我想在csv中放置一个序列列表，但是所有内容都以"seq('DNA sequence‘)’“的形式返回。如何仅打印NT序列。
浏览 15提问于2020-01-14得票数 0
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我使用Biopython删除了一些序列，因为它们太短了。但是，我不知道如何将打印的新序列保存在txt文件中。这是我的代码：for seq_record in SeqIO.parse("aminoacid_example.txt", "fasta"): print(seq_record.seq
浏览 9提问于2022-10-24得票数 0
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我有一个由clustalx生成的3个序列的比对AAA-CGT Beta我可以通过align[:,:4]在Biopython中使用预定义的索引对齐进行切片但是，打印结果会产生以下结果：AAA- Beta如何在不打印下面给出的名称的情况下捕获次级对齐？AAAAAAAA
align[:,:4].seq没有
浏览 6提问于2012-05-08得票数 1
我有一个Excel文件，其中给出了2000多个生物，其中每个生物都有一个关联的生物项目ID (如PRJNA12997)。我们的想法是使用这些I来获得序列，以便稍后与我在文本文件中的其他五个序列进行多重比对。
有没有人能帮我理解如何使用biopython来做这件事？至少是有生物项目ID的那部分。
浏览 0提问于2016-03-18得票数 1
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我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我在Biopython中使用AlignIO对象执行此操作：我希望从输出。
浏览 5提问于2010-05-22得票数 0
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我是BioPython新手，我试图导入一个fasta/fastq文件并遍历每个序列，同时对每个序列执行一些操作。我知道这似乎很基本，但由于某种原因，下面的代码没有正确打印。fasta"))
dna = records[i]
print (dna.name)我试图迭代记录并打印名称，但是我的代码最后只打印" records "
浏览 1提问于2018-04-06得票数 0
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我需要做一个程序，打印出fasta文件中最长序列的名称和长度。(注意:这是一个示例文件，我需要编写一个程序来支持fasta文件中的任意数量的序列)
所以我还是一个python的初学者，所以我不知道打开文件之类的技巧。我打算把它当作一个普通的文本文件，打开它并将其转换成一个列表。我纠结于如何获得第一个序列的长度等等，但我不知道如何才能获得其他<e
浏览 23提问于2015-04-30得票数 2
我想要对FASTA文件中包含的每个蛋白质序列进行多次成对比较，然后打印序列相似度的百分比(平均或单独)。我认为我需要使用itertools来创建所有的组合，对齐它们，然后可能将匹配的数量除以对齐的序列长度，以获得%的序列相似度，但我在执行此操作所需的特定脚本方面遇到了问题，如果可能的话，最好使用biopython任何帮助都是非常感谢的。
浏览 0提问于2019-12-12得票数 0
输入fasta格式文本文件：
错误：输入序列不应该是相同的长度，因为在ClustalOmega上，您可以对齐不同长度的序列。这也不会work...gets相同的错误：
浏览 0提问于2015-09-28得票数 2
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有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
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我想在一个大文件中读取，其中包含fasta序列(头以下的1头和1行)，以及行间的其他随机垃圾和无组织间隔。我想读取每一行，如果一行以">“符号开头，这就是fasta序列头开始的方式，然后将标题与下一行(即序列)一起拉出。GCTAGCACCATGGAGACAGACACACTCCTGCTATG
GCTAGCACCATGGAGACAGAC
浏览 5提问于2016-04-29得票数 0
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id，并得到预期的结果。我们甚至可以通过使用BioPython再次读取已更正的文件并打印出记录id： for record in SeqIO.parse(corrected, 'fasta'):但是，如果我们在文本编辑器中打开更正的<
浏览 2提问于2015-09-01得票数 2
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1回答
我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。我的问题：是否可能只检索蛋白质序列，而不是整个XML？或者，考虑到XML文件的结构可能因蛋白质而异，我<
浏览 2提问于2013-11-14得票数 2
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1回答
我遇到了一个我无法解决的错误。我正在尝试执行一组最简单的命令，这些命令将执行tBLASTn算法，寻找数据库中的序列(指定为"pytanie.fasta“文件的序列)(也指定为-> cucumber.fasta)。Applications import NcbitblastnCommandlineqr = r"\Biopython</em
浏览 1提问于2012-01-19得票数 1
谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。我也尝试过BioPython，下面是我的代码：Entrez.email = "test@yahoo.com"print record["Count"]
id_L = record["
浏览 22提问于2014-03-14得票数 1
我想打印多个.fasta文件的id和序列，并将它们放入一个数组中，但我在访问序列本身时遇到了问题。我尝试使用Biopython中的SeqIO解析.fasta文件，并尝试通过os和glob访问文件夹中的文件。我在这里做错了什么，我真的很纠结于代码，因为我没有太多的编程经验。我在这里没有得到错误代码，但也没有打印任何内容。有什么建议吗？
浏览 14提问于2020-01-20得票数 0
2回答
我需要写一个脚本，它将循环通过序列列表，找到它们之间的共享主题(可能存在不同主题的多个解决方案)，并打印此主题，这已在所有序列之间共享。在下面的示例中AT是其中一个共享的主题。我将非常感谢这类任务的任何解决方案，包括BioPython函数的使用。最近，我做了一个脚本，它为较短的</em
浏览 2提问于2014-04-02得票数 1
1回答
我试图用python编写一个脚本来解析一个大型的fasta文件，因为我正在学习脚本，所以我不想使用biopython。脚本需要将登录号、序列长度和序列gc内容打印到控制台。我已经能够提取登录号，但无法提取序列，因为它们被读取为行，这使我无法计算序列长度和gc内容。
有人能帮我吗？我尝试在列表中对行进行分组，但是这会在一个列表中创建多个列表，我也不知道如何加入它们。
浏览 1提问于2017-10-18得票数 3
1回答
肌肉命令行包装器
、、、
我试图使用python来完成多序列对齐。我正在使用biopython模块作为基础，但是用于biopython的命令行包装器意味着语法： muscle_cline = MuscleCommandLine(input=in_file, out=out_file)这将将代码打印为：
muscle -in Ex
浏览 2提问于2022-01-19得票数 1
我想在excel中将一列三个字母的氨基酸转换为一个字母，并将一个字母的氨基酸打印到excel文件中相应的每一行。我知道我可以使用biopython来做这件事。我尝试过的： import Bioseq1("MetAlaIleValMetGlyArgTrpLysGlyAlaArgTer")
'MAIVMGRWKGAR我需要在excel中读取整列，并使用转换后的1个字母的</e
浏览 63提问于2021-04-27得票数 0
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