如何转换TCGA RNA normalized_count为GTEx计算的TPM值。现在，GTEx上的TPM值比TCGA值小得多。我在BigQuery上看到的表是： `isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM` 和 `isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm
浏览 42提问于2019-02-02得票数 1
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我有一个多行(基因名)和列(TCGA条形码)的数据框架。我希望同时用所有列按名称(不一定是确切的名称)对多个行进行子集。当我提取一个基因时，我使用这个代码，例如：ind_keep2 <- grep('^SEPT1$',rownames(z_rna))# example data
z_rna <- structure(l
浏览 2提问于2020-12-02得票数 1
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我对R很陌生，我试图用TCGA.GTEX数据集来观察肿瘤和正常人之间基因表达的差异。我试图为所有列找到日志折叠更改。这是我应用的代码：但是这个错误会发生：
这个错误意味着什么，我应该
浏览 4提问于2021-01-30得票数 0
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body_site molecular_data_~ sex Group
2 GTEX-R55G-~ 3 Thyroid RNA Seq (NGS) fema~ ELI 4 GTEX-
浏览 2提问于2020-06-10得票数 0
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我正在尝试根据列值之一将dataframe子集为较小的数据帧，如下所示()2 SRX615964 SRS644174 GTEXSeq (NGS) male NIT 111FC_NIT
3 RNA S
浏览 2提问于2020-06-04得票数 2
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我有一个包含示例ID的文件。我想要生成一个示例参与者查找表，它应该有两个列，用制表符隔开。第一列应该是GTEX-1117 F-0226-SM-5 GZZ7 GTEX-1117 F I能够从文件中获得第一个ID：现在
浏览 19提问于2022-08-16得票数 1
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我正在绘制Gene1计数(y轴)与样本类型(x轴)的等级.我希望根据样本的来源组织(乳腺，结肠直肠，肺)和颜色代码分类的样本，无论他们来自癌症或正常组织分别红色和绿色。我制作了图1) BOXPLOTS和方面(请参见下面)，它接近我的视野，但显示了一些主要问题。我在图表上有几个问题要改进：1)每个面都有9个车道(列)，其中许多没有被一个盒子占据。也就是说，我想把标签"Gene1“放在现有的面标签上面和上面。这将使我能够为Gene
浏览 2提问于2015-09-12得票数 2
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我正在尝试同步两个s3存储桶：但是我得到了以下错误Failure] An error occurred (AccessDenied) when calling the ListObjects operation: Access Denied[
浏览 14提问于2016-07-20得票数 1
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dir)): dir_match_file(dir, bar) print dirFalse当我进入python交互式会话并输入os.path.isdir("
浏览 0提问于2014-07-26得票数 6
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我有一个来自TCGAbiolinks的数据框架，需要将其缩小到只是非规范化的数据。我尝试编写某种for循环，它将返回subset.gbmexp中的标记变量包含“未规范化”的行，但似乎无法正确处理代码。",
"RNA-Seq", "RNA-Seq", "RNA-Seq", "RNA-Seq", "RNA-Seq"),
浏览 0提问于2020-07-30得票数 0
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我有一个大约50,000个RNA成行转录本的数据框架，列中有10,000个不同的样本。数据帧的大小为4.9GB。然后，我必须转接数据，以便在以后适当地对其进行子集：转置后，对象的大小已膨胀到70 to。为什么会发生这种情况？转换数据真的应该改变文件的大小吗？前20列的str()：Classes 'tbl_df', 'tbl' and '
浏览 2提问于2018-11-21得票数 3
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这是我的第一篇文章，我对此表示歉意。mycgds = CGDS("http://www.cbioportal.org/")
cancers1 = c("cesc_tcga", &q
浏览 3提问于2017-04-21得票数 1
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文件: GTEx_Analysis_2017-06-05_v8_RNASeQCv1.1.9_gene_reads.gct.gz.我还在R版本3.6中安装了CePa。但是，仍然找不到read.gct。然后我尝试了一下：
Data<-read.table("C:/Users/Highf_000/Desktop/GTEx_Analysis_2017-06-05_v8_RNASeQCv1.1.9_gene_reads.gctwhat = what, sep = sep, quote = quote, dec =
浏览 137提问于2020-05-17得票数 0
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我已经在生物星论坛()上发了一个关于这个问题的帖子，但是没有得到很多回复。我用R和包装EMA绘制了转录数据。这是我的代码： dendro=TRUE, dendro.supnames.sup=TRUE, names.dist=TRUE, trim.heatmap=0.99)
clustering.
浏览 4提问于2020-08-03得票数 1
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PancreasLungDesignGTEX-1KXAM-0226-SM-EV7AP GTEX-1KXAM 1 60-69 7.2 Pancreas Pancreas
GTEXGTEX-Y5V6-0526-SM-4VBRV GTEX-1KXAM-1726-SM-D3LAE GTEX</
浏览 2提问于2022-07-22得票数 0
在具有j核的机器上，给定依赖于RuleB的RuleA，我希望Snakemake执行我的工作流程如下：RuleA Sample2 using_S15_L001.gene_tpm.gct, rnaseqc/RNA-seq_L221_S15_L001/RNA-seq_L221_S15_L001.metrics.tsv
log: logs.gene_reads.gct, rnaseqc/R
浏览 3提问于2019-10-21得票数 1
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我想要处理原始数据data_mrna_agilent_microarray_zscores_ref_all_samples.txt并查看数据的形状。import pandas as pd
self.pca_components = pca.components_
浏览 0提问于2022-04-04得票数 0
我正试图把每排4盒，进入我的闪亮的应用程序。BioTuring和作用域，我希望在同一行上与平面和GTEx对齐。现在的情况如下：
请注意，这个应用程序是用golem结构完成的。因此，请记住，在帮助和按照我的结构。这是我的基因表达模块。我有这样的感觉，这是我可以纠正的地方，把两个盒子排列成一行，旁边是平面和GTEx。
浏览 7提问于2022-07-26得票数 1
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我有一个名为NE的表，其中包含剪接的RNA连接：我想要做的是基于NE根据tissue_table$body_site生成新的表；也就是说，我希望将与每种组织类型匹配的每一列的所有行作为文件输出。例如，如果GTEX-PW2O-0526-SM-2I3DX和<
浏览 0提问于2019-01-14得票数 0
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我想对多个文件的RNA序列数据进行线性回归分析，而不需要任何复制和控制。我不想与对照进行比较，我想基本上运行线性回归。例如，我有100个成对的end输入文件，对应于100个不同的品种。每个品种有25种不同的化合物浓度。例如，我对每个化合物都有一个数据集，其中列出了它在所有品种中的浓度，所以我有25个这样的excel文件。我正在使用salmon创建TPM值，然后我想测试自变量(每个化合物是所有100个品种的向量)<em
浏览 25提问于2020-04-21得票数 0
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