比对得到的SAM文件怎么看？

SAM ( Sequence Alignment Map ) 文件是reads比对到基因组后得到的结果文件，记录了reads mapping到基因组的各项信息。BAM文件是SAM文件的二进制格式，保留SAM文件全部信息的同时极大压缩了SAM文件的体积，我们比对完成后获得的一般都是BAM文件。

SAM文件由两部分组成：注释信息 (header) 和比对结果。

## 查看 BAM 文件的 header
samtools view -h input.bam | head

注释信息 (header) 包括：

@HD：VN表示版本，SO表示排序方式。

@SQ：SN表示参考序列的名称，LN表示参考序列的长度。

@PG：比对时使用的工具指令。

@RG：样本信息。

@CO：其他注释信息。

比对结果主要包括11列信息：

1. QNAME：reads名称。

2. FLAG：reads比对情况。不同的情况对应不同的值，这里的数字是所有情况的和。

3. RNAME：比对至参考序列的名称。

4. POS：比对到的位置。

5. MAPQ：比对质量。

6. CIGAR：比对情况信息。

7. RNEXT：与之配对的另一条reads所在的参考序列名称。"="表示位于同一个参考序列上，"*"表示没有另一条reads。

8. PNEXT：与之配对的另一条reads所在的位置。

9. TLEN：插入片段长度。

10. SEQ：reads序列。

11. QUAL：reads序列质量。

除了这11列信息外，还有一些其他信息：

NH:i:n 表示reads比对到参考序列位置的个数。

AS:i:n 表示比对得分。

遇到不认识的缩写时，可以在https://www.samformat.info/sam-format-alignment-tags查询。

参考资料：

http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf

http://samtools.github.io/hts-specs/SAMtags.pdf