中的lmer函数来拟合混合模型。

在混合模型中,协变量可以作为固定效应或随机效应。固定效应是指协变量对于所有个体都是一样的,而随机效应是指协变量对于不同个体可能有不同的影响。

在模型公式中,使用"+"符号来添加固定效应和随机效应。例如,假设我们有一个混合模型,其中协变量X是固定效应,随机效应是个体的随机截距,可以表示为:

lmer(Y ~ X + (1 | Subject), data = df)

其中,Y是响应变量,X是协变量,Subject是个体的标识符,df是包含数据的数据框。

在lme4包中,星号和斜杠通常用于指定随机效应的结构。星号用于指定随机截距和斜杠用于指定随机斜率。例如,如果我们希望在混合模型中同时拟合个体的随机截距和斜率,可以表示为:

lmer(Y ~ X + (1 + X | Subject), data = df)

这表示个体的随机截距和斜率都是协变量X的函数。

混合模型在许多领域中都有广泛的应用,包括社会科学、医学研究、生态学等。它们可以用于分析具有层次结构或重复测量设计的数据,同时考虑个体间和个体内的变异。

腾讯云提供了一系列与云计算相关的产品和服务,包括云服务器、云数据库、云存储等。您可以访问腾讯云官方网站(https://cloud.tencent.com/)了解更多关于腾讯云的产品和服务信息。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

育种数据分析神器:线性混合模型

线性混合模型混合线性模型,LMM模型,MLM模型,在我理解都是一个东西。 线性混合模型,它随机因子效应值,就是BLUP值。 BLUP值在育种称为育种值。...混合线性模型在基因组选择,是GBLUP,ssGBLUP。 这个模型,是农业数据分析汇总应用最广泛模型,值好好学习! 下面用一个示例数据,用R免费R包lme4来演示一下。...当然,更强大包是:asreml。 这里使用sleepstudy数据集,看一下免费R包lme4和付费包asreml如何处理不同混合线性模型,以加深对混合线性模型理解。...lme4基本语法: library(lme4) mod1a = lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data=dat) summary(mod1a) 结果...固定因子,Days为数值变量,截距值为251.4,Days值为10.46 「asreml:」 代码: library(asreml) mod1b = asreml(Reaction ~ Days

83420

r语言 固定效应模型_r语言coef函数

(以上内容来源于数据挖掘入门实战公众号) 1、模型简述 混合线性模型有时又称为多水平线性模型层次结构线性模型由两个部分来决定,固定效应部分+随机效应部分。...(4)分层线性模型(HLM)区别。 介于线性模型分层线性模型之间,线性混合模型平行地以加入解释变量形式加入了随机效应,分层线性模型是以系数项为二层回归引入了随机效应。...4、lme4包 lme4包语法也相似,随机效应有着和nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。...= oats) summary(m1.lme4) anova(m1.lme4) lmer函数使用和lm是类似的,一般变量表示固定效应,括号内竖线右侧person表示它是一个随机效应,它与模型其它变量相加...3、案例二:分析不同手术方案病人前蛋白含量在手术前后变化情况(论文《混合线性模型应用》案例解读) 协方差结构选择:在分析变量效应前,先要选择一个合适方差协方差矩阵。

5.6K30
  • R语言︱线性混合模型理论案例探究(固定效应&随机效应)

    (以上内容来源于数据挖掘入门实战公众号) 1、模型简述 混合线性模型有时又称为多水平线性模型层次结构线性模型由两个部分来决定,固定效应部分+随机效应部分。 ?...(4)分层线性模型(HLM)区别。 介于线性模型分层线性模型之间,线性混合模型平行地以加入解释变量形式加入了随机效应,分层线性模型是以系数项为二层回归引入了随机效应。...4、lme4包 lme4包语法也相似,随机效应有着和nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。...= oats) summary(m1.lme4) anova(m1.lme4) lmer函数使用和lm是类似的,一般变量表示固定效应,括号内竖线右侧person表示它是一个随机效应,它与模型其它变量相加...3、案例二:分析不同手术方案病人前蛋白含量在手术前后变化情况(论文《混合线性模型应用》案例解读) 协方差结构选择:在分析变量效应前,先要选择一个合适方差协方差矩阵。

    19.5K76

    R语言广义线性混合模型GLMMs在生态学应用可视化2实例合集|附数据代码

    :使用lmelmer函数拟合不同固定效应混合效应模型,并比较这些模型。...固定效应部分模型选择:这部分代码通过拟合不同混合效应模型来比较固定效应部分影响。lme函数用于拟合线性混合效应模型,而lmer函数用于拟合线性混合效应模型,但使用lme4包。...两种模型都考虑了随机效应,但使用了不同估计方法(lme使用最大似然法,lmer使用REMLML)。 参数自助法似然比检验:之前自助法类似,但这次是针对固定效应部分模型进行比较。...图1 r 旨在任何可以 lme 4 lmer glmer 配合线性混合模型 (LMM) GLMM 一起使用。这允许具有不同固定和随机效应规范各种模型。...还有一个连续因变量 _y _,在本教程没有使用。 拟合模型 我们首先将 lme 4 一个非常简单泊松混合效应模型拟合到数据集。

