我有一个“标识符文件”，看起来如下( 1050行为2列)：
模块1基因2
基因2样本1样本2等
我想根据基因标识合并这两个文件，并具有来自标识符和目标文件的匹配表达式值和模块关联。本质上，要从标识符文件中提取基因，在目标文件中找到它们，并在一个文件中创建一个包含模块#、基因<
浏览 3提问于2014-02-02得票数 0
假设我读到了一些排列的基因序列：AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL
浏览 5提问于2016-10-07得票数 1
为了手动修改我拥有的.gff文件，我需要在我的动物的FASTA格式的基因组中找到我的基因的起始位置(即序列中的#碱基是什么？)。我有这个基因的序列。我如何尽可能容易地做到这一点(这不是一种其基因组在互联网上很容易获得的动物)？ 我所拥有的: FASTA格式的基因组；包含该有机体基因组注释的GFF文件(需要彻底更新)；该基因的序列。 谢谢!
浏览 19提问于2019-01-15得票数 0
3回答
我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
基因本体注释现在是如何从python访问的？我需要在一个特定的列表中注释每一个基因。有任何有教程和示例的好的库吗？
现在从python获取基因本体注释存在问题。
浏览 14提问于2021-07-20得票数 1
我有一份基因名字的清单。是否有任何python脚本将它们转换为uniprot？我也尝试使用我的基因库，但我无法得到结果，因为大部分的基因由于转换而丢失。
浏览 13提问于2022-08-17得票数 -1
3回答
二维矩阵中特征图的存在
、、、
我有一个字典(在python中)，其中键是动物名称，值是包含基因名的集合。并不是所有的动物都有这些基因。大约有108个基因(其中我有一个清单)和15个物种。所有动物共有28个基因。我想为每一种动物和基因绘制一个基因在动物中的存在情况。我想要的情节会是这样的：tnfa x xtlr1 x如果我也能把基因最多的动物聚
浏览 2提问于2017-09-15得票数 2
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你好，我对python非常陌生，很抱歉我问了一些可能很傻的问题。任何正确方向的参考都是非常感谢的。我有一个字符串列表(3500个基因名称)我想在我的列表中找到这些基因，并提取出与这些基因相关的两个值，并将所有3500个基因的这三个因素放在一个新的表格中
浏览 2提问于2014-07-11得票数 0
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1回答
GBrowse有没有python接口，类似于perl中的Bio::Graphics？否则，有没有python模块可以用来创建类似于基因组浏览器的视图？
浏览 6提问于2011-02-12得票数 0
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我正在尝试使用Python从NCBI (最好是fasta格式)下载基因组，但是到目前为止没有什么真正的工作。API对我来说是新的，我并不真正理解文档()。我的最终目标是下载一个属内每个物种的所有基因组，但是用Python下载一个基因组将是一个很好的开始。ngd.download().group(taxon_name)
这是在古菌群
浏览 8提问于2022-04-26得票数 0
生物学家使用字母A、C、T和G的序列来模拟基因组。基因是基因组的底物，在三联体ATG之后开始，在三联体标签、TAA或TGA之前结束。此外，基因串的长度是3的倍数，并且该基因不包含三联体ATG、TAG、TAA和TGA中的任何一个。AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC
CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGCTCACGCAAG
浏览 2提问于2016-09-25得票数 0
2回答
在我对所有人类基因(大约20000个)进行的分析中，我搜索了一个特定的短序列基序，以检查这个基序在每个基因中出现的次数。
基因是用四个字母(A，T，G，C)“写”成线性序列的。我怀疑某些基因中特定短基序序列(AGTGGAC)的频繁重复在细胞中特定的生化过程中是至关重要的。由于基序本身非常短，因此很难用计算工具来区分基因中真正的功能示例和那些偶然看起来相似的示例。为了避免这个问题，我得到了所有基因的序列，并连接成一个单独的字符串，然后进行了混洗。每个原始基因的长度都被存储
浏览 213提问于2011-07-08得票数 23
2回答
在用Haskell编程了一段时间之后，我开始喜欢一种功能风格。这一点在我的遗传算法代码中很明显。import copyimport random
return (sum(genes), genes)
pool_shuffled = copy.deepcopy(pool)
浏览 0提问于2014-02-05得票数 5
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这可能是一个非常初级的问题，但我以前从未使用过python中的类，我希望得到一些帮助。class Gene: self.name = name def getGeneInfo(self):
print Gene+"\t"+File+"\t"+express
浏览 1提问于2014-08-16得票数 0
我有来自细菌基因组的RNA-seq数据(2个不同处理的3个重复)，并使用DeSeq2计算了基因的log2fc (padj < 0.05)。这将生成一个csv文件，其中包括(但不限于)基因名称和log2fcexample of output。 更新:基因组已经发布并进行了注释，因此我有每个基因对应的基因组坐标。但并不是所有的基因都是差异表达的，所以它变得更加复杂。 然而，我想要log2 RNA的变化(y轴)与基因组坐标(x轴)。但我在网上找了一遍也
浏览 51提问于2020-07-05得票数 0
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3回答
字典包含有关基因的信息，基因名称是字典的关键字，以及一个数字列表(与基因表达等相关)。就是价值。# python 2.7.5import random
print random_list
问题是，如果我试图获得一个
浏览 1提问于2013-09-23得票数 6
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我有一张miRNAs和DNA (基因)表。每个miRNA调控许多不同的基因。我们的目标是列出10个共同调控基因最多的前10位miRNAS。正如你所看到的那样，每个miRNA调控多个基因。有1498个miRNAs调控~30-40个基因。目标是创建一组由每个miRNA调控的基因，然后以某种方式查看每个集合与其他集合共享的值，计数共享值，按计数排序共享数据，并选择前10位。我不知道如何在MySQL...not中进行集合和比较，甚至可以确定是否可以；看起来更像是Python的工
浏览 6提问于2015-02-18得票数 1
我有一个基因列表(作为一个bed文件)和一个全基因组RNA-seq数据集(也存储为一个bed文件)。我目前正在尝试开发一个python脚本，它允许我提取转录起始点上游500bp到下游2000bp的读取计数，即基因的开始，并将这些值存储在一个数组中以备将来使用。'-':其中feature代表我在文件中的读数，基因我的基因
浏览 4提问于2014-02-10得票数 1
. %}符号)从python文件中传入一个JSON对象。现在，作为一个简单的检查，它将motifs (数组的一个数组)的内容作为一个无序列表(<ul>)中的单独行(<li>)输出。1”：1，“遗传2”：1，“基因3”：7，“遗传4”：7，“遗传5”：1}{“基因1”：7，“基因2”：1，“基因3”：8，“遗传4”：5，“遗传
浏览 3提问于2013-09-16得票数 2
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