我的数据帧的标题如下所示
header = list(data_no_control.columns.values)
header
['MLID_D_08_NGS_34_H08.fsa',
'MLID_D_25_NGS_38_A11.fsa',
'MLID_D_36_NGS_41_D12.fsa',
'MLID_D_37_NGS_42_E12.fsa']
我想把我的头改成这样
['NGS_34',
'NGS_38',
'NGS_41',
'NGS_42'
浏览 3提问于2022-05-04得票数 1
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我想用R制作一个(我通常使用ggplot2)，但我不知道在这种特殊情况下该怎么办.下面是一个可复制的数据示例：
NGS <- c("NGS01", "NGS02", "NGS03", "NGS01", "NGS02", "NGS03")
R56 <- c(0.04, 0.03, 0.05, 0.03, 0.03, 0.045)
R57 <- c(0.08, 0.04, 0.06, 0.07, 0.03, 0.05)
a <- c("two", "two
浏览 0提问于2018-08-08得票数 0
我已经编写了一个Perl脚本，作为glite-CREAM中间件中的一个插件。脚本应该只打印输出，这些输出将被存储并发布到BDII数据库中。该脚本打印我想要在屏幕上显示的所有变量。其中一个称为@Store_MPICH，它从存储在目录中的配置文件中的另一个变量中获取其值。它不会在BDII数据库中发布，即使当我运行脚本时，所有输出都会打印出来，包括这个变量@Store_MPICH。
@Store_MPICH的值打印为MPICH。我猜@Store_MPICH的价值在这个过程中消失了。我可能需要使用打包并导入/导出它，我真的不知道。
我的脚本的输出是：
[root@helena plugin]# ./g
浏览 5提问于2011-01-28得票数 0
我有一个自定义的react钩子，它从api中获取数据。我得到了错误：“不变的违规:无效的钩子调用。钩子只能在函数组件的主体内调用。”
我不知道这是由于我的自定义钩子的结构，还是我是如何在调用它的组件中使用钩子的。
这是我的定制钩子：
import { useState, useEffect } from "react";
const axios = require('axios');
const crypto = require('crypto');
function useFetchNGSData(endpoint) {
const[
浏览 2提问于2021-10-27得票数 1
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是否有任何软件库或框架允许定期合并来自不同来源的数据？据我所知，它应该存储和支持不同类型的规则，用于从特定来源清理和重新格式化数据，因为在我看来，这是唯一的方法。
例外：
Source 1: New Great Sneakers NGS1
Source 2: ngs1 sneakers
因此，它应该在应用规则：convert to lower case -> find some pattern 'NGS*' -> be sure that a number after pattern 'NGS' is the same之后进行合并。
这是解决这个问题
浏览 0提问于2018-07-27得票数 2
我正在尝试通过Snakemake工作流对几个数据使用porechop。 在我的Snakefile中，除了all规则之外，还有三个规则，一个fastqc规则和一个porechop规则。fastqc规则工作得很好，我的三个fastq都用到了。但对于porechop，它不是运行命令三次，而是同时为所有三个文件运行一次带有-i标志的命令： Error in rule porechop:
jobid: 2
output: /ngs/prod/nanocea_project/test/prod/porechop/25022021_2_pore.fastq.gz, /ngs/prod/na
浏览 62提问于2021-07-22得票数 1
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我有以下代码，可以从不同的MQTT主题接收数据。
#!/usr/bin/python3
import paho.mqtt.client as mqtt
import pymysql
import json
import sys
import time
#-### Constantes ####
PUERTO_MQTT = ...
USUARIO = ...
CLAVE = ...
#DB_LOCAL = ...
DB_LOCAL = ...
