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我正在尝试制作这个序列的概率矩阵： 'DITCCGQFHFAIIYHDWQYKIFRYAATSPVKEPWKHRMWYSIVAANDVENCNSFHGPYQQ FANQHAERGWSPGLIVRNF‘一种氨基酸序列的蛋白质。in alphabet: for j in alphabet:
prob_matrix[i][j] = 0.0 但我正在努力根据我的序列</e
浏览 27提问于2020-01-02得票数 1
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我想使用HMM (前向后向模型)来预测蛋白质的二级结构。基本上，使用了一个三态模型:状态= {H=alpha螺旋，B=beta工作表，C=coil}
并且每个状态的发射概率pmf为1- 20 (对于20个氨基酸)。在前向后向模型上使用序列的“训练集”后，期望最大化收敛于最优转换矩阵(三个状态之间的3乘3)，以及每个状态的发射概率pmf。有没有人知道序列的数据集(最好是非常小
浏览 0提问于2013-05-02得票数 2
我想用隐马尔可夫模型训练序列分类器。观测序列的长度不是固定的。我尝试了一些HMM包，如Matlab的HMM工具箱和Kevin的库。它们似乎都要求用户指定转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小。我知道，对于隐马尔可夫模型(HMM)，转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小取决于隐态数和观测序列的</e
浏览 0提问于2018-07-20得票数 1
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有没有一种已知的算法来组合字符串，以便将大多数输入字符串的共同点放在结果字符串中？我的意思是：
输入的单词和字符的长度是不同的，这给我带来了问题。
浏览 0提问于2017-09-22得票数 0
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我正在自己学习R，在尝试使用markovchain包在Rstudio中构建转移概率矩阵时遇到了一些问题。首先，我尝试计算DNA序列的转移概率。ATTCAACACATCCAGCCACATGCTCCGAGAGGAGGCAGAGGGCCCCCGGAATGATGCTTACCGAGATTCTTGTTTTTATCCTCGTGGTTGTTTAAAAACGAGTTGAAACTGACGGCATGTCGGACTATAAGCTACTTACTCACCATAGACGTGACCATAGGCCCTAAAACGTTACCGAGATATT
浏览 3提问于2017-11-16得票数 1
我有一个数据框架，其中包含在每个样本中存在/没有一个蛋白质序列，其中每一行是不同的样本，每一列是蛋白质序列，除了最后一列对每个样本都有组分配。0,1,0,1,0,1), c(1,0,1,0,0,0), c(0, 0,0,1,1,1)我想为Fisher的精确测试计算每个蛋白质序列(列)的p值，并参考相同(最后一列)的</
浏览 4提问于2018-04-10得票数 1
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我有一个GaussianHMM，它是我用hmmlearn.fit函数安装的。我也有一堆观察序列，我想要计算每个序列发生的概率，给出我的拟合模型。我查看了hmmlearn的文档，但我找不到一种方法来实现我想要的。在这种情况下，我是否只需要对前向后向算法进行编码？如果我编码正向后，我还需要发射矩阵，这不是由hmmlearn给出的。
浏览 5提问于2020-08-23得票数 0
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我有状态K=8的状态转移概率矩阵，0.9245 0.0755 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1250 0.8750
我需要使用Matlab从转换矩阵生成时间向量/时间序列。谁能建议我如何在Matlab中从这个状态转移概率
浏览 0提问于2013-05-13得票数 1
print (hsp.expect)
这就是我得到的全部错误"Option name %s was not found." % name)
我正在检查我的目录我打算解析human.fa，用Blast在mouse.fa数据库中查找同源序列，并打印出人类序列ID、
浏览 18提问于2020-10-23得票数 0
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如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？3 30 46 5 22 46 7 25 50 9 46 63
这些序列并不都来自相同<e
浏览 1提问于2014-04-03得票数 0
基本上，我需要继续的是一个正确/错误的矩阵，为字母表字符。然后，我使用真/假列表“重命名矩阵元素”(以便不计算非字母表字符)。更新：
我所说的“重编码矩阵元素”的意思是:蛋白质序列总是有编号的，因此长度560的蛋白质在其序列中含有560个氨基酸。你对序列进行比对，它们的长度是不一样的(A:5
浏览 3提问于2016-08-26得票数 0
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寻找所有最大序列
、、、、
什么是适当的算法或策略，将模式聚为一个多维数组的数字，其中的元素有不同的长度。例如，在元素"3“中，有一个模式："2,5,2,8”(不是连续的)，这也可以在元素"0“中找到。在元素"0“和元素"3”中，所发现的模式的数目都不是连续的，但它们的顺序相同。编辑2:虽然Abhishek的方法是有帮助的，如果我们只选择最长的公共子序
浏览 0提问于2014-05-31得票数 1
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我想测量汉明序列的相似性，其中替换成本不是基于观察到的序列中的替换率，而是基于不同状态研究区域内的空间自相关性(状态因此与DNA无关，而是其他一些东西)。因此，权重矩阵表明，从状态A到A (在相同状态内移动)的概率比从A到B或B到C或从A到C的概率高得多。这已经表明状态具有很高的空间自相关性。问题是，如果你想测量序列相似性，替换矩阵应该是对角线上
浏览 3提问于2014-09-22得票数 2
我试图在python中使用马尔可夫链，使用具有特定概率的随机数选择。我从youtube视频中找到了一个代码，但我想我遗漏了一些东西。我想要生成随机的数字序列( "0“或"1")，这是代码：start_state = 0 print(state[curr_state]) n -
浏览 5提问于2021-12-23得票数 0
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目前，我正在使用生物工程循环列表与登录号，以检索一些有关蛋白质的信息。我想检查一下等电点，氨基酸组成，理论pI，氨基酸数量和分子量。有些是我能找到的，但有些我不知道如何得到。希望有人能帮我。请在下面找到我的代码摘要：handle = ExPASy.get_sprot_raw(accessionrecord = SwissProt.read(handle)
Sequence_length=rec
浏览 2提问于2019-08-26得票数 0
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我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载蛋白质的PDB文件)
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
我有大量fasta格式的蛋白质序列。R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？
浏览 0提问于2011-06-30得票数 7
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