4回答
如何计算文本字符串的多序列比对
、、、、
我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。
我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格式和许多我不需要的功能，但出人意料地很难找到用于简单字符串情况的软件、库或示例代码。我可能会重新实现解决这个问题的众多算法中的任何一个，或者将我的字符串编码为DNA，但肯定有更好
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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我需要从访客IP中获取州和国家。我将使用国家信息来展示定制的产品。至于状态信息，它不会用于相同的目的，而只是用于记录，以跟踪需求。
我在这个站点上找到了一个使用ipinfo.io应用编程接口的实例，其中包含以下示例代码：
function ip_details($ip) {
$json = file_get_contents("http://ipinfo.io/{$ip}/json");
$details = json_decode($json);
return $details;
}
然而，由于我不需要完整的细节，我看到该网站只允许抓取单个字段。因此，我正在考虑使用这两个：
浏览 2提问于2014-08-13得票数 1
我的代码：
import unittest
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.desired_capabilities import DesiredCapabilities
from selenium.webdriver.common import desired_capabilities
class test_mycode(unittest.TestCase):
def setUp(self):
desired_cap = {'browser': 'IE
浏览 10提问于2015-10-30得票数 4
1回答
如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？
我有几个序列如下。第一列是当前序列的编号。第二列是起始位置，第三列是当前序列在其初始蛋白质中的停止位置。
1 18 34
2 39 55
3 30 46
4 20 36
5 22 46
6 22 46
7 25 50
8 33 50
9 46 63
这些序列并不都来自相同的蛋白质，它们来自不同长度的蛋白质。
考虑到蛋白质并不都有相同的长度，将这些序列映射到横坐标上，看看它们是更多地位于蛋白质的开头，还是更多地在蛋白质的末端，或者更多的
浏览 1提问于2014-04-03得票数 0
1回答
我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量？我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗？
其次，我们是否可以像在氨基酸同一性中所做的那样，使用氨基酸用途来建立系统发育关系？
谢谢
浏览 1提问于2018-08-10得票数 0
1回答
在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
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1回答
将HTML表转换为Json文件
、、、、
是否可以像这样将HTML表转换为json：
命名性别年龄
约翰·M 18
迈克·M 19
杰森：
{"Values" : {
"1" : {
"name": "John",
"Gender": "M",
"Age": "18"
},
"2": {
"name"
浏览 2提问于2015-10-05得票数 2
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2回答
我想在PyMOL中对齐配体，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我得到了一个错误消息：
ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only
我还将配体复制到单独的PDB文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然收到此错误。我想知道为什么PyMOL在排列这些小分子时会有问题。
PS:这些配体具有相似的结构，只是配位不同。
浏览 14提问于2013-05-14得票数 5
1回答
反应本机渲染嵌套Json
、、、
在加载JSON对象并将其添加到this.state之后，我无法访问第一个级别以下的级别。给定这个JSON文件：
{
"ts": 1530703572,
"trend": {
"val": 0,
"text": "gleichbleibend"
},
"baro": 1011.3453734999999,
"temp": {
"out": {
"f": 85.9,
"c"
浏览 0提问于2018-07-04得票数 0
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我需要找到一个或多个序列，这些序列应该在Fasta中给出结果(命中)，而不是在Blast中，反之亦然。
我有点迷路了。
在搜索此序列时，我应该查找什么？
浏览 6提问于2014-10-22得票数 0
最近我的项目有json需求，但我以前从未使用过json，所以我想知道如何有效地使用json。我使用Volley作为我的网络库，它支持json默认值，知道我可以获得JSONObject或JSONArray响应，并且可以通过以下方法获得数据：
String name = response.optString("name");
显然这不是个好主意，我想生成java类作为我的响应数据，使用模型类包装JSONObject，或者使用gson、jackson生成java类，任何人都可以分享您的经验吗？谢谢。
浏览 2提问于2015-03-07得票数 0