RETARDO_SUSCRIP = 30 #s
#-### Variables ####
idsNgsConectados = set()
clien
浏览 5提问于2021-10-16得票数 0
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<p:fieldset styleClass="weightTextBox">
<p:selectOneMenu id="detectionSelector" value="#{ngs.detectionMode}">
<f:selectItem itemValue="SYBR" itemLabel="SYBR" />
<f:selectItem itemValue="NONE&
浏览 3提问于2018-05-01得票数 0
我需要一种在Unix中子集大型数据集的方法。我有> 50K的SNP，每一个都有他们解释的遗传变异和一个位置(染色体和位置)。我需要每个染色体每100万个碱基对(位置)对SNP进行子集，以创建我们所谓的1Mb窗口。我还需要命名这些窗口，例如CHR:WINDOW。
我的数据结构如下：
SNP CHR POS GenVar
BTB-00074935 1 157284336 2.306141e-06
BTB-01512420 8 72495155 1.958865e-06
Hapmap35555-SCAFFOLD20017_21254 18 29600313 1.876211e-06
BTB-
浏览 1提问于2015-10-15得票数 0
我有一个包含列数据的文本文件，我想筛选出符合特定标准的行:第二至最后一栏中的数据从第161列开始，而不是162列。因此，鉴于这一点：
EP10101 12011 SC0 NCI Application Security DLS3270 SC040P20Maintain User Access MF20170901150328000NGS2 20170901150328000
EP10101 12011
浏览 0提问于2017-11-06得票数 0
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我有一个像这样的熊猫数据框架
data = [['NGS_34',0.47,0.55,0.51,0.53,0.54,0.62], ['NGS_38',0.52,0.52,0.49,0.51,0.52,0.45]]
df = pd.DataFrame(data, columns = ['probes','01_PLAGL1', '02_PLAGL1','H19','H19', 'H19','GNAS_A/B'])
df = df.set_index(
浏览 2提问于2022-05-05得票数 0
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我正在尝试移植以下(简化的)嵌套循环作为CUDA 2D内核。随着数据集的增加，NgS和NgO的大小将会增加；现在，我只想让这个内核为所有值输出正确的结果：
// macro that translates 2D [i][j] array indices to 1D flattened array indices
#define idx(i,j,lda) ( (j) + ((i)*(lda)) )
int NgS = 1859;
int NgO = 900;
// 1D flattened matrices have been initialized as:
Radio_cpu = n
浏览 3提问于2012-08-05得票数 1
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我为eclipse ( )编写了一个插件。但是eclipse生成的jar不包含任何类：
jar tvf plugins/fr.inserm.umr915.knime4ngs.nodes_1.0.0.jar
0 Thu May 19 08:45:26 CEST 2011 META-INF/
2543 Thu May 19 08:45:24 CEST 2011 META-INF/MANIFEST.MF
7941 Thu May 19 08:45:24 CEST 2011 plugin.xml
这是我的清单的内容：
Manifest-Version: 1.0
Bundle-Man
浏览 1提问于2011-05-19得票数 1
我发现了一个完全相同的问题，但没有任何有用的答案，因为作者没有提供他们的文件。我正在使用DESeq2库，遵循手册3.2 Starting from count matrices。我从CSV文件中导入了我的countdata和coldata。我知道countdata文件在这里可能是个问题，但我不明白到底是什么问题。 我的代码： library(DESeq2)
NGS <- read.csv2(paste0(datadir,"/CLN3_NGS_orig.csv"), header = T,stringsAsFactors = F)
Sinfo <- read.cs
浏览 1196提问于2020-04-18得票数 0
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我是一个完全的初学者，所以请原谅我缺乏知识。
我有一个多次执行的代码，一个变量的值是由用户通过提示给出的。有没有办法在每个循环中存储这个值，并在循环结束时显示它。有没有我应该使用的某个元素？
谢谢。
var ran = Math.floor(Math.random() * 60) + 1;
var ngs = 9;
var guess = prompt("what's your guess?");
while (ngs > 0) {
if (guess < ran) {
var guess = prompt("nope, that wa
浏览 1提问于2018-01-27得票数 0
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下面的bash似乎在上一个done上出错了。什么是正确的语法，因为我似乎无法弄清楚，如果没有创建更多的错误。由于当前抛出错误，在此之后有一些附加进程将不会运行。谢谢:)。
误差
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: syntax error near unexpected token `done'
/home/cmccabe/Desktop/loop.sh: line 79: `done >> "$logfile"'
bash
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2
浏览 5提问于2016-08-11得票数 0
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我试图创建一个自定义ISO从一个流变-8安装磁盘，可以启动的BIOS或EFI服务器。在我尝试创建iso之前一切都很顺利。如果我运行以下命令：
mkisofs -J -R -T -V "NGS-8.4-0 Server" \
-o ngs-8.4-0.iso \
