CRISPR也即Clustered regularly interspaced shortpalindromicrepeats（成簇的、规律间隔的、短回文、重复序列），由回文重复序列repeats及其间隔序列spacer组成，是大多数细菌及古细菌中的一种获得性免疫方式。在CRISPR特征序列附近还有一些CRISPR-associated基因，编码一系列Cas蛋白，合称CRISPR/Cas系统。间隔序列来自于外来入侵DNA，作为识别外来入侵者身份的指纹，其在入侵DNA上对应的为原间隔序列（protospacer），作为身份识别的原间隔序列其特点为两端延伸的临近序列十分保守，称为原间隔序列临近基序（protospacer adjacentmotif，PAM）。
meerkat 0.189版本和以前的版本相比，支持bwa mem 输出的bam文件，还支持全外显子数据count SV。
小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本，2749 行的长度，长到已经难以用 GPT 解读啦，不过用起来还是很方便的！这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。
Yet, there is great need for intutive ways to quickly understand their output, and interactive solutions have so far included linearly stacked pairs of ideograms, and highly efficient graph layouts of large numbers of nodes representing sequences and edges representing similarity.
Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。
Biopython是Python的最大，最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。它由Chapman和Chang开发，主要使用Python编写。它还包含C代码，以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows，Linux，Mac OS X等操作系统上运行。
HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下
随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低，直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易，大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时，我们如何判断其处于哪一个系统发育分支？也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法，然而宏基因组binning获得的基因组（bins）常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
Perl是典型的脚本语言，短小精悍，非常容易上手，尤其适合处理文本，数据，以及系统管理。它在老一辈的生物信息学分析人员中非常流行，出于历史遗留原因大家肯定会或多或少地接触 Perl，即使你再怎么推崇P
OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/) 是现在用的最多的一款来找直系同源基因（Orthologs）以及旁系同源基因 (Paralog) 的软件。同源基因 (homolog) 的区别见下图，这里就不细说了。
为了其它相关软件的顺利运行，我们根据教程来设置默认的安装目录及变量环境：Ensembl's VEP ， If you don't have VEP installed, then follow this gist.
生物数据的处理本质上有两条路线：其中一条是序列本身具有结构特征，那么就可以通过软件算法来实现，比如预测基因，非编码 RNA，重复序列的分析等；另一条路线是序列本身没有结构特征，只能通过与已有序列进行比对，根据已知信息来推测未知信息，比如基因功能注释，16SrRNA 物种鉴定等，常见的一个例子就是得到一条序列，需要判断序列来自于哪个物种，就只能与数据库进行比对。
安装 JDK 会自动创建一个名为 jdk–17.interim.update.patch.
进入官网进行下载安装：RabbitMQ官网地址：https://www.rabbitmq.com/
使用过linux系统的运维应该都有在上面安装过软件包，有时候我们需要查询即将要安装的包有没有在这个系统上已经安装，如果不先查一下，或多或少会出现问题，比如版本不一致等等。
一般来说，CentOS会自带OpenJdk,用命令 java -version ，会有下面的信息：
本文转载自：http://www.oolap.com/2015-11-07-ubuntu-install-dbgsym
本文介绍了如何在 Ubuntu 14.04 下安装 TensorFlow，包括使用 Anaconda、使用 pip 以及在 Mac 系统中安装的方法。通过这些方法，你可以创建一个具有 TensorFlow 的环境并快速运行一个手写数字识别的示例。
接下来的说明以Ubuntu Desktop 19.10为例进行，18.04也没有问题。
最近在学习Node.js，本人喜欢在linux下开发．一般来说安装Node.js有几下种方式：
Docker 引擎可以在一系列服务器上进行安装，比如说 Linux 平台，macOS 和 Windows 10 需要通过 Docker 的 静态二进制安装程序 来进行客户端进行安装。
因为本人是使用 Windows 系统，所以需要下载一些终端工具（没有钱买MAC ☹️）。这样的工具挺多的，像 MobaXterm 和 Xshell 个人比较喜欢 MobaXterm 看起来比较舒服。 新建一个对话（session），填入你的服务器的 IP 地址和端口号，连接成功之后输入密码就可以了。
https://www.rsyslog.com/news-releases/，我使用的是最新的8.1910版本
但在开始之前，先来看看一个最简单的使用 TensorFlow Python API 的示例代码，这样你就会对我们接下来要做的事情有所了解。
没有开发板，如何调试运行arm程序？ 本文主要讲解如何在Ubuntu上搭建arm交叉编译、运行环境。