    63010

    混合线性模型 | 常用模型代码演示

    + (1 | Subject), data=dat) summary(mod1a) 关于混合线性模型,常用模型拟合方法,之前写过一次总结,这里再放一遍,希望对后来者有所帮助。...这里使用sleepstudy数据集,看一下免费R包lme4和付费包asreml如何处理不同混合线性模型,以加深对混合线性模型理解。...lme4基本语法: library(lme4) mod1a = lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data=dat) summary(mod1a) 结果...固定因子,Days为数值变量,截距值为251.4,Days值为10.46 「asreml:」 代码: library(asreml) mod1b = asreml(Reaction ~ Days...看一下随机因子效应值: 结果完全一致。 5. asreml能做但是lme4不能做模型 比如diag模型 比如us模型 比如FA模型 比如leg模型 比如corgh模型 ……

    87410

    BLUP is a good thing!

    线性混合模型混合线性模型,LMM模型,MLM模型,在我理解都是一个东西。线性混合模型,它随机因子效应值,就是BLUP值。BLUP值在育种称为育种值。...混合线性模型在基因组选择,是GBLUP,ssGBLUP。 这个模型,是农业数据分析汇总应用最广泛模型,值好好学习! 至于LMM应该怎么学习?...下面用一个示例数据,用R包lme4和asreml包演示一下: 这里使用sleepstudy数据集,看一下免费R包lme4和付费包asreml如何处理不同混合线性模型,以加深对混合线性模型理解。...lme4基本语法: library(lme4) mod1a = lmer(Reaction ~ Days + (1 | Subject), data=dat) summary(mod1a) 结果...固定因子,Days为数值变量,截距值为251.4,Days值为10.46 「asreml:」 代码: library(asreml) mod1b = asreml(Reaction ~ Days

    57720

    混合线性模型学习笔记5

    为了使事情尽可能简单,同时又可以推广到常见数据情况,我将假设一些感兴趣变量y和一个连续/数字变量。...应用实例 让我们看一些数据,开始考虑混合模型。我将使用lme4软件包sleepstudy数据。以下描述来自相应帮助文件。 ❝睡眠剥夺研究对象每天平均反应时间。在第0天,受试者具有正常睡眠量。...对于每一个模型描述,我将注意到一个主要参考,在那里人们可以看到它形式特定文本文章几乎相同。它将不是唯一一个这样做引用,但至少它应该是一个提供一些额外视角引用。...增加分组变量(Cluster level covariates ) 注意随机因子是镶嵌结构,还是交互结构 你可能注意lme4包没有给出p-value值,软件不会直接给出(除非用是贝叶斯框架),其它软件包给出...混合模型是对标准glm非常灵活扩展,可以直接加性模型,空间模型和其他模型建立联系,因此可以将它们带到很远。我可以说在lme4,mgcv和brms之间,将有很多很多方法可以以多种方式浏览其数据。

    1.3K10

    R语言实现混合模型

    混合模型包括了固定效应和随机效应,而随机效应有两种方式来影响模型,一种是对截距影响,一种是对某个固定效应斜率影响。...) X: 固定效应 e: 噪声 混合线性模型有时又称为多水平线性模型层次结构线性模型由两个部分来决定,固定效应部分+随机效应部分, 二、R语言中线性混合模型可用包 1、nlme包 这是一个比较成熟...包 lme4包语法也相似,随机效应有着和nlme相同语法,不同lme4包它结果给出了随机效应标准差,而不是方差。...,它与模型其它变量相加,而且年份cyear变量相乘,影响其斜率。...对于一般模型(二分类及离散输出)比较适合, 另外一个nlme包 比较适合连续输出变量(正态高斯分布) install.packages('lme4') library(Matrix) library

    4.3K70

    R语言 线性混合效应模型实战案例

    在R,有两种主要方法来拟合多级模型,这些模型考虑了数据这种结构。这些教程将向用户展示如何使用lme4R包来拟合线性和非线性混合效果模型,以及如何使用rstan以完全适合贝叶斯多级模型。...本教程将介绍如何lme4 设置和运行一些基本模型,其中包括: 在R构造变化截距,变化斜率以及变化斜率和截距模型混合效应模型中生成预测和解释参数 广义和非线性多层次模型 完全贝叶斯多级模型适合...现在让我们看一个简单模型。 拟合不同 模型 我们下一步可能是使用分组变量(如学校班级)来拟合不同 模型。...现在我们使用lmer具有熟悉公式接口函数, 使用特殊语法指定组级变量:(1|school) ,使lmer拟合具有变量截距组效果线性模型school。...在以后教程,我们将探索模型比较,使用混合效果模型进行推理,以及创建混合效果模型图形表示了解它们效果。