-b isolinux/isolinux.bin \
-c isolinux/boot.cat \
--no-emul-boot \
--boot-load-size 4 \
--boot-info-table \
--eltorito-alt-boot \
浏览 0提问于2021-10-28得票数 3
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我想提取一行的一部分。 例如：线路：-Dlogging.configuration=file:/ngs/app/dsservt/TEST/DS/IdmsCoreServiceClassic/13443/runtime/jboss/standalone/configuration/logging.properties -jar /ngs/app/dsservt/TEST/DS/IdmsCoreServiceClassic/13443/runtime/jboss/jboss-modules.jar -mp /ngs/app/dsservt/TEST/DS/IdmsCoreServiceClass
浏览 7提问于2019-03-06得票数 0
1回答
我想检查页面https://m.nn.ru/f/1238是否已定期更新。我运行curl https://m.nn.ru/f/1238 | head -c 4096，它的输出如下： <!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="UTF-8" />
<meta http-equiv="refresh" content="1;url=https://passport.ngs.ru/check/?na
浏览 13提问于2021-01-12得票数 0
1回答
我正在尝试找到一种方法来迭代要在文本框中显示的字符串列表。这些字符串是从一个名为“texts”的单独类中检索出来的。字符串在“texts”类中声明为(对于ngs1，2，3等)
Public Shared ngs1 As String = "Text"
此块在单击next按钮时运行，该按钮的目的是遍历显示的文本列表。
ElseIf firstTimeRun = True Then
welcome += 1
Select Case welcomePages
Case 1
txt
浏览 1提问于2017-05-09得票数 0
我在DJango有一张这样的桌子？
| id | user_id | name | source | remaining | start_date | time_remaining | size |
+----+---------+---------------+----------------+-----------+----------------------------+----------------+------+
| 1 | 1 | ok.txt | ngs.pradhi.com |
浏览 0提问于2013-02-05得票数 0
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我不明白为什么下面的程序不能工作。当我用"mpirun -np 2 a.out“运行它的时候，我本以为它会打印"N: 2”，但它却给了我一个seg错误。
谢谢
main.f
program main
implicit none
include 'mpif.h'
integer me, ngs,ierror
call inimpi(me, ngs)
call calc
call mpi_finalize( ierror )
stop
end
inimpi.f
subroutine inimpi(me, ng
浏览 3提问于2013-03-16得票数 0
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我不明白在hibernate映射中的设置中哪些配置不太好。多次插入后，我有更新的链接表包括在一对多的关系.
我不想要这个更新。我认为更新可能与级联或反向关键字有关.
在我的例子中，我有4个类AnalyseResult、VariationResult、Variation & VariationAnnotationNGS。
AnalyseResult可以有许多VariationResults孩子。一个父变异可以有多个VariationResultChildren。变异可以有许多VariationAnnotationNGS儿童。
当我试图插入新的AnalyseResult时，所有的孩子都会做
浏览 1提问于2014-06-08得票数 4
我试图使用ls和xargs打印特定的文件扩展名.bam and .vcf。下面是关闭的，但是当我|两个ls命令时，我会得到下面的错误。分开后，它可以正常工作，除非每个文件都打印在换行符上(我的实际数据有数百个文件，便于阅读)。谢谢:)。
目录文件
1.bam
1.vcf
2.bam
2.vcf
带有错误的命令
ls /home/cmccabe/Desktop/NGS/test/R_folder/*.bam | xargs -n1 basename | ls /home/cmccabe/Desktop/NGS/test/R_folder/*.vcf | xargs -n1 basename &g
浏览 4提问于2016-09-28得票数 0
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我想知道为什么当我点击视图上的链接来切换语言时，它就不能工作了。如果我将默认的地区设置为en或km，它将分别显示英语或高棉语。我怎么了，我不能点击下面的链接来切换语言？请救救我！非常感谢您的回答。
在视野中
<div class="col-sm-3 language-switcher">
<a href="{{ path('ngs_locale', {locale: 'en'}) }}">English</a> |
<a href="{{ path('ngs
浏览 0提问于2015-07-23得票数 1
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我正处于应用程序的部署阶段，发现了一些错误...为此，我使用Capistrano和Mongrel，deploy.rb文件如下所示
set :application, "ngs_app"
set :repository, "file:///Users/Admin/svnrepo/#{application}"
set :deploy_to, "/Library/WebServer/#{application}"
set :deploy_via, :export
set :scm_username, "Admin"
set :
浏览 2提问于2011-09-12得票数 0
我有一个远程linux服务器，它没有互联网，它在防火墙后面。它没有gcc编译器。所以我不能安装或编译。
linux服务器已经安装了带有ruby 1.9.3的rvm