等待软件自动安装安装完成以后使用如下 VI 命令打开/etc/vsftpd.conf，命令如下：
如前面所说，目前在在Unix类的操作系统中，大多是都有GRUB；GRUB几乎能引导所有X86架构的操作系统；功能之强，使用简单是GRUB最大的卖点；由于Windows 操作系统的先入为主的优势，使得大家对Windows的NTLOADER了解的比较多，而对开源社区的GRUB显得有点寞生，由此而带来使用上的“心理恐惧”；究其初学者对GRUB“恐惧”的主要原因还是对GRUB没有太多的了解和深入；无论是WINGRUB还是Linux版本的GRUB，最方便的还是对 GRUB命令行的操作；一谈到命令行（Command）的操作，可能初学者对此恐惧；其实没有什么难的，象北南这样低级的写手，还能操作得起来，您也应该能行；
arm-none-linux-gnueabi-gcc是 Codesourcery 公司（目前已经被Mentor收购）基于GCC推出的的ARM交叉编译工具。可用于交叉编译ARM系统中所有环节的代码，包括裸机程序、u-boot、Linux kernel、filesystem和App应用程序。使用时，按照主机平台，可以下载以下任一版本中的一个，结果是一样的：
使用这类软件包管理系统，能帮助用户快速编译、安装软件（如：vim、wget等）、卸载软件等。而Homebrew，其实广泛运用在macOS上，但是其实Homebrew也可以安装在Linux上，作用和apt、yum等一样。
发行版及版本比较 三大家族: Fedora是基于RHEL，CentOS，Scientific Linux, 和Oracle Linux的社区版本。相比RHEL，Fedora打包了显著的更多的软件包。其中一个原因是，多样化的社区参与Fedora的建设;它不只是一家公司。在这个过程中，CentOS用于活动，演示和实验，因为它是对最终用户免费提供的，并具有比Fedora的一个更长的发布周期（通常每隔半年左右发布一个新版本）。 SUSE, SUSE Linux Enterpri
之前因为课程需要，也算是粗浅地了解过Linux，但是只是懂得一些编译内核，编译模块的知识，并没有把Linux当做日常使用的操作系统。但是最近因为实验的原因，对Linux有了兴趣，开始尝试将Linux作为日常使用的操作系统。特整理记录一些使用Linux常用知识，以供日后参考。
获取linux可执行安装包 如: Install_TWx.x.x.x_Enterprise_Linux.bin
继昨天发布Debian GNU/Linux 9.3 “Stretch”和Debian GNU/Linux 8.10 “Jessie”维护更新之后，Debian项目今天发布了新的ISO映像。
项目改微服务化了，于是开始研究 rabbitMQ 这个消息队列框架。然后官方推荐使用docker启动，索性在WSL下装 docker 了（太懒了，不想双系统or虚拟机）
原文出处：http://www.cnblogs.com/jacklu/p/6377820.html
随着Linux的不断完善及业主对于安全性、自主性要求的提升，越来越多的数据采集系统和智能边缘终端要求基于Linux(包括国产Deepin,优麒麟等)系统进行开发。研华DAQNavi Linux提供了完美的C,C++,Qt,Java等语言支持。本文介绍如何安装DAQNavi Linux驱动程序(版本高于4.0.0.0)和在Ubuntu&Deepin测试实例。
安装好的CentOS会自带OpenJdk,用命令 Java -version ，会有下面的信息：
喜欢折腾的同学，会豪气如何升级 Debian Stretch 的内核到新版。遗憾的是现在能搜到的升级 Debian Linux 内核的文章多数是使用Ubuntu的deb安装包，其实这样装上去是有问题，常见的问题是，总会提示需要 apt --fix-broken install 。
Conda 中包含的软件越来越多，而且软件的不同版本都保留了下来，软件的索引文件越来越大，安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大，导致solving environment越来越慢。
Linux内核是GNU/Linux操作系统的核心组件。它是一个免费、开源、庞大、模块化、多任务的类Unix的操作系统内核。它最初是由Linus Torvalds在1991年为他的i386 PC创造的。
有了Ventoy你就无需反复地格式化U盘，你只需要把 ISO/WIM/IMG/VHD(x)/EFI 等类型的文件拷贝到U盘里面就可以启动了，无需其他操作.
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为Android加入busybox工具可以通过两种方式进入Android的console：
前提是在CentOS7中安装配置好node和环境变量，关于nodejs可以从官网http://nodejs.cn/download/下载，选择https://npm.taobao.org/mirrors/node/v14.4.0/node-v14.4.0-linux-x64.tar.xz Linux版本进行安装。进行到自己存放软件的目录，这里以/usr/local目录为例 将下载后的安装包进行解压：
Pf-Kernel 是Linux Kernel 的分支，是Linux Kernel的更新版本，提供很多很有用的特性，例如 bfs 调度器，PF内核调度器，用于提高磁盘管理补丁，总之就是对原内核的更新和补丁。
今天尝试安装龙芯版 Linux，本来希望能安装 Debian 版，但只找到一些文档（https://wiki.debian.org/LoongArch），没找到可安装版的 ISO。
很多的开源项目都是使用java语言开发的，都需要在服务器上安装java才能运行起来。这篇文章简单介绍了在linux上安装java的步骤。
在研究了一阵后，发现是APT如果在安装某个包中断后，以后再安装什么都会汇报依赖那个包失败。因此linux-image-extra-4.4.0-116-generic这个包很可能是在某次apt upgrade过程中被安装的，但是由于/boot目录已满，导致安装linux-image-extra-4.4.0-116-generic失败，以至于后面的apt命令都汇报依赖该包失败。
可以在GNU / Linux，macOS，FreeBSD和Windows上安装 (opens new window)和使用GitLab Runner 。您可以使用Docker安装它，手动下载二进制文件，也可以使用GitLab提供的rpm / deb软件包的存储库。
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