参考微信公众号：MoleDesign药物设计 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1227#lastpost(ledock论坛) 1,下载安装文
这个是正常版本的 链接: Windows10安装Oracle19c数据库详细记录
作者 杨禹航 出品 沃趣技术 PDB数据库的创建可以从现存的数据库中复制数据文件，包括种子容器、可插拔数据库、non-CDB数据库，创建时可以使用CREATE PLUGGABLE、RMAN、DBCA以及EM等。 在12.1版本中在创建PDB时，Source PDB必须处于read only状态，在12.2版本中，因为undo local mode新特性的推出，在创建PDB时，Source PDB在read write状态，依然可以创建。 另外在12.2版本中Oracle推出了refresh PDB特
Python提供类似于C++ gdb的调试工具pdb，我们可以在Linux下使用pdb在命令行下进行Python程序的调试。 官方参考网站： Python2： https://docs.python.org/2/library/pdb.html Python3： https://docs.python.org/3/library/pdb.html
break : 添加断点，比如在第5行添加断点break 5，在getlist函数添加断点break
Oracle 19c目前已经算比较主流的数据库版本了，如果用的是CDB/PDB多租户的模式，无论是直接登录到数据库，还是通过JDBC程序登录到数据库，和传统登录方式，存在一些不同。
上一篇安装文档中说过 Oracle 也有一份安装手册,虽是英文版但很是详细，很有参考意义，如下是官方地址可查看详细内容：https://docs.oracle.com/en/database/oracle/oracle-database/12.2/ladbi/downloading-and-installing-patch-updates.html#GUID-A2FD0257-D074-444D-8007-A21EBEC10358
1. ledock需要联网使用，至少ledock的linux版本是，所以请保持网络通畅
linux中往往会安装很多个版本的python, 所以会牵扯到默认python的设置问题. 主要是设置系统环境变量的问题.
作者 杨禹航 出品 沃趣技术 Oracle 12.1发布至今已有多年，但国内Oracle 12C的用户并不多，随着12.2在去年的发布，选择安装Oracle 12c的客户量明显增加，在接下来的几年中，Oracle 12c将逐步得到普及。 目前关于12C新特性的文章很多，但大多都不成体系，本次的文章是一个非常完整、连贯的系列，将带你全面的从基础到深入全方位的理解Oracle 12C。 本篇为Oracle 12c系列的开篇文章《Oracle 12c系列(1)Multitenant Container》。
在ACOUG的年终大会上，我分享了一个主题，列举了使用Oracle 12c多租户的过程中可能遇到的各种坑，当你使用一个新产品或者新特性时，如果你不了解，就可能是使用中，陷入其中。 首先我们已经知道，Oracle 12c的多租户特性，允许在一个容器数据库中，创建多个PDB，这些PDB彼此隔离和独立，但是依赖CDB而存在。 问题一：PDB丢失一个文件数据库会如何？ 现在请大家思考一个问题：如果某个PDB中，因为意外而丢失了一个数据文件，那么数据库会怎样？ 目前我们涉及的版本包括：12.1.0.1.0 ，12.1
当我们需要将Non-CDB数据库类型更改为PDB数据库类型时，可以使用Cloning的方式将其复制到现有的CDB中，但是该方法需要将Non-CDB中的数据文件复制到新的目录中，除了Cloning的方式外我们还可以使用DBMS_PDB包来生成Non-CDB数据库的XML元数据文件，该XML元数据文件中描述了Non-CDB中的数据文件信息，可以使用XML文件将Non-CDB数据库附加为CDB中的PDB，通过该方式将Non-CDB数据库转换成CDB中的PDB，它的优点在于省去了复制Non-CDB数据文件的过程，但要求Non-CDB必须为12.1.0之上的版本，如果Non-CDB为12c之前的版本，需要将其升级到12c，另外需要我们提前创建一个CDB容器数据库，或者现有环境中已存在CDB容器数据库(将Non-CDB插入已存在的CDB中)。
前几天，我和系统运维的同事处理一个看似诡异的问题,他找到我说应用服务器启动的时候报了DB的Error,但是错误信息有限，他也没法完全定位到错误的原因，所以就希望我来帮忙看看这个问题是怎么回事，怎么解决。 从应用服务启动的日志来看，错误信息是连接池的地方有了问题。 Error: 2017-06-09 10:04:59 init connpool:one or more conn open error. Error: 2017-06-09 10:12:50 init connpool:one or mo
Oracle 12.1发布至今已有多年，但国内Oracle 12C的用户并不多，随着12.2在去年的发布，选择安装Oracle 12c的客户量明显增加，在接下来的一两年中，Oracle 12c将逐步得到普及。
但是到了19c都是CDB/PDB的时候，因为连接PDB必须用TNS服务名，突然感觉又非常好用了。尤其对于一些升级为了维护兼容性的情况。
之前介绍的PDB都是通过配置文件在数据库初始化的时候就装上了，如果要在一个Oracle 19c已有的CDB上创建PDB，主要有两种方式。