通常，我会在我本地的Mac上安装gem，然后将gem复制到linux服务器，即(ruby的缓存目录下的xxxx.gem文件和gem目录下的xxx文件夹)。到目前为止，它一直运行良好。作为新测试的一部分，我安装了sqlite gem并将其.gem文件复制到sqlite3服务器，然后在linux服务器上执行了gem install sqlite。它确实起作用了，并得到了以下错误
gem install sqlite3
Building
浏览 1提问于2013-09-11得票数 0
在下面的bash中，用户选择要在第一个select中使用的文件，然后该文件中的数字被用来自动‘选择the second file. The problem is that when the second file is selected the path appears in the name so thebash`’错误。我似乎无法修复这个错误，需要一些帮助。我为冗长的帖子道歉，只是想确保所有需要的文件都在这里。谢谢:)。
Bash
FILESDIR=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-14-2016/bedtools
ANNOVARDIR=/home/cmcc
浏览 3提问于2016-07-25得票数 0
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我正在编写一个bash菜单函数，并且很难从其中调用用excel 2010编写的VBA。第一行是VBA的路径。当uer选择ngs时，我试图让xlsx打开vba，以便可以执行它。谢谢:)。
ngs() {
call {C:\Users\cmccabe\Desktop\Sanger\NGS_Sanger.xlsx}
cd 'C:'. C:/Users/cmccabe/Desktop/Python27/
for file in. C:/Users/cmccabe/Desktop/Python27/*_sanger.txt
do
cat $file >>. c:/Use
浏览 2提问于2015-10-26得票数 1
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1回答
无法删除文件
、、、
我使用'cp -a‘命令从DVD复制了一些文件。现在，我不能删除任何复制的文件。我将selinux设置为“允许的”，以消除问题的根源。以下是我到目前为止尝试过的：
root@zeus:/NGS# getenforce
Permissive
root@zeus:/NGS# rm TRANS.TBL
rm: remove regular file 'TRANS.TBL'? y
rm: cannot remove 'TRANS.TBL': Read-only file system
root@zeus:/NGS# chmod 755 TRANS.TBL
c
浏览 0提问于2021-10-20得票数 0
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我有一个文件列表： MD5.txt 8530362a272d04efef64b7f1ae0d1069 NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_1.fq.gz
9b34bdbbb17cdb1205035e24124fed1a NGS35_FKDN210261811-1A_H3YNKDSX2_L4_2.fq.gz
00f8f992334458383fc1a5c7b06d403e NGS35_FKDN210261811-1A_H5JY3DSX2_L4_1.fq.gz
cca0e17b3dcc1e644ec1a9a4a60a851e NGS35_FKDN210
浏览 54提问于2021-09-13得票数 0
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我正在尝试将带有.multianno.txt的所有文件从一个目录移动到另一个目录。我认为下面的命令会起作用，但可能是*造成了问题。谢谢:)。
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*.multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/annovar/
mv: cannot stat ‘/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*.multianno.txt’: No such file or directory
目录(/home/cmccabe/Desktop/NGS/ann
浏览 1提问于2016-02-29得票数 0
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3回答
我想比较这两个xml文件：
File1.xml：
<ngs_sample id="40332">
<workflow value="salmonella" version="101_provisional" />
<results>
<gastro_prelim_st reason="not novel" success="false">
<type st="1364" />
<type st=&#
浏览 2提问于2018-11-22得票数 0
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file id tar_gz
of datawarrior550 not unzipped with terminal command
unknown suffix --ignored
ngs@NU-NGS:~/Downloads$ gunzip datawarrior550.tar_gz
gzip: datawarrior550.tar_gz: unknown suffix -- ignored
浏览 0提问于2021-12-03得票数 -5
我想从命令行运行我的jar文件。如果我用Intellij IDEA运行它-一切都很好。 /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-8.jdk/Contents/Home/bin/java -agentlib:jdwp=transport=dt_socket，address=127.0.0.1:54124，suspend=y，IDEA -Dcom.sun.management.config.file=/Users/admin/Desktop/src/config_local/ngs/ngpd/jmx.properties -Dngpd.con
浏览 56提问于2020-09-25得票数 0
下面的bash几乎完成了。我唯一挣扎的部分是，在process.log中，如果找到字符串The bam file is corrupted and has been removed, please check log for reason.，则删除bash中相应的.bam ($f)。我补充说：
echo "The bam file is corrupted and has been removed, please check log for reason."
