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我有这样的文件：
ls CONFIG2
DOS DOSCAR KPOINTS PCDAT WAVECAR submit_vasp_beskow.sh
CHG EIGENVAL OSZICAR POSCAR XDATCAR vasprun.xml
CHGCAR IBZKPT OUT POTCAR error_file.e
CONTCAR INCAR OUTCAR PROCAR output_file.o
ls CONFIG2/DOS/
CHG EIGENVAL OSZICAR P
浏览 0提问于2019-03-26得票数 0
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我正试图在VirtualBox上的ubuntu19.10中编译vasp 6.2.1。我安装了英特尔openApi (有ifortran编译器)和fftw3。我正在尝试使用ifort编译串行版本。但它给了我一个错误，如下。
if [ ! -d build ] ; then mkdir build ; fi
if [ ! -d build/std ] ; then mkdir build/std ; fi
cp src/makefile src/.objects src/makedeps.awk makefile.include build/std
make -C build/std VE
浏览 46提问于2021-10-24得票数 0
我安装完VASP之后对其进行测试，参考的是VASP最简单的安装方法（含全程视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的VASP测试时，mpirun -np 4 vasp时出现一下问题，百度了也没解决
浏览 8提问于2024-09-28
2回答
使用pyiron运行Vasp计算，通过访问ElectronicStructure和Dos对象，我可以轻松地绘制状态的总密度，例如 from pyiron.project import Project
pr = Project('tmp')
pr.remove_jobs(recursive=True)
vasp = pr.create_job(pr.job_type.Vasp, 'vasp')
vasp.structure = pr.create_ase_bulk('Al')
vasp.run()
dos = vasp.get_electron
浏览 15提问于2020-01-14得票数 3
我的项目中有一个名为tmpInfo.txt的作业信息文件。tmpInfo.txt的内容如下： 875675 mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /opt/software/vasp/vasp-intel/vasp5.4/vasp5.4.1/vasp_std>o.$PBS_JOBID.out
875676 mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /opt/software/vasp/vasp-intel/vasp5.4/vasp5.4.1/vasp_std>o.$PBS_JOBID.out
浏览 46提问于2019-06-06得票数 0
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我添加了一个函数getAttendance，只有在单击表行时才应该触发该函数。如果我定义
<tr onclick={this.getAttendance} key={key}>运行良好，但如果我将其更改为将函数调用为<tr onclick={this.getAttendance} key={key}>或<tr onclick={()=>{this.getAttendance}} key={key}>，则会抛出上述错误。
import React, { Component } from 'react';
import &#
浏览 1提问于2019-02-14得票数 0
3回答
我想用创建文件的步骤命名我的文件。步长以小数为单位，据我所知，用bash处理小数是很困难的。这是代码：
for i in $(seq 0.05 0.05 0.45)
do
.
.
.
mv POSCAR slipped_112_111_$(( i*2 )).vasp
done
我得到的错误如下：
./slip_loop.sh: line 3: 0.05: syntax error: invalid arithmetic operator (error token is ".05")
预期文件名：
slipped_112_111_0.10.vasp
slipped_112_11
浏览 0提问于2020-05-12得票数 0
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2回答
我正在尝试创建一个脚本来创建脚本(并做其他事情)。我的问题是，创建的这些脚本包含环境变量，当实际运行我的脚本时，它们不会出现在脚本中。
#!/bin/bash
for i in {001..116}
do
rm job
cat > job <<!
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N $i-Fe63S
#PBS -j oe
#PBS -q default
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
/opt/openmpi/bin/mpiru
浏览 2提问于2017-08-04得票数 0
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1回答
无法绘制p4vasp中的带结构。
运行时错误是：
vivek@vivek-Lenovo-Flex-2-14:~/apps$ p4v
(p4v.py:5002): libglade-WARNING **: Could not load support for `gnome': libgnome.so: cannot open shared object file: No such file or directory
(p4v.py:5002): libglade-WARNING **: Could not load support for `gnome': libgnome.
