我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件,如下所示。pdb id uniprot id
1e43 P00692首先,我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常,我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。
我有数以千计的DNA序列,范围在100到5000 bp之间,我需要对指定对进行比对并计算身份得分。the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的工具,但它们主要只能将比分写入输出文件中,需要再次读取和解析,以便检索和使用比对分数。有没有什么工具可以像pairwise2那样在python环境中对序列进行比对并返回比对分数,而不会造成