[[ -f "$f" ]] && rm -f "$f&
浏览 5提问于2016-05-06得票数 0
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1回答
启动apache + SVN时出错
以下是错误-
-bash-4.1$ ./apachectl configtest
httpd: Syntax error on line 149 of /ngs/app/istsvnp/httpd/conf/httpd.conf: Cannot load modules/mod_dav_svn.so into server: /ngs/app/istsvnp/httpd/modules/mod_dav_svn.so: undefined symbol: svn_error_purge_tracing
当检查mod_dav_svn.so的共享库依赖项时-
ba
浏览 1提问于2015-03-27得票数 0
这是我第一次尝试学习如何从网络上抓取图像并将它们粘贴到Google页面上。我想从下载第二张图片，并将其粘贴到Google上。在网络中，有两张图片。我想把第二张照片放在下面。我喜欢学习如何在代码中引用它的img alt=或src="ngs.gif“，而不是索引，这样我也可以将这个概念用于其他各种HTML情况。有人能帮我修复下面的代码吗？谢谢!
function test() {
const url = 'https://ir.eia.gov/ngs/ngs.html';
const res = UrlFetchApp.fetch(url, { muteHttpEx
浏览 0提问于2021-10-07得票数 0
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我已经在角模块中导入了以下行，而且imported.but仍然得到了以下错误错误NG8002:无法绑定到'value‘，因为它不是“ngs-代码编辑器”的一个已知属性。
如果“ngs-代码-编辑器”是一个角度分量，并且它有“值”输入，则验证它是该模块的一部分；如果“ngs-代码编辑器”是组件，则-代码编辑器将向该组件的“@NgModule.schemas”添加“CUSTOM_ELEMENTS_SCHEMA”以抑制此消息。允许任何属性在该组件的“@NgModule.schemas”中添加“NO_ERRORS_SCHEMA”。
从“@ng堆栈/代码编辑器”导入{ CodeEditorMod
浏览 7提问于2021-03-07得票数 3
我试图在Ubuntu12.04LTS 64位版本中运行NGS工具包http://59.163.192.90:8080/ngsqctoolkit/。但是，在执行命令后，一个错误显示它无法找到模块String::Approx，即使我成功安装了它也需要安装它。
下面是我使用的命令：
perl ~/Programs/NGSQCToolkit_v2.3/QC/IlluQC_PRLL.pl -c 2 -pe /home/shrujan/Desktop/NGS_Shrujan/SRR072111_1.fastq /home/shrujan/Desktop/NGS_Shrujan/SRR072111_2.fa
浏览 0提问于2013-04-18得票数 2
1回答
我有一个文本文件，其中包含以下几行：
{"time":"2015-11-15T17:56:45.300","x":93.32,"y":8.6,"s":4.57,"dis":0.45,"on_field":true,"game":{"references":[{"origin":"gsis","id":2015111500}]},"team":{"references":[{
浏览 2提问于2016-02-05得票数 0
如何获得两个表之间的数据匹配，匹配的逻辑应该是-如果至少有三个字符匹配或更多：
在一个表中，我有：
Assets
--------
MADFG
NGGS_Data
KTL_GAS_LCN
FI
在另一个表中：
Asset
------------
VERT
NGS
KTLGAS
FIP
作为输出，我需要：
Asset_table1 Asset_table2
----------- ------------
NGGS_Data NGS
KTL_GAS_LCN KTLGAS
我试图使用这个示例中的查询，但这并没有给出我需要的结果：
谢谢，S
浏览 2提问于2018-05-24得票数 0
如何从：hostname:/file_name中提取主机名？例如，在ngs.pradhi.com:/upload中，我想从其中提取ngs.pradhi.com并通过ssh.connect测试它。
我该怎么做呢？
浏览 2提问于2012-11-26得票数 0