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最初，我想支持具有geo $near功能的mongo文本搜索。后来意识到这两者不能一起使用，因为两者都需要索引。
后来，我决定改用$geoWithin。但是，结果并不像$near那样按距离排序。
我想知道是否有办法按“距离”对$geoWithin返回的结果进行排序？
浏览 5提问于2016-03-14得票数 2
我正在使用Jersey框架来创建Rest API。API创建用于共享乘车应用程序的骑手和司机的帐户。下面是我的项目的依赖项。 <dependencies>
<dependency>
<groupId>org.glassfish.jersey.containers</groupId>
<artifactId>jersey-container-servlet-core</artifactId>
<!-- use the fo
浏览 36提问于2020-04-25得票数 1
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我使用python 3对一组rest端点进行功能测试。但我无法找到验证json reaponse的最佳方法(验证类型、必需字段、缺失字段和其他字段)。
我想到了以下选项: 1.编写自定义代码并验证响应，同时将数据转换为python类对象。2.使用json模式进行验证。
备选案文1:难以维护，需要在所有数据模型中添加单独的功能。选项2:我喜欢。但是我不想在单独的文件/对象中为每个端点编写模式。有没有办法把它放在一个对象中，就像我们有swagger文件一样。这种方式很容易维护。
我想知道哪个选项是最好的，以及是否有其他更好的选项/库可用。
浏览 0提问于2018-03-11得票数 1
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我很难使用jq对输入数据进行按摩，以便保留第一级键，同时将较低级别的JSON转换为转义字符串。
输入JSON：
{
"a": "1",
"b": {
"c": "2",
"d": {
"e": "3"
}
},
"f": "4"
}
期望产出：
{
"a": "1",
"b": "{ \"c\": \
浏览 8提问于2019-10-09得票数 2
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我正试图在我的电脑上本地复制我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA，我已经下载到我的计算机上，并使用以下命令将其作为BLAST数据库：./makeblastdb -in /home/marianoavino/Downloads/mature.fa -dbtype 'nucl' -out /home/marianoavino/Downloads/mature然后在mirbase上，我看到它们使用的e值为10，我将其留在本地。在mirbase上，在分析结束时，它们会给出以下参数设置：
搜索参数
搜索算法: BLASTN序列数
浏览 3提问于2017-11-20得票数 0
想问一下，mummer共线性分析的图里有一条序列的一部分（圈起来部分）和参考序列比不上，大概什么原因呢？有什么解决办法吗？
图片
浏览 363提问于2023-09-25
控制器中有以下内容，它很好地捕捉了来自QueryString的QueryString设置
[HttpPost("mylink/load/")]
public async Task<IActionResult> PostMessageAsync(CancellationToken cancellationToken, [FromQuery] ProducerConfig producerConfigs)
但是，如果我决定更改以捕获来自请求体(而不是QueryString )的参数，则无法。
public async Task<IActionRes
浏览 1提问于2020-07-21得票数 1
2回答
我通过json将一个参数发送给我的Controller，它包含和变送器，字符串在该字符之后被切断。搜索了几个小时却找不到解决方案。
JavaScript
var url = '/Common/DownloadFile?fileName=Me&You.xlsx';
$.ajax({
type: 'POST',
url: url,
data: {},
success: function (data) {}
});
控制器
public ActionResult DownloadFile(string fileName)
{
浏览 2提问于2017-09-12得票数 0
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伙计们，任何帮助都是非常感谢的。新手php &边走边学。我的目标:将数组更改为对象，并将其打印为表。下面是我的json数据，保存为people.txt文件。
{
"people": [
{
"first_name": "John",
"last_name": "Smith",
"city": "NY",
"state": "New York"
浏览 1提问于2016-05-12得票数 0
相当新的CI游戏。我正试着让特拉维斯·CI和工作服一起工作，并在这方面遇到一些麻烦。所讨论的项目是用PHP编写的，并正在用阿图姆进行测试。我当前的.travis.yml文件包含以下内容，目前所有的构建都在传递：
language: php
php:
- "5.4"
- "5.5"
- "5.6"
- "nightly"
before_script: wget http://downloads.atoum.org/nightly/mageekguy.atoum.phar
script: php mageekguy.a
浏览 1提问于2015-04-25得票数 1
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1回答
我正在使用Bootstrap v5.2和Vue 3的最新版本(只是为了理解)。
我在Stackoverflow上发现了一个类似的问题，但这是一个较旧版本的Bootstrap。
我有一个select，我想把我的id of my element from my v-for作为一个badge (文档：)添加到即将发布的element文本前面。
