Pymol展示氢键

##材料

蛋白：1STP

软件：PyMOL(TM) 2.3.0 （Edu）

##目的 使用pymol展示蛋白中的氢键

##步骤

###1：蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件，或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp

###2：展示蛋白的technical结构 按照步骤，首先点击蛋白右侧的A字符

下拉菜单中，点击preset，然后点击technical

出现图即为氢键相互作用的结构，黄色短线即为氢键，氢键两头分别为供体与受体

###3：查看蛋白的配体氢键 点击右下角字母S

出现蛋白序列，向右侧拉，红色‘0’代表的是水分子。水的前面，蛋白序列的最后会出现蛋白配体。

###4：选中BTN，点击sele右侧的A，下拉菜单中点击zoom

###5：按住鼠标左键进行拖动，旋转到合适的角度。

###6：点击wizard，下拉菜单中选择measurement

左键选择黄线两端的原子，进行测量，3.0A，氢键距离一般为3.5A以内，复合要求，点击Done。

###7：不断点击红框处，直到出现ATOM。选择测量好的黄线两端的原子。

点击sele右端的label，选择atom name。此时出现的是两端的名字，OG为氧原子为氢键供体，N为氢键受体。