浏览 0提问于2017-07-31得票数 0
1回答
我试图用pymatgen来绘制DOS (状态密度)，但我无法使它工作。第一次在python中遇到self和class函数，所以我感到很困惑。
这个解释了具有我需要的函数的包(我需要使用类CompleteDos的get_site_t2g_eg_resolved_dos(site)部分)。这个有这些函数的源代码。看看网上找到的，我做了这段代码
from pymatgen.electronic_structure.dos import CompleteDos
from pymatgen.electronic_structure.plotter import DosPlotter
from pymat
浏览 1提问于2017-02-21得票数 1
4回答
我正在使用一个只能在bash中运行的科学软件(名为vasp)，并使用Python创建一个脚本，该脚本将为我多次运行。当我正常地使用subprocess.check_call调用函数时，它工作得很好，但当我添加'| tee tee_output‘时，它就不工作了。
subprocess.check_call('vasp') #this works
subprocess.check_call('vasp | tee tee_output') #this doesn't
我是python和编程的新手。
浏览 2提问于2012-03-08得票数 4
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1回答
#!/bin/bash
totT=0
for a in `seq -w 3.5 0.1 4.5`
do
echo "a= $a"
cat >POSCAR <<!
Al FCC
1.0
$a 0.00 0.00
0.00 $a 0.00
0.00 0.00 $a
4
Direct
0.0 0.0 0.0
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
!
###I want to write a command to submit vasp.sh to PBS queue within the loop. How can I d
浏览 3提问于2021-03-05得票数 0
我想在Cray XC MPP机器上编译VASP 5 (5.4.1)的最新版本。有人有我可以使用的设置吗？VASP发行版没有为Cray提供示例。
构建系统已经从5.3.5版本改变了。
浏览 6提问于2015-07-16得票数 1
我有一个新的和编译版本的VASP，它执行磁力约束的局部时刻方向在飞行，这是我想测试和使用的比铁。
请您提供指南和步骤，以便将此版本的VASP添加到pyiron作为多一个可执行文件？
谢谢你，爱德华多
浏览 3提问于2022-09-05得票数 0
2回答
我有一个python脚本，它调用一个shell脚本，然后调用一个名为.exe的iv4_console。为了调试目的，我需要打印iv4_console的标准输出。我使用了这个: Python：
import sys
import subprocess
var="rW015005000000"
proc = subprocess.Popen(["c.sh", var], shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
output = ''
for line in iter(proc.stdout.readline, &#
浏览 5提问于2017-03-25得票数 0
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我已经编写了一个批处理脚本，用于打开bash终端并执行以下操作：
@echo off
SETLOCAL
set BASHPATH="C:\Program Files (x86)\Git\bin\"
set START_DIR=%CD%
set release=%1
echo Release outside cyg: %release%
set PATH=%BASHPATH%;%PATH%
%BASHPATH%\bash -l -c "echo Release inside cyg: $release \ && echo Directory: $ST
浏览 1提问于2017-03-23得票数 1
1回答
因此，我们试图在Ubuntu14.04LTS上编译VASP 5.4.1。下面是这里描述的类似的安装步骤：。但是，当测试vasp可执行文件(vasp_std等)时，程序终止时会出现分段错误--无效内存引用错误。
我们目前拥有的makefile.include是：
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC91_ompi\" -DIFC \
-DCACHE_SIZE=4000 \
-DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
浏览 7提问于2016-06-22得票数 0
下面的文件名为ABCD.vasp
# A B C D
1.000000
13.85640621 0.00000000 0.00000000
4.61880236 13.06394496 0.00000000
0.00000000 0.00000000 45.25483322
A B C D
