我尝试使用ProteinAnalysis函数或ProtParam模块，但抛出错误。任何帮助都是非常感谢的。 ?
浏览 17提问于2021-09-14得票数 0
回答已采纳
1回答
我是个新手，使用biopython。我正在试着用biopython把字典写到一个文件里。下面是我的代码： with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected: desc=seq_record.desc
浏览 14提问于2020-01-27得票数 1
回答已采纳
2回答
我试图使用BioPython包中的一种方法来计算给定肽列表的等电点。在这里可以看到班级分类：
from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysiswindow_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql"，第68行，在count_amino_ac
浏览 4提问于2018-01-09得票数 1
回答已采纳
我正在处理的数据来自一个Excel文件，该文件的氨基酸序列在索引1中。我正在尝试使用BioPython根据该序列计算不同的属性。我现在拥有的代码：import sys
浏览 18提问于2017-02-10得票数 1
回答已采纳
大家好，如果你有任何想法，我将不胜感激。到目前为止，我已经尝试过了： if seq_record.type == 'CDS':
x=seq_record
浏览 0提问于2014-04-28得票数 1
我是蟒蛇的初学者。我安装了Biopython并进行了测试。我的模块在这里，我通过跟踪工作来检查它。Python 2.7.10 (缺省值，2015年10月17日，23:05:16) GCC 4.2.1兼容Apple LLVM 7.0.0 (clang-700.0.72)在达尔文类型“帮助”、“版权”、从Bio.seq导入seq导入Bio (最近一次调用)：File ""，第1行，在ImportError:<e
浏览 1提问于2015-12-25得票数 0
回答已采纳
2回答
验证蛋白质序列
、、
在某些情况下，我有一些字符不对应于蛋白质的序列。MTKTVSTSKKPRKQHSPEFRSEALKLAERIGVTAAARELSLYESQLYNWRSKQQNQQTSSERELEMSTEIARLKRQLAERDEELAILQKAATYFAKRLK
因为我想验证之前的序列以保存在另一个文件中这是罕见的，因为我习惯了不同的序列，其中包括非蛋白字符(但它仍然给我的答案是真实的。)测试所有三种可能的“序列”答案是相同的(错误
浏览 1提问于2018-08-22得票数 2
回答已采纳
s="ABC"
for c in s:print(c.k)
在执行上面的代码时得到这个错误"AttributeError：'str‘对象没有属性'k’“。对于这个错误，我参考了其他
浏览 0提问于2018-08-22得票数 1
回答已采纳
抱歉，如果这个问题已经被问了一千次，我还没有找到一个有效的解决方案，或者我理解。我对此非常陌生，刚刚通过homebrew (mac)安装了Biopython，并确认它可以在visual studio终端上工作，但在实际程序中给出了这个错误： # my code
from Bio.Seq/justinbeutel/Desktop/Python Programs 2020/BioPython_1.py", line 1, i
浏览 8提问于2020-06-13得票数 0
1回答
我试图在我使用的外部模块中设置一个函数，但是monkeypatch似乎无法访问该函数，因为模块的命名空间在导入时会被覆盖。具体来说，我在代码中使用了一个Bio.PDB.PDBList.PDBList对象(biopython模块)，我试图在中修补_urlretrieve，以防止对internet的调用，而不是从本地目录获取文件'_urlr
浏览 1提问于2018-09-19得票数 1
回答已采纳
Total=(mw-(18.015*(n-1))) analysed_seq= ProteinAnalysis(str(sequence.seq))
print(sequence.id, sequence.seq, 'Mw : ', analysed_seq.molecular_weight
浏览 8提问于2022-09-17得票数 0
1回答
实际上，删除和选择列(例如，删除具有50%间隙的列)非常耗时，在Biopython中没有很好地实现。我认为这对于PDB坐标的nx3 numpy数组也是有用的。我有五个想法，也许其中一个或两个是有用的：
1-基于numpy而不是str创建一个Seq和多序列对齐对象(Bio.Align.MultipleSeqAlignment)。这可能是一个兼容性问题..。2-在Biopython中创
浏览 8提问于2012-11-25得票数 5
回答已采纳
我真的很感谢你的帮助，我要学习麻省理工学院的开放式课程介绍编程：words.lowercaseAttributeError: 'str' objectdef isLower(ch):所以我不知道语法错误是什么。看看，它说：
string.lowercase字符串，包含所有被认为是小写字母的字符。<em
浏览 18提问于2011-05-20得票数 2
回答已采纳
我刚接触生物信息学，所以这个问题可能有点傻，但我真的需要明确的答案，我在网上找不到它。我知道在更新之前是这样的：dna_iupac = Seq('ATGATCTCGTAA', IUPAC.unambiguous_dna)
浏览 48提问于2020-11-13得票数 0
words = input("Enter a Letter: ")if words.isupper() == words.islower():elif words.isupper() > words.islower(): print("Contains
浏览 4提问于2020-09-07得票数 0
回答已采纳
我通过升级了sudo pip install networkx --upgrade，现在我的networkx是最新的。$ pip freeze | grep 'networkx'但是我遇到了一个问题:运行以下代码时的AttributeError: 'module' object has
浏览 2提问于2016-02-02得票数 1
回答已采纳
3回答
我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。Biopython pairwise2做得很好，但只适用于短序列，当序列大小超过2kb时，即使使用了'score_only‘和'one_alignment_only’选项，它也会显示严重的内存泄漏，从而导致the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的</em
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
可能是简单的问题，但我很难创建一个简单的MultipleSeqAlignment对象列表。Bio.Align.MultipleSeqAlignment([]) if (record.seqcompile the sequences that have major allele
浏览 8提问于2016-04-07得票数 0
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
即时通信 IM活动推荐
腾讯云开发者