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2回答
我有两个数据帧
第一项(A)：
第一个词是“行名”。
GTEX-11DXY-0426-SM-5H12R GTEX-11EQ8-0826-SM-5N9FG [...30]
ENSG00000223972.4 0 1
ENSG00000227232.4 663 802
ENSG00000243485.2 0
浏览 2提问于2020-06-10得票数 0
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我在Julia有两个数组，数组1 (45807x2)有两列，第一列是snp的位置，第二列是snpID，现在我想要数组1中在array2(4580x1)中位置的snpID。例如，数组1中的第一个元素(5)是数组1中的第五个snpID (BTA-34880)。谢谢。
45807×2 Array{Any,2}:
1 "BovineHD0100000015"
2 "Hapmap43437-BTA-101873"
3 "BovineHD0100000062"
4 "ARS-BFGL-NGS-16466"
5 "B
浏览 1提问于2021-01-26得票数 0
我的最终目标是创建一个cron脚本，每天自动转储一次选定的MySQL数据库(ngsRunStats_FK)。请注意，MySQL用户ngs_run_stats拥有MySQL上的所有权限。 我原以为富兰克林here会回答我的问题，不过当我在终端上运行的时候 mysqldump --defaults-extra-file=/home/user/.my.cnf -S /nexus/cliniphenome/mysql.sock -u ngs_run_stats -p ngsRunStats_FK --lock-tables=false > test.sql 我仍然需要提示我的密码。如果我输入
浏览 57提问于2019-12-10得票数 0
当我在UNIX机器中启动ActiveMQ服务器时，我面临着问题。
我只是简单地安装一个新的副本，通过下载和摘录。我没有改变任何配置。
下载文件:- apache-activemq-5.9.0.bin.tar.gz
然后我拔掉，试着开始。
/apache-activemq-5.9.0/bin/linux-x86-64
[aaa@addr:17.169.98.231 linux-x86-64]$:/ngs/app/xxx> ./activemq start
Starting ActiveMQ Broker...
[aaa@addr:17.34.34.34 linux-x86-64]$:
浏览 10提问于2013-11-07得票数 1
1回答
我有一个像这样的熊猫数据框架
data = [['NGS_34',0.47,0.55,0.51,0.53,0.54,0.62], ['NGS_38',0.52,0.52,0.49,0.51,0.52,0.45]]
df = pd.DataFrame(data, columns = ['probes','01_PLAGL1', '02_PLAGL1','H19','H19', 'H19','GNAS A/B'])
df = df.set_index(
浏览 4提问于2022-05-04得票数 0
我正在使用bash一个接一个地运行几个进程。我想要创建每个进程的日志，一个进程启动和完成的日志，但是下面只创建和空log。谢谢:)。
因此，当运行第一个进程(# create BAM Index)时，将创建一个日志，并将其启动和完成。
每个进程可能有几个文件，但其中的每个文件只需要1日志。
当运行第二个进程(# strip off @PG tags)时，将创建一个日志，并将其启动和完成。谢谢:)。
bash
# create BAM Index
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/log.log
for f in /home/cmcc
浏览 1提问于2016-02-20得票数 1
回答已采纳
2回答
我正在通过API从我们的调查提供者那里提取调查响应。我不使用类来进行反序列化，它只是键/值对。
我正在从一个文件中读取一系列的响应。每个响应包含许多我们将调用的“响应项”，如下所示：
[
{
"response_id":"1234",
"hRz5aMmGPf": null,
"6UnnAZSEBT": null,
"nGS1cyvLwK": "Red"
},
{
"response_id&
浏览 0提问于2014-02-28得票数 3
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