32 32 32 32
Selective dynamics
Direct
0.00000000 0.00000000
浏览 2提问于2020-06-24得票数 1
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在我的HPC上通过pysqa适配器运行pyiron作业时，我遇到了一些问题。我不小心擦除了包含pyiron、projects和resources文件夹的pyiron主目录。我已经从另一个集群中复制了所有三个。我认为唯一会引起问题的是resources文件夹中的sqlite.db文件。以前，我通过适配器运行交互式VASP作业没有任何问题。我猜在删除事件之后发生了什么。 我使用的pyiron版本是: 0.2.17 下面是一个使用Interactive vasp作业的最小示例，我已经尝试过了： from pyiron import Project
pr = Project('Al-test
浏览 41提问于2020-11-23得票数 1
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如何使用argparse和变量nargs进行条件循环？因此，基本上，它应该运行或不带参数。我正在尝试：
parser = argparse.ArgumentParser(description="output parser")
group = parser.add_mutually_exclusive_group()
group.add_argument("--dos", help="get DOSCAR for plot",
nargs="?", metavar=("int"
浏览 14提问于2016-06-30得票数 4
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下面的文件名为ABCD.vasp
# A B C D
1.000000
13.85640621 0.00000000 0.00000000
4.61880236 13.06394496 0.00000000
0.00000000 0.00000000 45.25483322
A B C D
32 32 32 32
Selective dynamics
Direct
0.00000000 0.00000000
浏览 4提问于2020-06-24得票数 1
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1回答
如何在R中绘制非数值型数据？我想要绘图(使用任何图形类型-例如，箱形图或直方图...等) aa对bb的攻击。我想把bb放在x轴上，把aa放在y轴上。
class(aa)
# [1] "character"
class(bb)
# [1] "character"
浏览 0提问于2016-01-25得票数 1
1回答
有光泽的不同数据集的反应条图
、、、、
我有两个数据框架，"uno“和"dos”，我想要制作一个考虑变量"tipo“和”I“的反应性条形图，即我想用数据框架"uno”显示条形图，并按"tipo“或"fecha”分组，然后对数据框架"dos“也这样做。我只能用一个变量显示条形图分组，但我不知道如何使用多个变量来进行分组。我是新来的，所以我很难完全理解代码的逻辑。希望你能帮我，谢谢！
library(shiny)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
uno <- data.frame(id = rnorm(10, 0, 1),
浏览 0提问于2020-12-17得票数 1
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7回答
在配置文件中拆分文本
、、、、
我试图编写一个配置文件的简单解析器，例如，可能有一个名为INCAR的文件。
NSW = 1000
POTIM = 1
TEBEG = 300
如果我想提取POTIM的值，我可以采用awk在空白之间提取文本，并使用以下脚本：
#!/bin/bash
vaspT ()
{
if [ -f INCAR ]; then
local potim=$(grep POTIM INCAR | awk '{print $3}');
else
local potim=1;
fi;
echo "# Time st
浏览 20提问于2022-03-26得票数 2
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我需要在Cray XC MPP机器上编译VASP 5.3.5。系统提供Gnu、Intel和Cray编译环境。还可以选择用于BLAS、LAPACK、ScaLAPCK的英特尔MKL或克雷LibSci。
哪一个是最好的编译器，最好的数值库和Makefile选项？
浏览 21提问于2015-06-25得票数 0
2回答
我想在目录中搜索一个名为file.txt的文件，并将这些文件中的整行替换为字符串aprun，替换为另一行vasprun = "mpirun -np 64 vasp"如何使用awk、sed或任何其他bash实用程序来完成此操作？
浏览 2提问于2016-05-22得票数 1
我使用了如下代码来生成图，如下所示。我的数据集存储在"tot.dos“中。
set autoscale
unset log
unset label