我的代码：
<div class="row mt-3">
<div class="col-12">
<span>Select with Badge</span>
浏览 1提问于2022-10-24得票数 0
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我有大量fasta格式的蛋白质序列。
我想要得到每对蛋白质的成对序列相似性得分。
R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？
浏览 0提问于2011-06-30得票数 7
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我已经看到了一些关于如何根据不同引擎的输出决定最佳OCR结果的问题，答案通常是“选择最好的引擎”。然而，我希望捕获几帧文本图像，其中可能存在临时遮挡或临时故障。我正在使用带有python-tesseract的tesseract-ocr。
考虑到最后N帧的OCR输出，我想决定什么是最好的结果(为了简单起见，逐行)。
例如，对于N=3，我们可以使用中值滤波：
ABXD
XBCX
AXCD
当3个相等的字符中有2个相等时，多数将获胜，因此结果将是ABCD。然而，对于不同的字符串大小，这并不容易。如果我期望给定的大小M (如果扫描价格表，行通常是XX.XX)，我总是可以对大于M的字符串进行惩罚。
如果
浏览 1提问于2012-03-30得票数 3
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我已经成功地做到了，这样用户就可以互相关注。当你点击Follow时，它会将你的用户id推送到你点击follow on的用户的追随者，然后它会在current users following部分推送你正在点击follow on的用户的id。 现在我正在尝试让它，以便当你进入个人资料页面时，它将显示“关注”，如果你没有关注用户，如果你已经关注，则显示“取消关注”。我试图让它循环通过用户的关注者，看看其中一个id是否与当前的用户id匹配。但是无论我做什么，我都不能得到正确的结果。 我查看用户配置文件的路线是： router.get("/profile/:id", middlewar
浏览 18提问于2019-02-19得票数 0
我需要一个用于Matlab的近似字符串匹配函数。我通过调用nwalign()发现了生物信息学工具箱中的。唯一的问题是它只对氨基酸序列起作用。因此，当我尝试将字符串与数字和其他符号进行比较时，我得到一个错误消息：“两个序列都必须是氨基酸。”
有没有办法让nwalign()函数接受任何类型的序列，或者有没有另一个matlab函数可以执行近似的字符串匹配，而不限于生物信息学？
浏览 1提问于2011-10-01得票数 1
1回答
我知道如何找到两个序列/字符串的lcs，但lcs并不要求子序列必须是连续的。我试过了，方法如下
function lccs(a, b)
if a.length == 0 or b.length == 0
return ""
possible = []
if a[0] == b[0]
possible.push(lcs(a[1:), b[1:])
possible.push(lcs(a[1:], b))
possible.push(lcs(a, b[1:))
return longest_string(p
浏览 1提问于2014-03-04得票数 0
1回答
有没有人能给我指个方向？我正在寻找一种使用十进制值的背包算法的变体。具体地说:我使用金融值(小数)来回答一个问题:列表中的哪些十进制值和为特定的十进制值。
非常感谢你的帮助/指导。
浏览 0提问于2016-04-08得票数 1
我有一个json文件，如下所示：
{
"children": [
{
"name": "المصاريف",
"children": [
{"name": "بنزين","size": 14230,"colour": "rgb(220,230,180)"},
{"name": "تاكسي","size": 25220,"colour":
浏览 3提问于2014-04-27得票数 0
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这是我为原来的smith waterman算法编写的伪代码。
Input: U[1, n], V[1, m]
Set W[0, j] = 0 for j = 0 .. m
Set W[i, 0] = 0 for i = 0 .. n
For i = 1 to n
For j = 1 to m
W[i, j] = max {
0,
W[i, j-1] - d,
W[i-1, j-1] + s(U[i], V[j]),
浏览 1提问于2013-11-20得票数 1
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基于DSS的密码需要证书吗？
哪种基于DH的密码不需要opensll 1.0.2j、TLS1.2支持的密码列表中的证书？
浏览 0提问于2018-08-06得票数 1
2回答
我收集了几千个字符串(DNA序列)。我想通过排除非常相似的序列，将其减少到几百个(确切的数字并不重要)。
我可以通过使用"Levenshtein“模块进行匹配来实现。它可以工作，但速度很慢，我很确定一定有更快的方法。这里的代码是相同的方法，但应用于单词，以使其更具可测试性；对于我来说，使用这种截止点，它需要大约10秒，并收集大约1000个单词。
import Levenshtein as lev
import random
f = open("/usr/share/dict/words", 'r')
txt = f.read().splitlines()
浏览 1提问于2014-02-27得票数 0
当我将统一的缓冲区数据从CPU发送到GPU端时，我遇到了一个问题。这似乎与CPU/GPU之间的内存对齐有关。我定义了一个统一的缓冲区对象如下：
const int MAX_LIGHTS_NUM = 32;
struct Lights {
glm::vec3 Position;
glm::vec3 Color;
float Linear;
float Quadratic;
float intensity;
};