今天在 Oracle 原厂公众号上看到了一篇描述 Oracle 21c ADG 新特性的文章，基于 PDB 级别的 ADG 可以实现自由切换，非整个 CDB 级别的 ADG 及 Switchover 十分不错，值得推荐，故分享给大家。
如果你使用的是Linux发行版，例如Ubantu，那么你的系统中可能已经安装好python了。可以使用python -v来测试一下： ortonwu@ubuntu:~$ python -V Python 3.5.2 当然，这是我安装了Python3之后显示的。如果你测试出来你的系统安装的是Python 2.7或是提示command not found，想升级或安装Python3的话，可以使用如下命令下载最新的Python: sudo apt-get install python3 输入root密码后下
Oracle 18c For Exadata版本的介质已经发布，作为一名心急的老粉丝，欣喜的发现可以安装在普通的Linux平台。
由于创建软链接这个事情，在算法开发的日常中使用到的并不是很多，因此本文也是做一个简单的回顾。这里我们使用的案例是通过TMalign这个蛋白质打分文件，在编译好可执行文件之后，可以使用建立软链接的方法快捷的使用该可执行文件。
Linux平台 Oracle 18c RAC安装指导： Part1：Linux平台 Oracle 18c RAC安装Part1：准备工作 Part2：Linux平台 Oracle 18c RAC安装Part2：GI配置 Part3：Linux平台 Oracle 18c RAC安装Part3：DB配置
使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）进行旋转，在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。
Linux平台 Oracle 19c RAC安装指导： Part1：Linux平台 Oracle 19c RAC安装Part1：准备工作 Part2：Linux平台 Oracle 19c RAC安装Part2：GI配置 Part3：Linux平台 Oracle 19c RAC安装Part3：DB配置
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、
本篇主要介绍第四点：巧用 Shell-operator 配置 K8s Pod 保护策略
******************* * 异常处理与调式 * ******************* ***常见错误：*** 1) 名字没有定义，NameError In [1]: print a --------------------------------------------------------------------------- NameError Traceback (most recent call last) <ipython-input-1-9d7b17ad5387> in <module>() ----> 1 print a NameError: name 'a' is not defined 2) 分母为零，ZeroDivisionError In [2]: 10/0 --------------------------------------------------------------------------- ZeroDivisionError Traceback (most recent call last) <ipython-input-2-242277fd9e32> in <module>() ----> 1 10/0 ZeroDivisionError: integer division or modulo by zero 3) 文件不存在，IOError In [3]: open("westos") --------------------------------------------------------------------------- IOError Traceback (most recent call last) <ipython-input-3-2778d2991600> in <module>() ----> 1 open("westos") IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'westos' 4) 语法错误，SyntaxError In [4]: for i in [1,2,3] File "<ipython-input-4-ae71676907af>", line 1 for i in [1,2,3] ^ SyntaxError: invalid syntax 5) 索引超出范围，IndexError In [5]: a = [1,2,3] In [6]: a[3] --------------------------------------------------------------------------- IndexError Traceback (most recent call last) <ipython-input-6-94e7916e7615> in <module>() ----> 1 a[3] IndexError: list index out of range In [7]: t =(1,2,3) In [8]: t[3] --------------------------------------------------------------------------- IndexError Traceback (most recent call last) <ipython-input-8-7d5cf04057c5> in <module>() ----> 1 t[3] IndexError: tuple index out of range In [9]: t[1:9] ###切片的时候，若超出范围，则默认为全部，不报错 Out[9]: (2, 3) ####python异常处理机制：try......except......finally###### 例： #!