set xtic auto
set ytic auto
set xlabel "X"
set ylabel "Y"
set arrow 1 from 3.44,0 to 3.44,150 nohead ls 10 dt 2 lw 2 lc 'red'
set xrange [-1.5:9]
set yrange [0:150]
plot "tot.dos" using 1:2
浏览 1提问于2021-10-05得票数 1
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1回答
当我运行它的时候，我有一个很难绘制在块下面的表。它看起来什么都没有。 代码如下： ## Tabela dos 10 Estados com mais acidentes
DezMaisEstados2 <- DezMaisEstados %>%
slice(1:10) %>%
gt() %>%
fmt_percent(
columns = Freq_relativa,
decimals = 2
) %>%
cols_align(align = "center")
浏览 15提问于2021-07-26得票数 0
1回答
我正在尝试使用Intel Vtune来分析我的MPI应用程序。在尝试运行以下两个命令时，我遇到了错误。
I_MPI_DEBUG=5. I尝试了两种方法：exportI_MPI_DEBUG=5 mpirun -np 4 aps ~/binary/vasp_std_2022mpirun -genv I_MPI_DEBUG=5 -np 4 aps ~/binary/vasp_std_2022
警告:在虚拟机中不支持内存带宽收集，因为无法收集uncore事件。要获得完整的功能，请考虑使用裸金属环境。警告:此平台不支持CPU频率数据收集。错误: perf :使用CPUID GenuineIntel-6-
浏览 7提问于2022-11-03得票数 0
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我们有一个关于用汇编语言循环的活动。我们的任务很简单:在每个数字之间显示0到9的空格。在我们学校，我使用WINDOWS 7中的“debug”命令在命令提示符下运行代码。我的笔记本电脑是Windows 10，最近我发现命令提示符中没有“调试”命令。因此，我尝试用DOSBox 0.74编写我的代码(可能是最新的)。每次我在DOSBox中运行它时，程序都会突然挂起，然后崩溃。这是密码
mov cx,0a
mov ah,02
mov dl,30
int 21
mov bl,dl
mov dl,20
int 21
mov dl,bl
inc dl
loop 0107
int 20
有人能解释一下为什么D
浏览 9提问于2016-04-17得票数 2
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我是个新手，刚刚使用R中提供的ToothGrowth数据构建了这个闪亮的应用程序。数据摘要如下： str(ToothGrowth)
'data.frame': 60 obs. of 3 variables:
$ len : num 4.2 11.5 7.3 5.8 6.4 10 11.2 11.2 5.2 7 ...
$ supp: Factor w/ 2 levels "OJ","VC": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ dose: num 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5
浏览 19提问于2021-05-07得票数 1
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1回答
链接器给出在初始图和关闭图上溢出的错误
#include<dos.h>
#define DETECT 0
union REGS in,out;
void detectmouse()//no declaration(prototype)?
{
in.x.ax=0;
int86(0x33,&in,&out);
if(out.x.ax==0)
{
printf("Fail to initialize the mouse.");
}
else
{
printf("Mous
浏览 1提问于2010-08-01得票数 0
2回答
下面是VASP的代码框架。我的工作是在一个新的平台上移植它。当我使用那个平台的编译器时，我得到了错误。如果我注释掉了use m，并且我还得到了“，它必须有一个指定的显式接口。”，我只想做一个最小的修改，以避免在程序的其他部分产生错误。
module m
interface
subroutine a
end subroutine
end interface
interface
subroutine b
end subroutine
end interface
end module
subroutine a
use m
call b
end subroutine
浏览 6提问于2015-01-28得票数 1
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我正在使用来自maven存储库的Eclipselink 2.6.0-RC2，并尝试继承。
我有以下三门课：
@Entity