struct UniformBufferObject {
glm::mat4 mvp;
glm::mat4 model;
浏览 6提问于2021-12-27得票数 0
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目前，我有一个gradle Spring Boot应用程序，在GCP计算引擎实例中作为Docker映像运行。在我的应用程序中，我添加了lombok @Slf4j注释，在主方法中，我添加了行log.info("Hello world");，并通过docker run -d --rm -it -p 8888:8080 {image}在我的GCE实例中运行了图像，并检查了Stackdriver日志。
我希望能够通过日志级别(信息、警告等)进行过滤，但似乎日志没有适当地映射日志级别，这意味着它们只在选择“日志级别:任意”筛选器时才会出现。
上面的log.info()语句在堆栈驱动程序中
浏览 4提问于2019-10-01得票数 0
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如果我的用户的身份验证状态更改为true，我想使用react函数useEffect来做一些事情。为此，我可以从上下文中请求authState：
const userState = useContext(AuthContext);
userState是一个json状态，它被一个还原器函数(useReducer( reducer，initialState))修改，并且在身份验证文件中的某个地方发生了这种神奇的事情。初始状态不为空或未定义，还原器函数从不允许状态为空或未定义。
现在，我在另一个NextJS代码的NextJS文件中：
...
const userState = useContext(A
浏览 11提问于2022-08-11得票数 0
我有这个错误- OSError: Errno 63文件名太长了：
解决这个问题的最好方法是什么？
import requests
import json
import codecs
url = 'https://ratings.food.gov.uk/OpenDataFiles/FHRS314en-GB.json'
response = requests.get(url)
text = response.text
data = json.load(codecs.open(text, encoding='utf8'))
print('data
浏览 8提问于2022-08-18得票数 1
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1回答
我正在寻找火花scala函数来寻找正态分布值，如norm.dist在Excel中。在spark库中找不到。
您能帮助我在spark中实现相同的功能或替代方法吗？请给我建议。非常感谢。
浏览 35提问于2020-05-22得票数 2
1回答
我想查询一个内流度量，并获取特定字段的所有不同值。
这将类似于
用KEY = "key_name“显示度量中的标记值
但我只想要字段，而不是标签
浏览 1提问于2022-04-15得票数 0
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1回答
我已经做了一个定制的SQL查询，我想创建一个单元测试来演示它是否有效。我已经在SQLDeveloper中测试过它，它的工作原理是我希望它在我的测试数据库中运行，但是我想为那些以后必须维护这段代码的人留下一个单元测试。
def report_of_merchants_who_have_not_pressed_the_service_rendered_button
sql = "SELECT MIN(departure_date), ch_invoice.invoice_id
FROM ch_invoice
INNER JOIN ch_trip
ON ch_
浏览 4提问于2016-04-06得票数 4
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2回答
如何在这个场景中执行ajax？
、、、、
javascript代码
function new_person_adder1() {
var dataAjax = {
'entry_new_person_': $('#entry_new_person_1').val(),
'pop_new_person_identity_no': $('#pop_new_person_identity_no1').val(),
'
浏览 2提问于2014-06-09得票数 0
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4回答
如何在R中执行基本的多序列比对？
、、、、
(我试过在上问这个问题，但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案，所以我也在这里转发这篇文章)
我要完成的任务是对几个序列进行比对。
我没有一个基本的模式可以匹配。我所知道的是，"True“模式的长度应该是"30”，并且我的序列在随机点上引入了缺失值。
这是一个这样的序列的例子，在左边我们看到了缺失值的真实位置，在右边我们看到了我们将能够观察到的序列。
我的目标是仅使用我在右列上获得的序列来重建左列(基于每个位置的许多字母都相同的事实)
Real_sequence The_sequence_we_see
1 CG
浏览 2提问于2010-12-21得票数 9
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我有以下查询来查找特定范围内的所有文档：
db.collection.find({
"location": {
"$geoWithin": {
"$box": [
[165.8694369, -52.61941849999999],
[-175.831536, -29.2313419]
]
}
}
});
我还有这个边界的中心坐标：center_lat: -40.900557，center
浏览 5提问于2015-03-23得票数 3
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