/usr/bin/env python #coding:utf-8 try: ###将可能发生错误的部分放在try下### print "staring......" li = [1,2,3] print a pri
分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接的思想起源于Fisher E的”钥匙和锁模型”，主要强调的是空间形状的匹配。但配体和受体的识别要比这个模型更加复杂。首先，配体和受体在对接过程中会由于相互适应而产生构象的变化。其次，分子对
若要安装最新版 dotnet-symbol NuGet 包，请使用 dotnet tool install 命令：
第五步：下载数据集，也是最头疼的一步，因为数据集太大，网络波动也很大，这里提供两个下载数据集的办法：
发现看议题材料也不容易啊，有些议题挺有技术深度的，而且内容还特长，长就算了，有些ppt其实只讲了不到一半的内容，另一半都得靠作者演讲才能知道，剩下的只能靠自己脑补或搜索资料了，我只能说真的费脑费时间。
openmm是用于分子模拟的高性能工具包。该代码是开源，并在MIT和LGPL license下。是 Omnia(预测生物分子模拟的工具套件)的一部分。
该软件有windows, mac, linux版本，下载后安装的时候需要提供注册码，不用担心，先在https://salilab.org/modeller/registration.html注册（需要学术邮箱或者含有edu的邮箱）。然后网站会自动审核并且发送注册码给输入的邮箱。软件的安装步骤和大多数Windows软件包一样，除了输入注册码那步，其它的一路点击“下一步”即可。
然后全部进入～/instantclient/instantclient_21_11里了
我们知道虽然入门级编程语言最好是C和Python，但是C和Python是有这本质的不同的，那就是C语言是编译型语言，而Python是解释型语言。
1在所需要调试的地方加入如下代码：
一、SESSION切换 SYS@orcl1> show pdbs CON_ID CON_NAME OPEN MODE RESTRICTED ---------- ------------------------------ ---------- ---------- 2 PDB$SEED READ ONLY NO 3 PDB01 READ WRITE NO SYS@orcl1> alter session set container=pdb01; Sessio
python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt
随着Oracle的普遍应用，DataGuard这个成员基本成为了数据库容灾环境的标配。当需要升级Oracle数据库的同时，也需要考虑同时升级DataGuard数据库版本，那么如何快捷安全的升级？
对于Oracle数据库升级操作，每个版本之间的升级步骤均相似，首先升级Oracle软件，然后升级数据库内的数据字典表。
作为学术界的fast follow，RoseTTAfold以其占用的资源有限以及预测蛋白复合物而占据了一定的优势。
很多朋友吐槽我的脚本不会用，看不懂，哎，一言难尽！于是，我将 [vagrant + virtualbox + shell脚本] 组合起来，实现了零基础也可安装 Oracle 数据库的方式，我称之为 新手纯享版本，真正一行短命令！
直接上命令：./OracleShellInstall.sh -i 10.211.55.100
《非Oracle Linux下安装Oracle 19c》我们安装了non-cdb的19c数据库，通过这个脚本，还可以搭建cdb的数据库。
了解蛋白质的基本组成单元和结构，有助于了解蛋白质的特性。对于蛋白质结构的研究，在医药领域是非常核心的重要工作。这里我们仅仅介绍一些蛋白质的基本组成单元——20种氨基酸的种类，以及可以用于蛋白质建模的一些工具。
对于使用12c的PDB，如果想尽快熟悉，掌握，那就是和业务挂钩，让它跑在业务上。当然是在能够基本驾驭它的前提下，要不就真成了甩手掌柜。11g可以玩得很好，12c里面也差不到哪里去。 摆在我面前的一个选择就是字符集，尽管有大量的PDB需要整合进来，但是我在分析了几套需要整合的数据库之后，发现字符集还是一个很重要的考量。比如几个已有的旧版本的数据库字符集为UTF-8 US7ASCII ZHS16GBK ZHS16GBK，折中一些，根据实际情况还是选用ZHS16GBK，如果是个跨国企业，我可
Relocating a PDB是Oracle在12C中推出的一种新的数据迁移方式，在采用Relocate时可以使用最短的停机时间在不同的CDB直接迁移PDB。
或者通过命令cd F:\AutoDock来实现，这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。
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