@Inheritance(strategy = InheritanceType.JOINED)
@DiscriminatorColumn(discriminatorType = DiscriminatorType.STRING, name = "CLASSNAME")
public abstract class Project {
@Id
@Column(length = 50)
private String id;
}
@Ent
浏览 0提问于2015-05-12得票数 0
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1回答
我已经有一段时间没有使用Ubuntu了，但是几分钟前当我再次启动Ubuntu时，到达登录屏幕花费了将近2分钟的时间。在此之后，我安装了引导图，并进行了另一次重新启动，尽管Ubuntu启动速度稍快，但我仍然希望有人通过查看下面的引导图来调查这一问题。有人能告诉我发生了什么事吗？
📷
浏览 0提问于2015-03-03得票数 1
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1回答
使用编程范围滑块的值输入
、、、、
我已经制作了这两个编程范围滑块，用户可以通过滑动条形图或在框中键入数字来选择值。(我确信有一种更有效的方法，但我只是在学习)
但是，当我尝试使用方框中的值进行添加时，它将返回NAN。我认为这只是因为它使用了一个字符串值，但是即使使用parseFloat函数，它也不能正确显示。
为了在数学运算中使用这些变量，我应该如何引用“函数(稠度A/B)”之外的这些变量？
谢谢。
<html>
<body>
<h3> Thickness A</h3>
<p> Please select value using
浏览 1提问于2018-08-26得票数 0
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2回答
好的，我最近问了一个基于这个的问题。
但我需要缩小范围..。
我需要在flex中创建一个包含节点的网络图。一旦我给出了输入，如果节点有一些共同之处，它们就必须相互连接。
这些节点必须能够单击才能显示它连接到的其他节点。
一个简单的代码示例将不胜感激。
可以修改气泡图来执行此操作吗？
谢谢
浏览 1提问于2009-06-17得票数 1
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3回答
最近，我在随机端口上使用DoS攻击受到攻击。
我无法获得攻击者的IP，现在我想找到它。
有什么工具可以显示每个客户端IP所使用的带宽(以Kbit/Mbit表示)？
是专用服务器。我知道我受到攻击是因为dedi的面板上的流程图(高达800 mbps)，谢谢您的回复。
浏览 0提问于2010-12-28得票数 0
3回答
最近，我遇到了无法到达服务器的随机事件。当发生这种情况时，每个10点上大约有1个ping设法返回。通过的ping是在正常的响应时间内(在我的例子中大约是42 my )。
到目前为止，我能收集到的唯一信息是我的网络使用图。当这些超时发生时，我的服务器从互联网上接收到异常高的流量。
http://i.stack.imgur.com/ZI0lL.png (今日图) http://i.stack.imgur.com/i6c2g.png (本周图)
如果这可能有帮助的话，我的服务器应该在100 mbits的互联网连接下。
我认为这些尖峰与平的超时有关是对的吗？还有，有没有人知道这种交通可能是什么？它开始
浏览 0提问于2011-10-21得票数 0
我有一个很大的C代码库，我必须为它生成调用图。我在某种程度上成功地使用了Doxygen，但现在的问题是，Doxygen为每个函数等生成不同的DOT文件。
我在GraphViz中发现了另一个名为gvpack的工具，它可以将多个点文件合并为一个文件，但是如何动态地调用它呢？我的意思是这些点文件的名称是随机的，所以当我使用
gvpack -o output.DOT *.dot
它说不能打开*.dot，但是
gvpack -o output.DOT file1.dot file2.dot file3.dot
运行良好，所以我的问题是:有没有办法使用通配符将所有文件(点)输入到gvpack？？
浏览 1提问于2011-04-17得票数 1
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1回答
我有一个表(#更新图片)，其中包含subscriber_IDs，总计，Tax_id和DOS。总数是用户在同一服务日到tax_id位置的访问次数。我正在尝试创建另一列，为同一个订阅者和DOS分配1给访问次数最高的tax_id和所有其他Tax_ids的0。我有很多不同的订阅者，所以我需要一个通用的代码，这张图片只描述了一个订阅者的例子。
期望的最终结果列MM (期望的结果图)
SELECT SUBSCRIBER_ID, Total, TAX_ID, DOS,
case WHEN Total = max(Total) then 1 ELSE 0 END as MM
FROM
浏览 3提问于2017-09-21得票数 0
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我使用的是play 2.2.2，我在一个或多个关系中的列表有问题。
我有这个当前的设置
@Entity