    1.4K21

    如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据|附代码数据

    变量 ci 是潜在;根据变量 Xci 使用多项逻辑模型描述其概率:其中 ξ0g 是 g 类截距,ξ1g 是时间无关协变量 Xci q1 向量相关类特定参数 q1 向量。...当没有变量预测潜在类成员资格时,该模型将简化为特定于类概率。后验分类在涉及潜在类别的模型,可以对每个潜在类别主体进行后验分类。...最后,3-class 模型创建了一个非常小类,这通常不是那些搜索和感兴趣异质性。在这个例子,根据统计和临床标准,2- 3-可以保留类模型。下面,我们保留了最终输出描述 2-class 模型。...2-class 线性混合模型描述模型概要summary(m2d)模型预测只要模型中指定所有变量都包含在数据框,就可以为数据框包含任何数据计算特定于类预测。...copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题基于R语言lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次

    91600

    R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题

    如果希望使用最大随机效应结构来拟合模型,并且lme4获得奇异拟合,那么在贝叶斯框架拟合相同模型可能很好地通过检查迹线图以及各种参数好坏来告知lme4为什么会出现问题估计收敛。...但是,在lmer,当估计随机效应方差非常接近零并且(非常宽松地)数据不足以拖动时,也可以在非常简单模型触发该警告(“边界(奇异)拟合”警告)。估计远离零起始值。 两种方法正式答案大致相似。...删除估计为零字词。但是有时候,可以忽略不计方差是合理,但是希望将其保留在模型。...p=14506 参考文献: 1.基于R语言lmer混合线性回归模型 2.R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM) 3.R语言线性混合效应模型实战案例 4....R语言线性混合效应模型实战案例2 5.R语言线性混合效应模型实战案例 6.线性混合效应模型Linear Mixed-Effects Models部分折叠Gibbs采样 7.R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度

    4.1K20

    广义估计方程和混合线性模型在R和python实现

    (变数、变量、变项)变量(covariate):在实验设计变量是一个独立变量(解释变量),不为实验者所操纵,但仍影响响应。...同时,它指变量有线性相关并在探讨自变量变量关系时通过统计技术加以控制 变量。常用变量包括因变量前测分数、人口统计学指标以及变量明显不同个人特征等。变量应该属于控制变量一种。...GFR变量(covariate):patient线性混合效应(LME)模型可以被认为是具有附加成分回归模型,这些成分可以解释个体(重复测量环境)群体(多层次/分层环境)之间截距和/斜率参数变化...区分混合线性模型随机效应和固定效应是一个重要概念。固定效应是具有特定水平变量,而随机效应捕捉了由于分组聚类引起变异性。比如下方正在探究尿蛋白对来自不同患者GFR影响。...= mod_lme.fit()print(modf_lme.summary())参考线性混合效应模型入门之二 - 实例操作及结果解读(R、Python、SPSS实现)混合线性模型介绍--Wiki广义估计方程工作相关矩阵选择及

    32100

    R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model

    我们一次只针对一个变量执行此操作。注意:数据已标准化以便在模型中使用,因此我们绘制是标准化数据值,而不是原始数据 步骤1:将效应大小估算值保存到data.frame # 使用函数。...对抗哮喘药物茶碱动力学研究 R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低礼貌态度关系 R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度 R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型...R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状 R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究 R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model R语言LME4...混合效应模型研究教师受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM) R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究...R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题 基于R语言lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层)贝叶斯模型 R语言分层线性模型案例

    24720

    用SPSS估计HLM多层(层次)线性模型模型|附代码数据

    p=3230作为第一步,从一个不包含变量模型开始 ( 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据******** )。每所学校截距,β 0J,然后设置为平均,γ 00,和随机误差ü 0J。...点击标题查阅往期内容R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear...(LCMM)分析抑郁症状R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect modelR语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言...线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合...(Singular fit)问题基于R语言lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层)贝叶斯模型R语言分层线性模型案例R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验

    2.3K10

    R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题

    如果希望使用最大随机效应结构来拟合模型,并且lme4获得奇异拟合,那么在贝叶斯框架拟合相同模型可能很好地通过检查迹线图以及各种参数好坏来告知lme4为什么会出现问题估计收敛。...但是,在lmer,当估计随机效应方差非常接近零并且(非常宽松地)数据不足以拖动时,也可以在非常简单模型触发该警告(“边界(奇异)拟合”警告)。估计远离零起始值。 两种方法正式答案大致相似。...删除估计为零字词。但是有时候,可以忽略不计方差是合理,但是希望将其保留在模型。...p=14506 ​ 参考文献: 1.基于R语言lmer混合线性回归模型 2.R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM) 3.R语言线性混合效应模型实战案例...4.R语言线性混合效应模型实战案例2 5.R语言线性混合效应模型实战案例 6.线性混合效应模型Linear Mixed-Effects Models部分折叠Gibbs采样 7.R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度