public class BD_Uno extends Model {
@Id
public int serial;
@OneToMany(mappedBy = "bd_uno", cascade = CascadeType.ALL)
public List<BD_DOS> bd_dos = new ArrayList<BD_DOS>();
public static Finder<Integer,BD
浏览 1提问于2014-05-08得票数 0
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在SQL Server Management Studio中，可以设置表及其关系的关系图。可以以图形方式查看这些图表，还可以使用打印选项。
还有一些视图，在SQL Server Management Studio中，它们的设置在图形上类似于关系图。但是，这些视图没有打印选项。我的问题是，有没有办法在MS SQL Server中打印面向图形的视图结构？
浏览 0提问于2012-03-31得票数 3
1回答
我的任务是在react本地应用程序中实现用户注册/注册流。这款应用没有什么特别的特别之处。通常的登录、注册(使用SMS验证)和密码重置屏幕就足够了。所以我去找身份提供者。Auth0和AWS科尼图是最合适的发现。我的经理们认为Auth0太贵了，所以我们放弃了它。这给我留下了科尼托的选择。
根据，完全可以替换默认UI (这是让UI/UX团队高兴的事情)，但仍然使用底层基础结构。我们队最关心的是安全问题。根据和，授权请求只能通过外部代理(移动用户浏览器)进行。因此，我深入研究了AWS的源代码，并发现最终它的 (如果我错了，请纠正我)只是一个简单的API请求到auth端点传递我的ClientId和其他
浏览 1提问于2019-11-08得票数 1
回答已采纳
我刚开始使用shell脚本.我正在尝试删除一个用上一个PID命名的文件，但我不知道是否可以将旧的PId连接到文件名:(这是我的代码)
..。
cp ./template_dos ./user_dos.new
diff ./user_dos.new ./user_dos
if [[ $? -ne 0 ]] ; then
if [[ -f user_dos.PID ]] ; then #Here I search for the OLD PID->2145
rm user_dos.PID #I would like to remove the user_dos.2145 (valu
浏览 3提问于2015-02-18得票数 1
回答已采纳
我有三个表(deb、dos、char)，我正在寻找一个SQL查询来获取result表，如下所示：
table: deb
+----+-------------+--------+
| id | label | dos_id |
+----+-------------+--------+
| 1 | right | 1 |
| 2 | left | 2 |
+----+-------------+--------+
table:char
+----+-------------+--------+
| id | name
浏览 12提问于2011-09-15得票数 0
我正试着把一个胖浮子插入到一个矮胖的圆圈里。守则和输出是：
dos = np.sum(atom[:, :, 1:],axis=0)
print("type(dos)")
print(type(dos))
print("dos.shape")
print(dos.shape)
print("dos[15] Before")
print(dos[15])
print("type(atom[1,0,0])")
print(type(atom[1,0,0]))
print("atom[1,0,0]")
print(atom
浏览 4提问于2016-06-28得票数 0
回答已采纳
2回答
更新答案在这里:)
我希望能够将我的视频和变量上传到我的服务器上，以便在PHP脚本中使用。
到目前为止，我可以从我的手机选择我想要的视频，并将它完全上传到服务器，但无法确切地知道如何发送变量与视频。我可以把它们分开做，但如果我把它们结合起来就行不通了。
我使用此代码上载变量：
//Uploads the product details
try {//Try block is to see if the call to the database can work.
URL url = new URL(ProductDetails_URL);//Creat
浏览 0提问于2016-03-23得票数 0
HttpURLConnection conn = null;
DataOutputStream dos = null;
String lineEnd = "\r\n";
String twoHyphens = "--";
String boundary = "*****";
int bytesRead, bytesAvailable, bufferSize;
byte[] buffer;
int maxBufferSize = 1 * 1024 * 1024;
File sourceFile = new File(sourceFileUri);
浏览 0提问于2012-11-30得票数 1
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