    1.2K11

    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

    混合效应线性模型在R命令lme4和lmerTest包实现。另一个选择是使用nmle包lme方法。lme4用于计算近似自由度方法比nmle包方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...在R把它转换成一个字符因子,这样它就不会被当作一个数字变量。按照下面步骤(2)和(3)所述,用这个模型重新计算可重复性。重复性解释如何改变? 从保存lmer对象中提取参数估计值(系数)。...读取和检查数据 读取文件数据,并查看前几行以确保读取正确。 使用交互图来比较不同光波长实验下个体鱼反应。 使用什么类型实验设计?*这将决定在拟合数据时使用线性混合模型。...给出系数使用lm分析分类变量解释相同。 检查随机效应输出。我们混合效应模型再次出现了两个随机误差来源。它们是什么?其中哪个对应于输出"(截距)",哪个对应于 "残差"?...*这将决定对数据线性混合模型拟合。 在没有实验和持续时间之间交互作用情况下,对数据进行线性混合模型拟合。使用酚类物质对数作为因变量,因为对数转换改善了数据线性模型假设拟合。

    1.1K30

    R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model|附代码数据

    knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)library(tidyverse) # 数据处理library(lme4) # lmer glmer 模型me_data <-...我们一次只针对一个变量执行此操作。注意:数据已标准化以便在模型中使用,因此我们绘制是标准化数据值,而不是原始数据步骤1:将效应大小估算值保存到data.frame# 使用函数。...NLME模型(固定效应&随机效应)对抗哮喘药物茶碱动力学研究R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer...LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言 线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究...R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题基于R语言lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层)贝叶斯模型R语言分层线性模型案例R语言用

    1.6K00

    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

    混合效应线性模型在R命令lme4和lmerTest包实现。另一个选择是使用nmle包lme方法。lme4用于计算近似自由度方法比nmle包方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...在R把它转换成一个字符因子,这样它就不会被当作一个数字变量。按照下面步骤(2)和(3)所述,用这个模型重新计算可重复性。重复性解释如何改变? 从保存lmer对象中提取参数估计值(系数)。...读取和检查数据 读取文件数据,并查看前几行以确保读取正确。 使用交互图来比较不同光波长实验下个体鱼反应。 使用什么类型实验设计?*这将决定在拟合数据时使用线性混合模型。...给出系数使用lm分析分类变量解释相同。 检查随机效应输出。我们混合效应模型再次出现了两个随机误差来源。它们是什么?其中哪个对应于输出"(截距)",哪个对应于 "残差"?...*这将决定对数据线性混合模型拟合。 在没有实验和持续时间之间交互作用情况下,对数据进行线性混合模型拟合。使用酚类物质对数作为因变量,因为对数转换改善了数据线性模型假设拟合。

    1.5K00

    R语言 线性混合效应模型实战案例

    我们lmerMod将更深入地研究在拟合此模型时生成对象,以便了解如何使用R混合效果模型。...可以做更多事情来使图表更具信息性,例如放置对结果总可变性参考,并且还观察距离,移动组将每个观察值从其真实值移开。 结论 lme4提供了一个非常强大面向对象工具集,用于处理R混合效果模型。...理解lme4对象模型拟合和置信区间需要一些勤奋研究和使用各种函数和扩展lme4本身。在下一个教程,我们将探索如何lme4为难以指定模型确定随机效应模型适当规范和框架贝叶斯扩展。...---- 参考文献 1.基于R语言lmer混合线性回归模型 2.R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM) 3.R语言线性混合效应模型实战案例 4.R语言线性混合效应模型实战案例...2 5.R语言线性混合效应模型实战案例 6.线性混合效应模型Linear Mixed-Effects Models部分折叠Gibbs采样 7.R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度 8.R语言中基于混合数据抽样

    1.8K00

    R语言广义线性模型(GLM)、全子集回归模型选择、检验分析全国风向气候数据|附代码数据

    )summary(glm.step)vif从模型变量VIF值来看,大多数变量之间不存在较强多重共线性关系。...从结果来看,kappa值远远大于1000,因此判断该模型存在严重共线性问题,即线性回归模型解释变量之间由于存在精确相关关系高度相关关系而使模型估计失真难以估计准确。...R语言非线性混合效应 NLME模型(固定效应&随机效应)对抗哮喘药物茶碱动力学研究R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度...modelR语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言 线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究...R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题基于R语言lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次(分层)贝叶斯模型R语言分层线性模型案例R语言用

    88700
    领券